应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » DNA重组 » NCBI的Blast比对，出现 "No significant similarity found"
51/1返回列表
查看: 4761  |  回复: 14
只看楼主@他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

swach

铁虫 (小有名气)

[求助] NCBI的Blast比对，出现 "No significant similarity found"已有3人参与

以前做16S，插入的片段是1.5K，这次插入的是470bp的片段，测序结果回来之后，用NCBI序列比对，就出现了如题的信息，没有比对结果，看网站的问题分析，可能是碱基序列太短，那应该怎么解决呢？以前16S的时候测序返回的序列很长，这次很短。是由于我插入的片段短吗？怎么解决呢？
回复此楼

» 收录本帖的淘贴专辑推荐

生物信息学 信息科学与数学

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼2014-08-15 09:25:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
swach(西门吹雪170代发): 金币+2, 鼓励回帖交流 2014-08-15 13:01:03
470bp并不短，16s rRNA基因保守性很高，如果比对出现了你这样的结果，几乎可以肯定连到载体上的序列不是该基因，是PCR、电泳、切胶回收等过程中的污染序列。或者做blast时，Program Selection选项你可以选择“Somewhat similar sequences (blastn)”而不是默认的“Highly similar sequences (megablast)”。
赞一下 回复此楼
3楼2014-08-15 11:47:00
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 15 个回答

happydove

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
swach(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-08-15 13:00:54
我觉得序列不算短，那你可否把整个测序结果，不去掉载体部分，放进去比对一下
赞一下 回复此楼
2楼2014-08-15 11:22:13
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

swach

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by stone2239 at 2014-08-15 11:47:00
470bp并不短，16s rRNA基因保守性很高，如果比对出现了你这样的结果，几乎可以肯定连到载体上的序列不是该基因，是PCR、电泳、切胶回收等过程中的污染序列。或者做blast时，Program Selection选项你可以选择“Somew ...

如果是污染序列的话，不可能22个序列都被污染了吧！而且如果我选择“16S ribosomal RNA (Bacteria and Archaea”,就出现这个结果，但是如果选择“Nucleotide collection”就能比对出结果。
赞一下 回复此楼
4楼2014-08-15 13:47:16
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

stone2239

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by swach at 2014-08-15 13:47:16
如果是污染序列的话，不可能22个序列都被污染了吧！而且如果我选择“16S ribosomal RNA (Bacteria and Archaea”,就出现这个结果，但是如果选择“Nucleotide collection”就能比对出结果。...

那你选择“Nucleotide collection”时，比对上的都是什么结果呢？
赞一下 回复此楼
5楼2014-08-15 14:03:07
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 15 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 SCI英文润色翻译-EnPapers美团队-先修改后付款
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 博后基金，以往的结果点不开，怎么回事呢？最后一次机会了，两次都没中前面。 +7 kyukitu 2024-06-14 9/450 2024-06-14 15:21 by 取名字烦人
[教师之家] 能在两广找到什么工作呢 +9 yrliao12 2024-06-08 24/1200 2024-06-14 15:16 by kanyechris
[硕博家园] 关于硕博连读的一些疑问？ +4 Lwenter 2024-06-14 4/200 2024-06-14 14:32 by ou0551
[考博] 申博找导师 +4 疏影横斜水清浅3 2024-06-13 6/300 2024-06-14 14:31 by zxl_1105
[基金申请] 博后面上今天有bug可以看到是否资助？ +19 lyfbangong 2024-06-12 30/1500 2024-06-14 12:30 by Yanchong
[基金申请] 面上基金有一个（两个）C是不是就没戏了.... 5+3 zzzm116 2024-06-13 16/800 2024-06-14 11:48 by draco1987
[基金申请] 有没有机械的前辈分享一下评上海优都是什么成果啊 +6 wulala800 2024-06-10 6/300 2024-06-14 11:19 by kyois8782
[教师之家] 关于2023的收入 +31 小龙虾2008 2024-06-10 31/1550 2024-06-14 11:08 by 刘国宁
[论文投稿] 投稿kbs被拒后，系统提供的推荐的其他期刊有用吗？ +3 chenrui2015 2024-06-10 3/150 2024-06-14 10:30 by Tr.sjx1997
[论文投稿] ACS Nano投稿后分配到副编辑手里12天了，能确定送审了吗？ +5 潇洒怡惜 2024-06-12 10/500 2024-06-14 09:56 by 潇洒怡惜
[论文投稿] 最近写了一篇控制优化领域的文章，可以投哪里啊？有没有水一些的期刊推荐 +7 香瓜木香 2024-06-12 13/650 2024-06-14 07:05 by 香瓜木香
[论文投稿] 文章proof要求使用机构的邮箱 5+3 不可不信缘 2024-06-11 11/550 2024-06-14 07:00 by 3001160025
[教师之家] 请各位老师谈谈身边非升即走的例子 +10 Lucas1121 2024-06-09 25/1250 2024-06-13 21:52 by Lucas1121
[有机交流] 旋蒸请教 +6 办公室摸鱼 2024-06-09 9/450 2024-06-13 21:31 by wuxiaominggo
[基金申请] 连续两年医学口青年项目初审体会 +11 进击的荣耀 2024-06-09 18/900 2024-06-13 17:27 by 进击的荣耀
[博后之家] 第75批博后面上大概什么时候能出结果。 +4 超级老快 2024-06-07 5/250 2024-06-13 15:53 by 三号背心
[基金申请] 请问评审专家医学口今年函审是哪天结束的？ +5 hyzs6688 2024-06-08 19/950 2024-06-13 06:33 by hyzs6688
[基金申请] 博后特助这周出结果吗？往年都是啥时候啊？ +13 jsqy 2024-06-12 17/850 2024-06-12 19:55 by Lynn212
[硕博家园] 迷茫的毕业季 +7 独孤老狗 2024-06-08 7/350 2024-06-12 19:13 by 投必得科研顾问
[论文投稿] 计算机类，请问eswa与kbs哪个相对来说容易一些啊？ +3 chenrui2015 2024-06-08 4/200 2024-06-11 13:37 by p-cloud
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭