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say-jeremy

新虫 (初入文坛)

[求助] 已经在Gene bank中查找到了某个基因的序列， 如何设计PVR的上下游引物呢？

已经在Gene bank中查找到了某个基因的序列， 如何设计PVR的上下游引物呢？
求解之  谢谢谢谢
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1楼 2011-06-29 10:36:23
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say-jeremy

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by say-jeremy at 2011-06-29 10:36:23:
已经在Gene bank中查找到了某个基因的序列， 如何设计PVR的上下游引物呢？
求解之  谢谢谢谢

打错了  是PCR引物
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2楼2011-06-29 10:38:05
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iaminxanadu

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
amisking(金币+3, EPI+1): 鼓励应助 2011-06-29 18:08:48
say-jeremy(金币+4): 2011-06-29 20:22:41
PCR后做什么啊？



最简单的就是看，用眼睛看，根据那些随处可见的引物计原则。

差不多就拷贝序列的前19个左右的碱基作为上引物，序列末端后19个左右碱基的互补序列反过来写作为下引物。

根据下一步的用途

1.考虑序列是否要带原来的启动子终止子，还是只要ORF、CDS

1.考虑加入合适的酶切位点。
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3楼2011-06-29 10:56:31
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jinkui960

至尊木虫 (知名作家)

【答案】应助回帖

★
amisking(金币+1): 鼓励应助 2011-06-29 18:09:10
say-jeremy(金币+6): 2011-06-29 20:22:51
最简单、方便的引物在线设计软件Primer 3，很好用哦！

http://frodo.wi.mit.edu/primer3/
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4楼2011-06-29 11:24:19
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say-jeremy

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by jinkui960 at 2011-06-29 11:24:19:
最简单、方便的引物在线设计软件Primer 3，很好用哦！

http://frodo.wi.mit.edu/primer3/

只要把序列复制粘贴一下就行吗？
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5楼2011-06-29 12:25:59
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jinkui960

至尊木虫 (知名作家)

【答案】应助回帖

是的，还要设定你要扩增的目的产物有多大，引物长度、Tm值也可以根据自己的要求进行设定！
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6楼2011-06-29 12:27:48
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say-jeremy

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by jinkui960 at 2011-06-29 12:27:48:
是的，还要设定你要扩增的目的产物有多大，引物长度、Tm值也可以根据自己的要求进行设定！

还想问一个问题  那用你说的这个方法和primer premier 6  软件设计 哪个更精确呢    谢谢哈
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7楼2011-06-29 16:28:47
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jinkui960

至尊木虫 (知名作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
Originally posted by say-jeremy at 2011-06-29 16:28:47:
还想问一个问题  那用你说的这个方法和primer premier 6  软件设计 哪个更精确呢    谢谢哈

没有比较过，不过一般的PCR， Primer 3足够了！
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8楼2011-06-29 17:09:02
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