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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 分子生理 » 本地blast数据库的下载与使用
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L-木木

新虫 (初入文坛)

[求助] 本地blast数据库的下载与使用 已有1人参与

本人刚刚接触Blast，想要做核酸序列的对比，不知道该用什么数据库呢？具体的方法是什么？
我已经找好了需要对比的序列，放在了一个txt文本里，可是下载了nr数据库之后却不能得到想要的输出信息。不知道是我下载或使用的方法有错误呢，还是根本就用错了数据库。望大神赐教！
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1楼 2014-07-19 20:58:39
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yuguiyan

至尊木虫 (文坛精英)
在线比对呗

[ 发自小木虫客户端 ]
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2楼2014-07-19 21:07:43
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L-木木

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by yuguiyan at 2014-07-19 21:07:43
在线比对呗

因为我要做的内容太多了，我想要本地。我做的是植物的，请问我需要哪种数据库呢？
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3楼2014-07-19 21:29:00
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wwlygy

木虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by L-木木 at 2014-07-19 21:29:00
因为我要做的内容太多了，我想要本地。我做的是植物的，请问我需要哪种数据库呢？...

我没用过本地的，都是在线比对的

[ 发自小木虫客户端 ]
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4楼2014-07-19 21:30:34
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L-木木

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by wwlygy at 2014-07-19 21:30:34
我没用过本地的，都是在线比对的
...

好吧～～还是谢谢啦～
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5楼2014-07-19 21:31:26
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香，分子生物期待你更多精彩。 2014-07-20 12:27:08
L-木木: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-07-20 20:45:52
首先是你的blast路径是否在系统环境变量里？其次是你下载的数据库有按照本地blast的用法做格式化吗？或者你用本地blast时输入的指令是否有错误？本地blast要求准确的文件路径，新手很容易就出错的，你截图运行的结果贴出来，这样才好分析。
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6楼2014-07-19 22:16:13
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L-木木

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by liuderong at 2014-07-19 22:16:13
首先是你的blast路径是否在系统环境变量里？其次是你下载的数据库有按照本地blast的用法做格式化吗？或者你用本地blast时输入的指令是否有错误？本地blast要求准确的文件路径，新手很容易就出错的，你截图运行的结果 ...

我是做的植物的，但是数据库太多了完全不知道应该选哪个啊~
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7楼2014-07-19 22:38:09
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by L-木木 at 2014-07-19 22:38:09
我是做的植物的，但是数据库太多了完全不知道应该选哪个啊~...

你比对的目的是什么就选什么样的数据库。比如你做拟南芥的，你要比对蛋白质那就下载拟南芥蛋白数据库，要比对基因组就下载拟南芥基因组数据库。
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8楼2014-07-19 23:30:41
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