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冷眼倦天涯

金虫 (小有名气)

[求助] 如何用NCBI查找一段基因序列的启动子？ 已有3人参与

如何用NCBI查找一段基因序列的启动子？急急急急
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1楼 2013-10-15 22:49:37
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

颜露露

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

引用回帖:
6楼: Originally posted by zsp88 at 2014-03-11 17:38:07
可是genebank中好多序列的CDs区前只有60bp，那么其他的部分怎么找啊？...

你别搜索nucleotide，要搜索chromesome，去全基因组序列里，找到这个基因的位置，然后，复制它上游大概3kb的序列，里面会包含启动子元件，你用预测软件找一下，或者传统方法，逐渐剪短做启动子系列载体来寻找。如果是研究功能，研究特定蛋白作用位点，还是建议预测一下有针对性地设计。
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8楼2014-03-26 17:04:15
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紫宸成政

木虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2013-10-16 09:10:33
冷眼倦天涯: 金币+2 2014-01-15 10:54:53
可以先找到该基因  然后在注释中找到CDS区    从CDS区向上推2500到4000bp  具体推多少就要看文章了

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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2楼2013-10-16 06:25:40
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tom8559

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
冷眼倦天涯: 金币+1, ★有帮助 2014-01-15 10:54:39
这个网站可能会有帮助，当真正找到启动子序列很难，一般都是预估多少bp吧。http://wenku.baidu.com/view/fd76162e0066f5335a8121b5.html
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4楼2013-10-17 11:42:20
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jihao1986

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 颜露露 at 2014-03-26 17:04:15
你别搜索nucleotide，要搜索chromesome，去全基因组序列里，找到这个基因的位置，然后，复制它上游大概3kb的序列，里面会包含启动子元件，你用预测软件找一下，或者传统方法，逐渐剪短做启动子系列载体来寻找。如果 ...

楼上你好，我想问一下，在全基因组序列里面相邻的基因A和基因B夹着的区域是不是就包含着基因B的启动子序列？
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9楼2015-11-16 21:49:42
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普通回帖

ck8148

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
冷眼倦天涯: 金币+1 2014-01-15 10:55:26
在TAIR网址上面找拟南芥的，很全，但只是相似序列
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3楼2013-10-17 11:31:08
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冷眼倦天涯

金虫 (小有名气)
5楼2014-01-15 10:55:43
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zsp88

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 紫宸成政 at 2013-10-16 06:25:40
可以先找到该基因  然后在注释中找到CDS区    从CDS区向上推2500到4000bp  具体推多少就要看文章了

可是genebank中好多序列的CDs区前只有60bp，那么其他的部分怎么找啊？
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6楼2014-03-11 17:38:07
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lvbobo823

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2014-03-12 10:19:19
基因的启动子位于基因前2kb区域左右，核心区域也就几百bp，建议把基因前的序列分析一下一般会有重复序列，从重复序列后端到ATG前端克隆启动子比较完全。
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hehe
7楼2014-03-11 20:16:31
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叶寻

捐助贵宾 (初入文坛)
引用回帖:
9楼: Originally posted by jihao1986 at 2015-11-16 21:49:42
楼上你好，我想问一下，在全基因组序列里面相邻的基因A和基因B夹着的区域是不是就包含着基因B的启动子序列？...

楼主您好，我有已知的细菌基因序列，想分析一个基因的结构，比如启动子区域，请问应该用什么预测软件呀？谢谢指教
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10楼2020-10-15 13:05:53
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