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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 【求助/交流】请教blast结果的解读
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amq7392

铁杆木虫 (著名写手)

[交流] 【求助/交流】请教blast结果的解读 已有6人参与

将细菌16S rDNA序列提交到GenBank进行比对，得到的比对结果中，有Max score, total score, Max ident等几项，请问哪项指标代表序列最相似？因为我发现有时候score最大者其max ident却不是最大。
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1楼 2010-10-07 19:41:08
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evebobo

铜虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
dhd997(金币+1):谢谢交流。 2010-10-31 13:52:06
请问这些值应该优先考虑哪个呢?  如果都相同怎么选  那么多值都是一样的 但却不是一个属

另外还有一种情况 total score  query    E值      Max ident
                                  337   96%    2e-89          98%
                                  2316  96%    8e-88          97%
这两种情况应该怎么选呢 ？  有没有高人指点  很迷茫

另外还有提交NCBI获取登录号 具体操作
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6楼2010-10-31 12:06:12
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怎么都行

银虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
scelab(金币+3):谢谢交流！:tiger06: 2010-10-07 23:24:30
我记得total score是该条比对结果与query的总符合的比例，例如94%意为query序列中总共有94%的序列与该结果能对应。
Max score是最大的一段能与结果对应的序列占query的比例。

Max ident是query能与该条比对结果对应的序列中出现的最高的一致度。

score大的比对结果不见得Max ident就最大，这很正常。一般两者都高的结果就最接近于真实
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2楼2010-10-07 23:09:53
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Ran2010

新虫 (初入文坛)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
dhd997(金币+3):新虫鼓励交流。 2010-10-19 08:34:13
identity代表完全相同的位点个数
positive代表在BLOSUM62（BLAST默认）得分算法下，得分为正的位点个数（楼主是测dna应该是ident=positive吧？）
score是系统自带的算法，比较复杂。。
MAX score是seed扩展过程中的最大得分，total是最后得分
一般看ident就可以啦
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3楼2010-10-19 07:25:22
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taigongzaici

新虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
开卷有益，又学到不少东西，感谢发帖和回帖的虫子们
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4楼2010-10-19 08:00:34
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