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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 请教启动子序列预测方法
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西门吹雪170

荣誉版主 (职业作家)

[求助] 请教启动子序列预测方法 已有4人参与

现已扩增一基因的基因组前端序列，求助各位大神如何预测此序列的启动子，以及转录起始位点和转录因子结合位点？不甚感激！！！
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植根于内心的修养；无需提醒的自觉；以约束为前提的自由；为别人着想的善良
1楼 2014-04-29 19:25:13
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+3, ★有帮助, 非常感谢提供帮助 2014-05-01 22:38:50
预测启动子：PLACE(https://sogo.dna.affrc.go.jp/cgi ... amp;page=newplace);
PlantCARE(http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/plantcare/html/);
MEME(http://meme.nbcr.net/meme/);植物启动子TSSP（http://linux1.softberry.com/berr ... p;subgroup=promoter）；CBS上也有（http://www.cbs.dtu.dk/services/）。
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9楼2014-05-01 21:22:51
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biology-boy

禁虫 (正式写手)
★
感谢参与，应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香，分子生物期待你更多精彩。 2014-04-29 21:11:15
本帖内容被屏蔽
2楼2014-04-29 19:51:53
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曼舞流苏

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+3, ★有帮助 2014-05-01 22:38:07
去NCBI里面看看能不能找到吧，我看师兄他们经常在里面搞核苷酸序列什么的。。
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6楼2014-04-30 12:49:33
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曼舞流苏

新虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 西门吹雪170 at 2014-04-30 13:40:30
NCBI里面没有预测的吧？...

NCBI我接触的比较少，师兄师姐用的比较多，回头帮你问问再回复你。。。
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8楼2014-05-01 18:23:01
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普通回帖

meng_xu

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
什么物种呢？
如果是大肠杆菌的话，你可以看看ecocyc和regulonDB
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3楼2014-04-30 05:41:07
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西门吹雪170

荣誉版主 (职业作家)
引用回帖:
3楼: Originally posted by meng_xu at 2014-04-30 05:41:07
什么物种呢？
如果是大肠杆菌的话，你可以看看ecocyc和regulonDB

真核的
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4楼2014-04-30 09:23:00
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西门吹雪170

荣誉版主 (职业作家)
引用回帖:
2楼: Originally posted by biology-boy at 2014-04-29 19:51:53
你百度一下 有两个预测启动子的 网站 需要把结果综合一下分析 大概就能找到启动子了。

能否讲详细点？我已经试过好几个了，但是感觉结果不一致，而且转录因子结合位点的只找到一种预测方法，求赐教
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5楼2014-04-30 09:24:42
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西门吹雪170

荣誉版主 (职业作家)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 曼舞流苏 at 2014-04-30 12:49:33
去NCBI里面看看能不能找到吧，我看师兄他们经常在里面搞核苷酸序列什么的。。

NCBI里面没有预测的吧？
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7楼2014-04-30 13:40:30
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西门吹雪170

荣誉版主 (职业作家)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 曼舞流苏 at 2014-05-01 18:23:01
NCBI我接触的比较少，师兄师姐用的比较多，回头帮你问问再回复你。。。...

好的，非常感谢
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10楼2014-05-01 22:37:47
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