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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » DNA重组 » NCBI的Blast比对，出现 "No significant similarity found"
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swach

铁虫 (小有名气)

[求助] NCBI的Blast比对，出现 "No significant similarity found" 已有3人参与

以前做16S，插入的片段是1.5K，这次插入的是470bp的片段，测序结果回来之后，用NCBI序列比对，就出现了如题的信息，没有比对结果，看网站的问题分析，可能是碱基序列太短，那应该怎么解决呢？以前16S的时候测序返回的序列很长，这次很短。是由于我插入的片段短吗？怎么解决呢？
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1楼 2014-08-15 09:25:53
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happydove

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
swach(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-08-15 13:00:54
我觉得序列不算短，那你可否把整个测序结果，不去掉载体部分，放进去比对一下
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2楼2014-08-15 11:22:13
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
swach(西门吹雪170代发): 金币+2, 鼓励回帖交流 2014-08-15 13:01:03
470bp并不短，16s rRNA基因保守性很高，如果比对出现了你这样的结果，几乎可以肯定连到载体上的序列不是该基因，是PCR、电泳、切胶回收等过程中的污染序列。或者做blast时，Program Selection选项你可以选择“Somewhat similar sequences (blastn)”而不是默认的“Highly similar sequences (megablast)”。
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3楼2014-08-15 11:47:00
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swach

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by stone2239 at 2014-08-15 11:47:00
470bp并不短，16s rRNA基因保守性很高，如果比对出现了你这样的结果，几乎可以肯定连到载体上的序列不是该基因，是PCR、电泳、切胶回收等过程中的污染序列。或者做blast时，Program Selection选项你可以选择“Somew ...

如果是污染序列的话，不可能22个序列都被污染了吧！而且如果我选择“16S ribosomal RNA (Bacteria and Archaea”,就出现这个结果，但是如果选择“Nucleotide collection”就能比对出结果。
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4楼2014-08-15 13:47:16
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by swach at 2014-08-15 13:47:16
如果是污染序列的话，不可能22个序列都被污染了吧！而且如果我选择“16S ribosomal RNA (Bacteria and Archaea”,就出现这个结果，但是如果选择“Nucleotide collection”就能比对出结果。...

那你选择“Nucleotide collection”时，比对上的都是什么结果呢？
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5楼2014-08-15 14:03:07
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swach

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by stone2239 at 2014-08-15 14:03:07
那你选择“Nucleotide collection”时，比对上的都是什么结果呢？...

Uncultured bacterium clone DaS36 nitrous oxide reductase (nosZ) gene, partial cds
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6楼2014-08-15 14:46:27
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
6楼: Originally posted by swach at 2014-08-15 14:46:27
Uncultured bacterium clone DaS36 nitrous oxide reductase (nosZ) gene, partial cds...

这说明你的PCR出问题了，扩出的片段不是你要的16s rRNA基因。可能是引物问题，非特异扩增。
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7楼2014-08-15 15:26:30
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swach

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by stone2239 at 2014-08-15 15:26:30
这说明你的PCR出问题了，扩出的片段不是你要的16s rRNA基因。可能是引物问题，非特异扩增。...

恩，我做的事功能基因，不是16S，用的引物是文献上面的引物，不应该有问题吧，扩增的位置也是对的
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8楼2014-08-15 15:55:39
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by swach at 2014-08-15 15:55:39
恩，我做的事功能基因，不是16S，用的引物是文献上面的引物，不应该有问题吧，扩增的位置也是对的...

晕，如果这就是你扩的目的基因，那你在纠结什么。
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9楼2014-08-15 16:21:34
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swach

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by stone2239 at 2014-08-15 16:21:34
晕，如果这就是你扩的目的基因，那你在纠结什么。...

主要是我以前都是选择最后一项“16S ribosomal RNA (Bacteria and Archaea)”这次还是选择这个选项，就没有比对结果，我有点蒙。为什么我现在的测序结果用这个选项就出不来结果呢？只能选择“Nucleotide collection (nt）”，出来的结果都不是菌株，而是上次回复里面的结果。
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10楼2014-08-15 17:28:34
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