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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » Blast鉴定细菌16SrRNA 结果选择问题
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snowdrops

银虫 (初入文坛)

[求助] Blast鉴定细菌16SrRNA 结果选择问题

我得到细菌的16SrRNA，使用blast进行菌种鉴定，但是发现使用Max score，Total score，Query cover，E value，Max ident 排序，第一排的细菌会得到不同的结果，且差距很大。那最后选择哪一个结果呢？哪一个结果比较可信呢？
谢谢！
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1楼 2013-04-05 01:45:22
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siyianhong

银虫 (小有名气)
不清楚，帮顶。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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2楼2013-04-05 08:05:11
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一一8778

铜虫 (小有名气)
★
myprayer: 金币+1, 鼓励应助，分子生物版块，期待你的精彩。 2013-04-07 13:48:34
Max ident，我一般在ncbi中Genbank上选默认的程序，其需要改到其中一个选择就是那个other
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3楼2013-04-05 14:11:09
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snowdrops

银虫 (初入文坛)
有听到说用Max score的，有Total score的，也有Max ident。
我有的细菌用不同的排序结果是不一样的，现在还是不是很确定用哪一种好。
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4楼2013-04-05 18:45:11
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kaqisa

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
snowdrops(gyesang代发): 金币+2, 鼓励回帖应助！ 2013-04-27 21:07:25
一般是score和e-value会用在论文里，排序时选的score是哪一类查查文献吧。
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爱猫爱科研，勇于做个大笨蛋，不怕批评不怕失败。
5楼2013-04-07 10:54:44
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Leo_xin

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
对于这个我也困惑，求解。  师兄说都差不多。。。。。
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还有太多地方值得改进。
6楼2013-04-07 10:58:39
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