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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 请教启动子序列预测方法
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曼舞流苏

新虫 (小有名气)
引用回帖:
10楼: Originally posted by 西门吹雪170 at 2014-05-01 22:37:47
好的，非常感谢...

师兄师姐也不知道，不过我在浏览木虫时候看到了这些，粘贴过来，你看看有用没有。

【你这个是经典的启动子mapping实验
很简单，你可以搞一个报告基因系统，Luciferase、CAT、甚至来个GFP也行。
然后找一个没有启动子的表达载体，Luciferase系统的就是pGL3-Basic应该
再把你怀疑有启动子活性的片段装进去
检测下游报告基因是否表达
用这个系统，你可以通过不断的做deletion，找到你这段长序列里面的核心启动子
看看《分子克隆》第三版，有这些内容很详细的说明】

希望对你有用哈。。
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11楼2014-05-05 09:54:13
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曼舞流苏

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
西门吹雪170: 金币+5, ★有帮助, 感谢热心帮忙 2014-05-05 11:03:09
引用回帖:
10楼: Originally posted by 西门吹雪170 at 2014-05-01 22:37:47
好的，非常感谢...

师兄师姐也不很清楚到底怎么弄，他们只是在NCBI里面查找一些引物特异性什么的。但是我在浏览网页的时候看到了这个，你看看对你是不是有用。。

【你这个是经典的启动子mapping实验
很简单，你可以搞一个报告基因系统，Luciferase、CAT、甚至来个GFP也行。
然后找一个没有启动子的表达载体，Luciferase系统的就是pGL3-Basic应该
再把你怀疑有启动子活性的片段装进去
检测下游报告基因是否表达
用这个系统，你可以通过不断的做deletion，找到你这段长序列里面的核心启动子
看看《分子克隆》第三版，有这些内容很详细的说明】

希望对你有用吧。。。
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12楼2014-05-05 09:57:28
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西门吹雪170

荣誉版主 (职业作家)
引用回帖:
12楼: Originally posted by 曼舞流苏 at 2014-05-05 09:57:28
师兄师姐也不很清楚到底怎么弄，他们只是在NCBI里面查找一些引物特异性什么的。但是我在浏览网页的时候看到了这个，你看看对你是不是有用。。

【你这个是经典的启动子mapping实验
很简单，你可以搞一个报告基因 ...

感谢您的帮忙，现在已让公司继续测序，至于启动子后续的验证实验我会参考分子克隆实验指南及相关文献吧，不过这得等老师安排才行，现在要等测序结果
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植根于内心的修养；无需提醒的自觉；以约束为前提的自由；为别人着想的善良
13楼2014-05-05 11:05:48
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西门吹雪170

荣誉版主 (职业作家)
引用回帖:
12楼: Originally posted by 曼舞流苏 at 2014-05-05 09:57:28
师兄师姐也不很清楚到底怎么弄，他们只是在NCBI里面查找一些引物特异性什么的。但是我在浏览网页的时候看到了这个，你看看对你是不是有用。。

【你这个是经典的启动子mapping实验
很简单，你可以搞一个报告基因 ...

感谢您的帮忙，现在已让公司继续测序，至于启动子后续的验证实验我会参考分子克隆实验指南及相关文献吧，不过这得等老师安排才行，现在要等测序结果
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植根于内心的修养；无需提醒的自觉；以约束为前提的自由；为别人着想的善良
14楼2014-05-05 11:05:59
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曼舞流苏

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
14楼: Originally posted by 西门吹雪170 at 2014-05-05 11:05:59
感谢您的帮忙，现在已让公司继续测序，至于启动子后续的验证实验我会参考分子克隆实验指南及相关文献吧，不过这得等老师安排才行，现在要等测序结果...

不谢不谢，也没帮上什么忙。祝你好运！
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15楼2014-05-06 09:01:57
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menton3

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
14楼: Originally posted by 西门吹雪170 at 2014-05-05 11:05:59
感谢您的帮忙，现在已让公司继续测序，至于启动子后续的验证实验我会参考分子克隆实验指南及相关文献吧，不过这得等老师安排才行，现在要等测序结果...

你好，请问楼主用过的比较可靠的启动子、转录起始位点和转录因子结合位点预测比较好的方法和工具是什么？能否告诉一下，Q 2248320899，不甚感激，
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舍我其谁
16楼2014-12-03 19:00:03
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西门吹雪170

荣誉版主 (职业作家)
引用回帖:
16楼: Originally posted by menton3 at 2014-12-03 19:00:03
你好，请问楼主用过的比较可靠的启动子、转录起始位点和转录因子结合位点预测比较好的方法和工具是什么？能否告诉一下，Q 2248320899，不甚感激，...

在线搜，一个一个查过去
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17楼2014-12-04 19:45:19
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