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西门吹雪170

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[求助] 请教启动子序列预测方法已有4人参与

现已扩增一基因的基因组前端序列，求助各位大神如何预测此序列的启动子，以及转录起始位点和转录因子结合位点？不甚感激！！！
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植根于内心的修养；无需提醒的自觉；以约束为前提的自由；为别人着想的善良
1楼2014-04-29 19:25:13
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西门吹雪170

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3楼: Originally posted by meng_xu at 2014-04-30 05:41:07
什么物种呢？
如果是大肠杆菌的话，你可以看看ecocyc和regulonDB

真核的
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植根于内心的修养；无需提醒的自觉；以约束为前提的自由；为别人着想的善良
4楼2014-04-30 09:23:00
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西门吹雪170

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2楼: Originally posted by biology-boy at 2014-04-29 19:51:53
你百度一下 有两个预测启动子的 网站 需要把结果综合一下分析 大概就能找到启动子了。

能否讲详细点？我已经试过好几个了，但是感觉结果不一致，而且转录因子结合位点的只找到一种预测方法，求赐教
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5楼2014-04-30 09:24:42
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西门吹雪170

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6楼: Originally posted by 曼舞流苏 at 2014-04-30 12:49:33
去NCBI里面看看能不能找到吧，我看师兄他们经常在里面搞核苷酸序列什么的。。

NCBI里面没有预测的吧？
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植根于内心的修养；无需提醒的自觉；以约束为前提的自由；为别人着想的善良
7楼2014-04-30 13:40:30
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西门吹雪170

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8楼: Originally posted by 曼舞流苏 at 2014-05-01 18:23:01
NCBI我接触的比较少，师兄师姐用的比较多，回头帮你问问再回复你。。。...

好的，非常感谢
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植根于内心的修养；无需提醒的自觉；以约束为前提的自由；为别人着想的善良
10楼2014-05-01 22:37:47
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西门吹雪170

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12楼: Originally posted by 曼舞流苏 at 2014-05-05 09:57:28
师兄师姐也不很清楚到底怎么弄，他们只是在NCBI里面查找一些引物特异性什么的。但是我在浏览网页的时候看到了这个，你看看对你是不是有用。。

【你这个是经典的启动子mapping实验
很简单，你可以搞一个报告基因 ...

感谢您的帮忙，现在已让公司继续测序，至于启动子后续的验证实验我会参考分子克隆实验指南及相关文献吧，不过这得等老师安排才行，现在要等测序结果
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13楼2014-05-05 11:05:48
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12楼: Originally posted by 曼舞流苏 at 2014-05-05 09:57:28
师兄师姐也不很清楚到底怎么弄，他们只是在NCBI里面查找一些引物特异性什么的。但是我在浏览网页的时候看到了这个，你看看对你是不是有用。。

【你这个是经典的启动子mapping实验
很简单，你可以搞一个报告基因 ...

感谢您的帮忙，现在已让公司继续测序，至于启动子后续的验证实验我会参考分子克隆实验指南及相关文献吧，不过这得等老师安排才行，现在要等测序结果
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14楼2014-05-05 11:05:59
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西门吹雪170

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16楼: Originally posted by menton3 at 2014-12-03 19:00:03
你好，请问楼主用过的比较可靠的启动子、转录起始位点和转录因子结合位点预测比较好的方法和工具是什么？能否告诉一下，Q 2248320899，不甚感激，...

在线搜，一个一个查过去
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17楼2014-12-04 19:45:19
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