24小时热门版块排行榜    

查看: 1352  |  回复: 6

amq7392

铁杆木虫 (著名写手)

[交流] 【求助/交流】请教blast结果的解读 已有6人参与

将细菌16S rDNA序列提交到GenBank进行比对,得到的比对结果中,有Max score, total score, Max ident等几项,请问哪项指标代表序列最相似?因为我发现有时候score最大者其max ident却不是最大。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

怎么都行

银虫 (小有名气)

★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
scelab(金币+3):谢谢交流!:tiger06: 2010-10-07 23:24:30
我记得total score是该条比对结果与query的总符合的比例,例如94%意为query序列中总共有94%的序列与该结果能对应。
Max score是最大的一段能与结果对应的序列占query的比例。

Max ident是query能与该条比对结果对应的序列中出现的最高的一致度。

score大的比对结果不见得Max ident就最大,这很正常。一般两者都高的结果就最接近于真实
2楼2010-10-07 23:09:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Ran2010

新虫 (初入文坛)

★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
dhd997(金币+3):新虫鼓励交流。 2010-10-19 08:34:13
identity代表完全相同的位点个数
positive代表在BLOSUM62(BLAST默认)得分算法下,得分为正的位点个数(楼主是测dna应该是ident=positive吧?)
score是系统自带的算法,比较复杂。。
MAX score是seed扩展过程中的最大得分,total是最后得分
一般看ident就可以啦
3楼2010-10-19 07:25:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

taigongzaici

新虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
开卷有益,又学到不少东西,感谢发帖和回帖的虫子们
4楼2010-10-19 08:00:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

匿名

用户注销 (著名写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
本帖仅楼主可见
5楼2010-10-19 08:30:30
已阅   申请BioEPI   回复此楼   编辑   查看我的主页

evebobo

铜虫 (小有名气)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
dhd997(金币+1):谢谢交流。 2010-10-31 13:52:06
请问这些值应该优先考虑哪个呢?  如果都相同怎么选  那么多值都是一样的 但却不是一个属

另外还有一种情况 total score  query    E值      Max ident
                                  337   96%    2e-89          98%
                                  2316  96%    8e-88          97%
这两种情况应该怎么选呢 ?  有没有高人指点  很迷茫

另外还有提交NCBI获取登录号 具体操作
6楼2010-10-31 12:06:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tkfg

新虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
我也有这个困惑。score高的,ident不一定最高。如何取舍?
7楼2015-05-24 00:23:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 amq7392 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 化工299分求调剂 一志愿985落榜 +5 嘻嘻(*^ω^*) 2026-03-01 5/250 2026-03-01 19:47 by 无际的草原
[考研] 265分求调剂不调专业和学校有行学上就 +5 礼堂丁真258 2026-02-28 7/350 2026-03-01 19:12 by Js512888
[考研] 272求调剂 +6 材紫有化 2026-02-28 6/300 2026-03-01 18:58 by 18137688336
[考研] 291分工科求调剂 +9 science饿饿 2026-03-01 10/500 2026-03-01 18:55 by 18137688336
[考研] 295求调剂 +7 19171856320 2026-02-28 7/350 2026-03-01 18:54 by 18137688336
[考研] 0856求调剂285 +8 吕仔龙 2026-02-28 8/400 2026-03-01 17:25 by 刘兵
[考研] 290求调剂 +9 材料专硕调剂; 2026-02-28 11/550 2026-03-01 17:21 by sunny81
[基金申请] 刚录用,没有期刊号,但是在线可看的论文可以放为代表作吗 10+3 arang1 2026-03-01 3/150 2026-03-01 16:43 by babero
[考研] 313求调剂 +3 水流年lc 2026-02-28 3/150 2026-03-01 16:01 by 新能源达人
[考研] 307求调剂 +5 wyyyqx 2026-03-01 5/250 2026-03-01 15:21 by Fff-1
[考研] 295复试调剂 +3 简木ChuFront 2026-03-01 3/150 2026-03-01 14:27 by zzxw520th
[考研] 284求调剂 +6 天下熯 2026-02-28 6/300 2026-03-01 14:19 by Ducount.Y
[考研] 材料284求调剂,一志愿郑州大学英一数二专硕 +10 想上岸的土拨鼠 2026-02-28 10/500 2026-03-01 14:12 by yc258
[考研] 302材料工程求调剂 +4 Doleres 2026-03-01 5/250 2026-03-01 11:52 by liqiongjy
[考研] 寻找调剂 +4 LYidhsjabdj 2026-02-28 4/200 2026-03-01 10:56 by sunny81
[硕博家园] 博士自荐 +6 科研狗111 2026-02-26 10/500 2026-03-01 10:02 by 科研狗111
[考研] 272求调剂 +4 田智友 2026-02-28 4/200 2026-03-01 06:43 by 刘兵
[基金申请] 面上模板改不了页边距吧? +5 ieewxg 2026-02-25 6/300 2026-03-01 00:10 by addressing
[考研] 307求调剂 +4 73372112 2026-02-28 6/300 2026-03-01 00:04 by ll247
[硕博家园] 【博士招生】太原理工大学2026化工博士 +4 N1ce_try 2026-02-24 8/400 2026-02-26 08:40 by N1ce_try
信息提示
请填处理意见