应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » DNA重组 » NCBI的Blast比对，出现 "No significant similarity found"
51/1返回列表
查看: 6108  |  回复: 14
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

swach

铁虫 (小有名气)

[求助] NCBI的Blast比对，出现 "No significant similarity found" 已有3人参与

以前做16S，插入的片段是1.5K，这次插入的是470bp的片段，测序结果回来之后，用NCBI序列比对，就出现了如题的信息，没有比对结果，看网站的问题分析，可能是碱基序列太短，那应该怎么解决呢？以前16S的时候测序返回的序列很长，这次很短。是由于我插入的片段短吗？怎么解决呢？
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

生物信息学 信息科学与数学

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2014-08-15 09:25:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
swach(西门吹雪170代发): 金币+2, 鼓励回帖交流 2014-08-15 13:01:03
470bp并不短，16s rRNA基因保守性很高，如果比对出现了你这样的结果，几乎可以肯定连到载体上的序列不是该基因，是PCR、电泳、切胶回收等过程中的污染序列。或者做blast时，Program Selection选项你可以选择“Somewhat similar sequences (blastn)”而不是默认的“Highly similar sequences (megablast)”。
赞一下 回复此楼
3楼2014-08-15 11:47:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 15 个回答

happydove

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
swach(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-08-15 13:00:54
我觉得序列不算短，那你可否把整个测序结果，不去掉载体部分，放进去比对一下
赞一下 回复此楼
2楼2014-08-15 11:22:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

swach

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by stone2239 at 2014-08-15 11:47:00
470bp并不短，16s rRNA基因保守性很高，如果比对出现了你这样的结果，几乎可以肯定连到载体上的序列不是该基因，是PCR、电泳、切胶回收等过程中的污染序列。或者做blast时，Program Selection选项你可以选择“Somew ...

如果是污染序列的话，不可能22个序列都被污染了吧！而且如果我选择“16S ribosomal RNA (Bacteria and Archaea”,就出现这个结果，但是如果选择“Nucleotide collection”就能比对出结果。
赞一下 回复此楼
4楼2014-08-15 13:47:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

stone2239

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by swach at 2014-08-15 13:47:16
如果是污染序列的话，不可能22个序列都被污染了吧！而且如果我选择“16S ribosomal RNA (Bacteria and Archaea”,就出现这个结果，但是如果选择“Nucleotide collection”就能比对出结果。...

那你选择“Nucleotide collection”时，比对上的都是什么结果呢？
赞一下 回复此楼
5楼2014-08-15 14:03:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 15 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[论文投稿] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-22 4/200 2026-08-23 04:04 by OEbVnUOu01ol
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-22 4/200 2026-08-23 03:55 by OEbVnUOu01ol
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-21 9/450 2026-08-23 03:31 by OEbVnUOu01ol
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 QTy3jDtz1uLt 2026-08-21 9/450 2026-08-23 03:04 by OEbVnUOu01ol
[考博] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 DpSrDtM079iu 2026-08-22 3/150 2026-08-23 00:55 by OEbVnUOu01ol
[基金申请] 范进中举一文的中心思想 +3 zjuhero 2026-08-22 4/200 2026-08-22 20:02 by mycsru
[教师之家] 跳槽后在研项目怎么办？ +3 简单化xn 2026-08-22 7/350 2026-08-22 19:46 by 简单化xn
[基金申请] 什么时候开奖？ +7 CrisMessi 2026-08-18 8/400 2026-08-22 18:29 by 淀粉搬运工
[基金申请] 只有每年这种时候来逛逛小木虫 +24 yaoyewhu2008 2026-08-20 26/1300 2026-08-22 17:43 by kammury
[基金申请] filecode，4个jtjc了 +13 ziyangfang 2026-08-19 16/800 2026-08-22 17:08 by WH3796
[基金申请] 时间戳今天，20号变了 +5 archvillain 2026-08-20 5/250 2026-08-22 06:12 by hui_daxiao
[基金申请] 今日不放榜？网传国自然预计 8 月 27 日可查结果 +16 医学老男孩 2026-08-20 20/1000 2026-08-21 21:13 by Ldrop2023
[基金申请] 看来今天不会放榜了？ +8 chengyan1220 2026-08-21 11/550 2026-08-21 17:52 by dcqxinyang
[基金申请] 感觉是下周放榜了 +7 angus9576 2026-08-17 12/600 2026-08-21 13:38 by weiyin
[基金申请] 应该是下周三26日公布了吧？ +4 哈哈蛤？ 2026-08-21 4/200 2026-08-21 10:58 by Vivilian
[论文投稿] 投稿咨询 +5 wwm09 2026-08-17 7/350 2026-08-21 10:11 by 期刊论文帮手
[基金申请] 估计是周四 +3 archvillain 2026-08-18 3/150 2026-08-21 01:48 by jnhyjjm
[基金申请] 今天系统多次维护，明天很可能放榜！ +10 zju2000 2026-08-16 11/550 2026-08-20 20:02 by cl479861084
[基金申请] 重要消息，中午系统在维护 +11 yuleib84 2026-08-18 12/600 2026-08-20 11:09 by xskun
[基金申请] 朋友圈看到的 +6 wangzilk 2026-08-18 8/400 2026-08-19 10:55 by Haru815
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭