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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 如何确定一段序列中那一部分是启动子
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lwk5716

铁杆木虫 (正式写手)

[求助] 如何确定一段序列中那一部分是启动子 已有3人参与

各位前辈大家好：我先一个问题感到不解，我通过抑制差减杂交获得了一段基因的序列，并且在网上和其同源序列比对，发现开放阅读框是拿到了，3'末端到了polyA，5'末端到了ATG之前的几个碱基。我用那这段序列和数据库比对找到了对应了DNA序列，并且有了ATG前面的6Kb多的序列，但我不知道启动子具体是哪部分，转录起始点是哪里？请问各位前辈有没有什么软件或者网站可以预测啊？或者有没有什么分子生物学手段进行研究，我想知道它受哪类转录因子调控。谢谢各位前辈了。
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1楼 2014-04-01 20:12:36
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biostar2009

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
lwk5716(西门吹雪170代发): 金币+3, 鼓励回帖交流 2014-04-02 08:31:39
lwk5716: 金币+2, ★★★★★最佳答案 2014-04-02 10:06:26
你这个是经典的启动子mapping实验
很简单，你可以搞一个报告基因系统，Luciferase、CAT、甚至来个GFP也行。
然后找一个没有启动子的表达载体，Luciferase系统的就是pGL3-Basic应该
再把你怀疑有启动子活性的片段装进去
检测下游报告基因是否表达
用这个系统，你可以通过不断的做deletion，找到你这段长序列里面的核心启动子
看看《分子克隆》第三版，有这些内容很详细的说明
赞一下(3人) 回复此楼
2楼2014-04-01 20:30:22
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yyshpy007

禁虫 (正式写手)
★
感谢参与，应助指数 +1
lwk5716(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-04-02 08:31:54
本帖内容被屏蔽
3楼2014-04-01 23:55:30
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lvbobo823

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
lwk5716(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-04-02 08:32:10
lwk5716: 金币+3, ★★★很有帮助 2014-04-02 09:54:02
一般ATG前端2kb左右是启动子区域。
赞一下(2人) 回复此楼
hehe
4楼2014-04-02 07:28:02
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lwk5716

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by lvbobo823 at 2014-04-02 07:28:02
一般ATG前端2kb左右是启动子区域。

谢谢你了！
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5楼2014-04-02 09:54:26
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lwk5716

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by biostar2009 at 2014-04-01 20:30:22
你这个是经典的启动子mapping实验
很简单，你可以搞一个报告基因系统，Luciferase、CAT、甚至来个GFP也行。
然后找一个没有启动子的表达载体，Luciferase系统的就是pGL3-Basic应该
再把你怀疑有启动子活性的片段 ...

谢谢你。
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6楼2014-04-02 10:06:47
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yxwjimmy

木虫 (正式写手)
5'RACE 可以确定转录起始位点
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7楼2014-04-02 17:32:50
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lwk5716

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by yxwjimmy at 2014-04-02 17:32:50
5'RACE 可以确定转录起始位点

谢谢！
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8楼2014-04-03 21:08:40
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