应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » DNA重组 » NCBI的Blast比对，出现 "No significant similarity found"
151/2返回列表12下一页
查看: 6106  |  回复: 14
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

swach

铁虫 (小有名气)

[求助] NCBI的Blast比对，出现 "No significant similarity found" 已有3人参与

以前做16S，插入的片段是1.5K，这次插入的是470bp的片段，测序结果回来之后，用NCBI序列比对，就出现了如题的信息，没有比对结果，看网站的问题分析，可能是碱基序列太短，那应该怎么解决呢？以前16S的时候测序返回的序列很长，这次很短。是由于我插入的片段短吗？怎么解决呢？
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

生物信息学 信息科学与数学

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2014-08-15 09:25:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

happydove

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
swach(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-08-15 13:00:54
我觉得序列不算短，那你可否把整个测序结果，不去掉载体部分，放进去比对一下
赞一下 回复此楼
2楼2014-08-15 11:22:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
swach(西门吹雪170代发): 金币+2, 鼓励回帖交流 2014-08-15 13:01:03
470bp并不短，16s rRNA基因保守性很高，如果比对出现了你这样的结果，几乎可以肯定连到载体上的序列不是该基因，是PCR、电泳、切胶回收等过程中的污染序列。或者做blast时，Program Selection选项你可以选择“Somewhat similar sequences (blastn)”而不是默认的“Highly similar sequences (megablast)”。
赞一下 回复此楼
3楼2014-08-15 11:47:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

swach

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by stone2239 at 2014-08-15 11:47:00
470bp并不短，16s rRNA基因保守性很高，如果比对出现了你这样的结果，几乎可以肯定连到载体上的序列不是该基因，是PCR、电泳、切胶回收等过程中的污染序列。或者做blast时，Program Selection选项你可以选择“Somew ...

如果是污染序列的话，不可能22个序列都被污染了吧！而且如果我选择“16S ribosomal RNA (Bacteria and Archaea”,就出现这个结果，但是如果选择“Nucleotide collection”就能比对出结果。
赞一下 回复此楼
4楼2014-08-15 13:47:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

stone2239

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by swach at 2014-08-15 13:47:16
如果是污染序列的话，不可能22个序列都被污染了吧！而且如果我选择“16S ribosomal RNA (Bacteria and Archaea”,就出现这个结果，但是如果选择“Nucleotide collection”就能比对出结果。...

那你选择“Nucleotide collection”时，比对上的都是什么结果呢？
赞一下 回复此楼
5楼2014-08-15 14:03:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

swach

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by stone2239 at 2014-08-15 14:03:07
那你选择“Nucleotide collection”时，比对上的都是什么结果呢？...

Uncultured bacterium clone DaS36 nitrous oxide reductase (nosZ) gene, partial cds
赞一下 回复此楼
6楼2014-08-15 14:46:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
6楼: Originally posted by swach at 2014-08-15 14:46:27
Uncultured bacterium clone DaS36 nitrous oxide reductase (nosZ) gene, partial cds...

这说明你的PCR出问题了，扩出的片段不是你要的16s rRNA基因。可能是引物问题，非特异扩增。
赞一下 回复此楼
7楼2014-08-15 15:26:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

swach

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by stone2239 at 2014-08-15 15:26:30
这说明你的PCR出问题了，扩出的片段不是你要的16s rRNA基因。可能是引物问题，非特异扩增。...

恩，我做的事功能基因，不是16S，用的引物是文献上面的引物，不应该有问题吧，扩增的位置也是对的
赞一下 回复此楼
8楼2014-08-15 15:55:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

stone2239

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by swach at 2014-08-15 15:55:39
恩，我做的事功能基因，不是16S，用的引物是文献上面的引物，不应该有问题吧，扩增的位置也是对的...

晕，如果这就是你扩的目的基因，那你在纠结什么。
赞一下 回复此楼
9楼2014-08-15 16:21:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

swach

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by stone2239 at 2014-08-15 16:21:34
晕，如果这就是你扩的目的基因，那你在纠结什么。...

主要是我以前都是选择最后一项“16S ribosomal RNA (Bacteria and Archaea)”这次还是选择这个选项，就没有比对结果，我有点蒙。为什么我现在的测序结果用这个选项就出不来结果呢？只能选择“Nucleotide collection (nt）”，出来的结果都不是菌株，而是上次回复里面的结果。
赞一下 回复此楼
10楼2014-08-15 17:28:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 swach 的主题更新
151/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 估计是周四 +3 archvillain 2026-08-18 3/150 2026-08-21 01:48 by jnhyjjm
[基金申请] 科研孤儿太难了 +14 我4大白菜 2026-08-20 15/750 2026-08-20 22:33 by 袁向阳007
[基金申请] 让我中一个面上吧！ +8 大萍1987 2026-08-20 10/500 2026-08-20 21:48 by 大萍1987
[基金申请] 今天系统多次维护，明天很可能放榜！ +10 zju2000 2026-08-16 11/550 2026-08-20 20:02 by cl479861084
[基金申请] 只有每年这种时候来逛逛小木虫 +21 yaoyewhu2008 2026-08-20 22/1100 2026-08-20 17:03 by yaoyewhu2008
[基金申请] 放榜前的不淡定 40+3 snowwithsea 2026-08-19 12/600 2026-08-20 15:56 by lfy8008
[基金申请] 重要消息，中午系统在维护 +11 yuleib84 2026-08-18 12/600 2026-08-20 11:09 by xskun
[基金申请] 今天基金会出结果吗？20260819 +14 kkkl_v 2026-08-19 15/750 2026-08-20 08:21 by sunzitan
[基金申请] filecode，4个jtjc了 +11 ziyangfang 2026-08-19 13/650 2026-08-19 21:28 by aasahr
[基金申请] 今天放榜吗？ +14 布布和一二 2026-08-19 15/750 2026-08-19 18:07 by gltch
[基金申请] filecode=后面第一个是大写字母 +10 wangze12014 2026-08-14 12/600 2026-08-19 16:56 by 苦难博士
[基金申请] 2027广东省杰青 +4 奶牛小黑 2026-08-15 10/500 2026-08-19 11:02 by wanfengnew
[基金申请] 朋友圈看到的 +6 wangzilk 2026-08-18 8/400 2026-08-19 10:55 by Haru815
[基金申请] 快农历七夕节了，轻松一下，男人悄悄话，女施主请不要进来。 +6 Tide man 2026-08-14 7/350 2026-08-19 09:56 by ZJTJZ
[基金申请] 什么时候开奖？ +6 CrisMessi 2026-08-18 6/300 2026-08-19 08:06 by Equinoxhua
[基金申请] 明天放榜？ +5 Shxjjxjkx 2026-08-18 5/250 2026-08-18 18:14 by -大大大大大-
[论文投稿] 投稿咨询 +4 wwm09 2026-08-17 6/300 2026-08-18 15:36 by wwm09
[基金申请] 93BebMhtakh前后11位开头都是大写 +4 且听虎啸 2026-08-17 5/250 2026-08-18 00:49 by 蔡棒棒菂
[精细化工] 招聘 金属平磨液，抛光液研发工程师 +3 小天0311 2026-08-14 3/150 2026-08-16 07:31 by H9PLUS
[基金申请] 各位道友，我要去昆明玩几天，回来见。 +7 Tide man 2026-08-14 8/400 2026-08-15 01:11 by arzu_hma
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭