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mjzjily铜虫 (初入文坛)
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[求助]
关于基因构建中开放阅读框架的若干问题
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Sample Text 我刚接触分子生物学不久，现在做基因构建的实验设计。在阅读文献时，对开放阅读框架产生了一些疑问，请各路高手多多指导了： 1. 我看到一些原核生物基因的ORF，有一部分包含在目的基因的序列中，也有一部分甚至在该基因启动子保守序列的上游。因此，如果要获得ORF片段的话，我应该如何知道哪些片段序列是ORF？只靠预测软件吗？ 2. 在原核生物的基因构建时，是不是只要将获得的目的基因片段连入载体，就可以了？还需要考虑开放阅读框架吗？若只构建目的基因，不考虑ORF，会不会影响基因的表达？ 3. 此外，每个基因都有一个ORF吗？可以不含有ORF？Sample TextSample Text |
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 【分子生物】EPI帖 |
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lxj341401
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【答案】应助回帖
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感谢参与，应助指数 +1
西瓜: 金币+5, MolEPI+1, 专家考核, Good！辛苦~ 2012-04-08 16:56:03
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西瓜: 金币+5, MolEPI+1, 专家考核, Good！辛苦~ 2012-04-08 16:56:03
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ORF（open reading frame，开放阅读框)是DNA上的一段碱基序列，由于拥有特殊的起始密码子和直到可以从该段碱基序列产生合适大小蛋白才出现的终止密码子，该段碱基序列编码一个蛋白。ORF的识别是证明一个新的DNA序列为特定的蛋白质编码基因的部分或全部的先决条件。 1、片段序列是否ORF，自己用眼睛看太辛苦，用软件预测方便快捷，很多生物软件都能预测的，也有在线预测工具。 2、在原核生物的基因构建时，要考虑开放阅读框架的，否则影响基因的表达，出现提前蛋白表达不准确或不能表达的情况。 3、每个结构基因都有相应的每个基因ORF，编码RNA的基因一般没有ORF。 |
2楼2012-04-08 11:19:05
mjzjily
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  谢谢指导了。还有对于ORF的长度，我也有些疑惑。我查了很多有关原核orf的资料。我的理解是这样的。您看看是否有错？1.全长ORF：是指只含有编码一个全长蛋白质的序列，也就是指我们平时从网上查到滴目的基因的序列（从起始密码到终止密码）。是这样吗？ 2.ORF：网上查到说，基因中的ORF包含并位于开始编码与终止编码之间。那就是说，ORF是完全包含在全长ORF（目的基因序列）中的吗？还是说，ORF中有一部分是目的基因序列，另一部分是目的基因上游的序列，包括启动子，甚至启动子更上游的序列？ 3.基因构建时，要如何考虑ORF的情况，以防止阅读框架的改变？如果只克隆全长orf，再连入表达载体，会不会有阅读框架改变的可能？还是说一定要把ORF区连同目的基因一起构建入表达载体才行？ 谢谢啦~~？ |
3楼2012-04-09 16:50:10
lxj341401
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7楼2012-04-09 21:29:08
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