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L-木木

新虫 (初入文坛)

[求助] 本地blast数据库的下载与使用已有1人参与

本人刚刚接触Blast,想要做核酸序列的对比,不知道该用什么数据库呢?具体的方法是什么?
我已经找好了需要对比的序列,放在了一个txt文本里,可是下载了nr数据库之后却不能得到想要的输出信息。不知道是我下载或使用的方法有错误呢,还是根本就用错了数据库。望大神赐教!
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yuguiyan

至尊木虫 (文坛精英)

在线比对呗

[ 发自小木虫客户端 ]
2楼2014-07-19 21:07:43
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L-木木

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by yuguiyan at 2014-07-19 21:07:43
在线比对呗

因为我要做的内容太多了,我想要本地。我做的是植物的,请问我需要哪种数据库呢?
3楼2014-07-19 21:29:00
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wwlygy

木虫 (著名写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by L-木木 at 2014-07-19 21:29:00
因为我要做的内容太多了,我想要本地。我做的是植物的,请问我需要哪种数据库呢?...

我没用过本地的,都是在线比对的

[ 发自小木虫客户端 ]
4楼2014-07-19 21:30:34
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L-木木

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by wwlygy at 2014-07-19 21:30:34
我没用过本地的,都是在线比对的
...

好吧~~还是谢谢啦~
5楼2014-07-19 21:31:26
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香,分子生物期待你更多精彩。 2014-07-20 12:27:08
L-木木: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-07-20 20:45:52
首先是你的blast路径是否在系统环境变量里?其次是你下载的数据库有按照本地blast的用法做格式化吗?或者你用本地blast时输入的指令是否有错误?本地blast要求准确的文件路径,新手很容易就出错的,你截图运行的结果贴出来,这样才好分析。
6楼2014-07-19 22:16:13
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L-木木

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
6楼: Originally posted by liuderong at 2014-07-19 22:16:13
首先是你的blast路径是否在系统环境变量里?其次是你下载的数据库有按照本地blast的用法做格式化吗?或者你用本地blast时输入的指令是否有错误?本地blast要求准确的文件路径,新手很容易就出错的,你截图运行的结果 ...

我是做的植物的,但是数据库太多了完全不知道应该选哪个啊~
7楼2014-07-19 22:38:09
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)

引用回帖:
7楼: Originally posted by L-木木 at 2014-07-19 22:38:09
我是做的植物的,但是数据库太多了完全不知道应该选哪个啊~...

你比对的目的是什么就选什么样的数据库。比如你做拟南芥的,你要比对蛋白质那就下载拟南芥蛋白数据库,要比对基因组就下载拟南芥基因组数据库。
8楼2014-07-19 23:30:41
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