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碧海椰树

木虫 (小有名气)

[求助] 求助 查找基因序列

最近在研究一个基因ompr,该基因在大肠杆菌里面的序列以及作用机制研究的十分透彻,但是在我研究的菌株(已测序)里面搜索,找到14个疑似基因,想问下可以用什么方法确定一下该基因我研究的菌株里的序列?
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lidonghong

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
把你找到得14个疑似基因序列和大肠杆菌中的该基因序列进行比对,看看哪个同源性最高,另外该基因有没有什么特定的序列等 结合一些相关的序列特征 确定14个是否有你想要的目的基因序列
生物化学与分子生物学
2楼2012-09-18 14:36:22
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碧海椰树

木虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by lidonghong at 2012-09-18 14:36:22
把你找到得14个疑似基因序列和大肠杆菌中的该基因序列进行比对,看看哪个同源性最高,另外该基因有没有什么特定的序列等 结合一些相关的序列特征 确定14个是否有你想要的目的基因序列

比对的结果很失望,同源性不到50%,真么低都不知道怎么办才好,无论如何还是谢谢你!
3楼2012-09-21 14:57:49
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lidonghong

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


wizardfan: 金币+1, 谢谢参与 2012-09-24 05:58:05
引用回帖:
3楼: Originally posted by 碧海椰树 at 2012-09-21 14:57:49
比对的结果很失望,同源性不到50%,真么低都不知道怎么办才好,无论如何还是谢谢你!...

这么低啊 那就从你那个基因的保守序列或特征序列下手 分析分析
生物化学与分子生物学
4楼2012-09-23 12:34:41
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

那你怎么找到的14个疑似基因的,怎么判断的?
5楼2012-09-24 05:56:25
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

你对比的是核酸序列还是蛋白序列?有些同源基因蛋白序列的identity只有30-40%,要具体情况具体分析。
6楼2012-09-25 13:18:34
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