| 查看: 1095 | 回复: 3 | |||
[求助]
关于本地blast的问题 已有2人参与
|
|
求大神指导！我是用的单机版blast，输出的txt文本只有1KB且没有有用信息。不知道为什么会出现这样的情况。 具体步骤如下： 我下载了blast-2.2.26-ia32-win32，下了nr数据库，并把nr和我要测的序列复制到了bin文件夹中，把我要测序的序列命名为seqin，分别去掉了扩展名。 在cmd中，到了bin，进行fromatdb -i nr -p F，又输入blastall -p blastn -i seqin.txt -d nr -e 0.0000000001 -o seqout.txt，可是最后输出的txt都只有1KB，且没有有用信息。 本人接触blast没几天，上面的步骤都是我根据各种教材拼拼凑凑来的，我还属于一窍不通状态，不知道上面过程哪里出错了，如果整体不对望给出详细过程～～谢谢啦！ [ Last edited by numb123 on 2014-7-18 at 21:17 ] |
回复此楼» 猜你喜欢
RMC-6291怎么用？RAS(ON) 三重复合物工具化合物的实验室实操要点
已经有0人回复
-
苯并呋咱全解析：NBD 荧光衍生化试剂母核的化学特性与实验室应用
已经有0人回复
-
化学工程及工业化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有160人回复
-
生物质炭与活化剂氢氧化钾混合注意事项
已经有0人回复
-
科研人必读：新一代 KRAS G12C 抑制剂 Olomorasib 的研究进展
已经有0人回复
-
BT-11（Omilancor）研究化合物全解析：从分子结构到实验应用要点
已经有0人回复
-
富马酸贝达喹啉：二芳基喹啉类工具化合物的化学特征
已经有0人回复
-
BT投稿with editor状态快两周了，正常吗
已经有25人回复
-
Silevertinib（BDTX-1535）结构拆解：炔基双环片段为何成为合成瓶颈
已经有0人回复
-
RO4929097 解析：双苯并氮杂䓬骨架与 Notch 通路实验设计要点
已经有0人回复
-
分子量 1157 的 PROTAC 怎么配不析出：SGK3-PROTAC1 的溶解、分装与图谱复核
已经有0人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 请教，转录组测序与基因组测序结果分析
已经有4人回复
- 请教一个生物信息学BLAST问题。
已经有8人回复
- 如何批量blast？
已经有4人回复
- 为什么测得的序列在NCBI里blast不出来？
已经有13人回复
- 关于Blast的用法
已经有5人回复
- 如何寻找目的基因
已经有6人回复
- BLAST的使用方法
已经有4人回复
- 如何用Spass建立数据
已经有4人回复
- NCBI blast 序列比对遇到的问题
已经有4人回复
- 批量Blast比对
已经有7人回复
- NCBI在线blast的问题
已经有7人回复
- 为什么要用本地blast
已经有7人回复
- 如何使用blast建立本地数据库（我下了很多fasta文件存放在一个文件夹里）
已经有4人回复
- 用一对引物blast多条序列
已经有5人回复
- Blast哪里下载？
已经有5人回复
- 【求助/交流】请教blast结果的解读
已经有6人回复
- 【分享】蛋白质结构预测流程
已经有32人回复
wizardfan
至尊木虫 (著名写手)
- MolEPI: 4
- 应助: 599 (博士)
- 贵宾: 1.818
- 金币: 24660.2
- 散金: 197
- 红花: 48
- 沙发: 2
- 帖子: 2254
- 在线: 400.7小时
- 虫号: 1879241
- 注册: 2012-07-05
- 性别: GG
- 专业: 生物信息学
【答案】应助回帖
★ ★
感谢参与，应助指数 +1
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2014-07-21 08:25:04
感谢参与，应助指数 +1
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2014-07-21 08:25:04
|
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK52637/ nr你是怎么下载的？有没有用update_blastdb？用了的话，那nr就可以直接用，不用formatdb。 你还是仔细看看文档再说 |
2楼2014-07-20 07:17:16
3楼2014-07-20 08:13:11
4楼2014-07-21 06:39:17