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冷眼倦天涯

金虫 (小有名气)

[求助] 如何用NCBI查找一段基因序列的启动子? 已有3人参与

如何用NCBI查找一段基因序列的启动子?急急急急
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颜露露

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

引用回帖:
6楼: Originally posted by zsp88 at 2014-03-11 17:38:07
可是genebank中好多序列的CDs区前只有60bp,那么其他的部分怎么找啊?...

你别搜索nucleotide,要搜索chromesome,去全基因组序列里,找到这个基因的位置,然后,复制它上游大概3kb的序列,里面会包含启动子元件,你用预测软件找一下,或者传统方法,逐渐剪短做启动子系列载体来寻找。如果是研究功能,研究特定蛋白作用位点,还是建议预测一下有针对性地设计。
8楼2014-03-26 17:04:15
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紫宸成政

木虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
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kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2013-10-16 09:10:33
冷眼倦天涯: 金币+2 2014-01-15 10:54:53
可以先找到该基因  然后在注释中找到CDS区    从CDS区向上推2500到4000bp  具体推多少就要看文章了

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
2楼2013-10-16 06:25:40
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ck8148

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
冷眼倦天涯: 金币+1 2014-01-15 10:55:26
在TAIR网址上面找拟南芥的,很全,但只是相似序列
3楼2013-10-17 11:31:08
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tom8559

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
冷眼倦天涯: 金币+1, 有帮助 2014-01-15 10:54:39
这个网站可能会有帮助,当真正找到启动子序列很难,一般都是预估多少bp吧。http://wenku.baidu.com/view/fd76162e0066f5335a8121b5.html
4楼2013-10-17 11:42:20
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