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zaasyangyong

金虫 (正式写手)


[交流] 一个关于水稻基因图位克隆的问题诚挚恳求大牛解答

一个关于水稻基因图位克隆的问题诚挚恳求大牛解答

我在做一个类病变突变体的基因图位克隆。

首先,突变体和它的野生型杂交确定显隐性,F2分离群体内 突变型:野生型=1:3,卡方检测差异不显著,说明单基因隐性;

接着,用突变体和籼稻9311杂交,选F2有限群体进行粗定位,结果问题来了。选了突变型50个单株,无突变表型28个单株。全基因组筛到一个标记,在50个突变群体内,突变体的带型:9311的带型:杂合带型=40:1:9。感觉应该和这个标记有连锁。然而,在28个无突变表型群体内,突变体的带型:9311的带型:杂合带型=11:6:11。开始怀疑是不是单株取错了,又取了一批叶片,结果还是突变体的带型很多,和突变群体内的比例完全不是一个类型的趋势。

真是百思不得其解,恳求大牛解答,到底是肿么回事啊?
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zaasyangyong

金虫 (正式写手)


1949stone: 过节去了 2011-10-04 22:33:24
怎么没人说话啊?
2楼2011-10-04 22:05:29
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zaasyangyong

金虫 (正式写手)


怎么没人来说说啊?
3楼2011-10-05 21:49:33
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wanhscn

木虫 (职业作家)


什么突变自然突变还是EMS等诱导的单位点突变?
4楼2011-10-05 21:56:20
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wanhscn

木虫 (职业作家)


★ ★
西瓜(金币+2): 鼓励应助 2011-10-05 22:37:14
zaasyangyong(金币+3): 谢谢回复赐教 2011-10-06 15:58:37
40+11=51个突变带型, 其中没有突变表性的11铢,交换11/51=20%, 遗传距离20CM,没有连锁!
5楼2011-10-05 22:19:07
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wanhscn

木虫 (职业作家)



西瓜(金币+1): good 2011-10-05 22:42:59
应该用抗感池法进行筛标记
6楼2011-10-05 22:20:02
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zaasyangyong

金虫 (正式写手)


引用回帖:
4楼: Originally posted by wanhscn at 2011-10-05 21:56:20:
什么突变自然突变还是EMS等诱导的单位点突变?

钴辐射突变
7楼2011-10-06 15:31:43
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zaasyangyong

金虫 (正式写手)


★ ★ ★
wanhscn(金币+3): 鼓励交流! 2011-10-10 09:57:37
引用回帖:
5楼: Originally posted by wanhscn at 2011-10-05 22:19:07:
40+11=51个突变带型, 其中没有突变表性的11铢,交换11/51=20%, 遗传距离20CM,没有连锁!

但是如果只看突变表型的群体,50个有40个是突变体的带型,应该有连锁啊,只是可能标记与目的基因远些,有些交换株;纳闷的就是野生型表型的群体,开始怀疑是取错了叶片了,比如说有些类病变幼苗时期没表型,成株期才有;但是又取了一批,还是如此,就是说两个池遗传动向不一样,但是突变体和它的野生型杂交就很好的1:3分离,而籼粳杂交就不对了。
8楼2011-10-06 15:41:37
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zaasyangyong

金虫 (正式写手)


★ ★
wanhscn(金币+2): 鼓励把你筛的认为与基因有连锁的Marker的PAGE图片发上来看看,抗感池以及亲本的! 2011-10-10 10:00:07
引用回帖:
6楼: Originally posted by wanhscn at 2011-10-05 22:20:02:
应该用抗感池法进行筛标记

一开始也是用两个混池去筛选的,就筛到了这个标记,突变表型的池带型同突变体,无突变表型的池的带型是杂合的。然后进一步才把两个池都展开的,就发现不对了。
9楼2011-10-06 15:46:42
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zaasyangyong

金虫 (正式写手)


引用回帖:
9楼: Originally posted by zaasyangyong at 2011-10-06 15:46:42:
一开始也是用两个混池去筛选的,就筛到了这个标记,突变表型的池带型同突变体,无突变表型的池的带型是杂合的。然后进一步才把两个池都展开的,就发现不对了。

两个混池说的含糊,是指突变表型的群体混成一个池,无突变表型的群体混成一个池。
10楼2011-10-06 15:57:18
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zaasyangyong

金虫 (正式写手)


大家多多说说肿么回事啊?这么看来,如果筛选的点是对的,在F2群体里有些携带突变基因的单株不表现表型,还是其它怎么地?还是这个点就是错的?到底要继续这个点精细,还是要再重新粗筛?

可是已经全基因组筛选了,平均每条染色体20个多态标记。
11楼2011-10-06 16:05:28
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zaasyangyong

金虫 (正式写手)


怎么不让追加悬赏了啊?怎么才能继续追加?

有谁赐教,再付6个金币,怎么付法?

[ Last edited by zaasyangyong on 2011-10-6 at 21:08 ]
12楼2011-10-06 16:10:24
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zaasyangyong

金虫 (正式写手)


引用回帖:
12楼: Originally posted by zaasyangyong at 2011-10-06 16:10:24:
怎么不让追加悬赏了啊?怎么才能继续追加?

有谁赐教,再付6个金币,怎么付法?
[ Last edited by zaasyangyong on 2011-10-6 at 21:08 ]

版主已经改为交流贴,可以加金币了,再付10个金币。
13楼2011-10-06 21:08:48
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zaasyangyong

金虫 (正式写手)


怎么没人说话了啊?
14楼2011-10-09 14:50:24
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小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
zaasyangyong(金币+5): 谢谢 2011-10-10 20:14:56
这块不懂哦……要不要给你移到综合版或者动植物版?
15楼2011-10-09 22:23:31
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zaasyangyong

金虫 (正式写手)


引用回帖:
15楼: Originally posted by 西瓜 at 2011-10-09 22:23:31:
这块不懂哦……要不要给你移到综合版或者动植物版?

谢谢,不用了,那里我也发了,还不这里应者多。
16楼2011-10-10 09:30:12
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wanhscn

木虫 (职业作家)



小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
抗感池几个单株混的?5个?

[ Last edited by wanhscn on 2011-10-10 at 10:04 ]
17楼2011-10-10 09:43:05
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wanhscn

木虫 (职业作家)



小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
zaasyangyong(金币+2): 谢谢 2011-10-10 11:21:21
zaasyangyong(金币+5): 谢谢赐教 2011-10-10 11:21:52
mengfei8336(MolEPI+1): Thank you. 2011-10-10 14:55:09
9331以及杂合带型为27株,其中有突变表型的是10株,10/27=40%的交换率,感觉还是有点大,有没有再近一点的标记?
18楼2011-10-10 09:47:42
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wanhscn

木虫 (职业作家)


★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
西瓜(金币+1): 热心斑斑啊 2011-10-10 18:17:58
引用回帖:
8楼: Originally posted by zaasyangyong at 2011-10-06 15:41:37:
但是如果只看突变表型的群体,50个有40个是突变体的带型,应该有连锁啊,只是可能标记与目的基因远些,有些交换株;纳闷的就是野生型表型的群体,开始怀疑是取错了叶片了,比如说有些类病变幼苗时期没表型,成株 ...

类病变多为防卫或者抗病基因出了问题,即使在没有病接种的情况下,也表现为感病症状。至于成熟期幼苗时期这个是怎么回事?会不会是成熟期是真感病了?(我不太清楚,做小麦的)
19楼2011-10-10 09:51:53
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wanhscn

木虫 (职业作家)


引用回帖:
1楼: Originally posted by zaasyangyong at 2011-10-04 21:16:19:
一个关于水稻基因图位克隆的问题诚挚恳求大牛解答

我在做一个类病变突变体的基因图位克隆。

首先,突变体和它的野生型杂交确定显隐性,F2分离群体内 突变型:野生型=1:3,卡方检测差异不显著,说明单基因 ...

杂合型的植株的表型与野生纯合型的表型是完全一致吗?存在不存在剂量效应?
20楼2011-10-10 09:55:23
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wanhscn

木虫 (职业作家)



小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
11楼: Originally posted by zaasyangyong at 2011-10-06 16:05:28:
大家多多说说肿么回事啊?这么看来,如果筛选的点是对的,在F2群体里有些携带突变基因的单株不表现表型,还是其它怎么地?还是这个点就是错的?到底要继续这个点精细,还是要再重新粗筛?

可是已经全基因组筛选 ...

你筛的这个标记(认为与基因有连锁的)与你晒过的与它最近的标记能连在同一连锁群吗?两个亲本的不同带型在同一遗传位置吗?PAGE图上来看看!
21楼2011-10-10 10:03:42
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zaasyangyong

金虫 (正式写手)


引用回帖:
17楼: Originally posted by wanhscn at 2011-10-10 09:43:05:
抗感池几个单株混的?5个?
[ Last edited by wanhscn on 2011-10-10 at 10:04 ]

抗池50,感池28.
22楼2011-10-10 10:21:25
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wanhscn

木虫 (职业作家)



小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
22楼: Originally posted by zaasyangyong at 2011-10-10 10:21:25:
抗池50,感池28.

哦!我们做小麦,全基因组粗筛一般最多10个单株混池!
23楼2011-10-10 10:24:57
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zaasyangyong

金虫 (正式写手)


引用回帖:
18楼: Originally posted by wanhscn at 2011-10-10 09:47:42:
9331以及杂合带型为27株,其中有突变表型的是10株,10/27=40%的交换率,感觉还是有点大,有没有再近一点的标记?

如果考虑无突变表型群体,算起来就都是有疑问。最初是整条染色体平均选标记粗筛。你说的新标记我也这么想,我正在附近加密标记,找其它标记看看什么情况。
24楼2011-10-10 10:31:31
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zaasyangyong

金虫 (正式写手)


引用回帖:
19楼: Originally posted by wanhscn at 2011-10-10 09:51:53:
类病变多为防卫或者抗病基因出了问题,即使在没有病接种的情况下,也表现为感病症状。至于成熟期幼苗时期这个是怎么回事?会不会是成熟期是真感病了?(我不太清楚,做小麦的)

我的意思是,我的类病变突变体目的基因在幼苗期不表现表型,结果我选的无表型群体里混进了突变体表型的单株。
25楼2011-10-10 10:35:43
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zaasyangyong

金虫 (正式写手)


引用回帖:
20楼: Originally posted by wanhscn at 2011-10-10 09:55:23:
杂合型的植株的表型与野生纯合型的表型是完全一致吗?存在不存在剂量效应?

这是个好问题,可能是问题的关键。感觉可能有些复杂,杂合型与野生型表型还真不太一样,有些半显性,即,表型程度:纯合突变型>杂合>纯合野生型。
26楼2011-10-10 10:41:45
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zaasyangyong

金虫 (正式写手)


★ ★
wanhscn(金币+2): 恩,是的!HZ那边搞水稻很厉害的,有CNRRI以及ZAAS 2011-10-10 12:11:13
引用回帖:
21楼: Originally posted by wanhscn at 2011-10-10 10:03:42:
你筛的这个标记(认为与基因有连锁的)与你晒过的与它最近的标记能连在同一连锁群吗?两个亲本的不同带型在同一遗传位置吗?PAGE图上来看看!

应该在同一连锁群及同一位置,不过群体不大,没有算过。但是对于水稻来说,这些标记都已经很清楚了,水稻的基因组序列也已测过,这些标记的物理距离也已明确,都是在第2号染色体上中间的。而且我们同一个亲本来的其它突变体,多态标记都是统一筛过明晰的,都定了好多基因了。
27楼2011-10-10 10:48:52
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zaasyangyong

金虫 (正式写手)


★ ★ ★
wanhscn(金币+2): 这个标记很不错,应该没有问题! 2011-10-10 11:54:41
西瓜(金币+1): 鼓励上图 2011-10-10 18:18:24
引用回帖:
21楼: Originally posted by wanhscn at 2011-10-10 10:03:42:
你筛的这个标记(认为与基因有连锁的)与你晒过的与它最近的标记能连在同一连锁群吗?两个亲本的不同带型在同一遗传位置吗?PAGE图上来看看!

PAGE图

PAGE图

28楼2011-10-10 11:08:26
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zaasyangyong

金虫 (正式写手)


引用回帖:
23楼: Originally posted by wanhscn at 2011-10-10 10:24:57:
哦!我们做小麦,全基因组粗筛一般最多10个单株混池!

我们早期其它突变体,混池的单株也选得较少。但是发现这样远一点的标记,混池里重组的单株会多一些,这样远一点的标记很难发现,这样粗筛时的标记就要求比较密。其实各有优缺点。
29楼2011-10-10 11:19:59
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zaasyangyong

金虫 (正式写手)


wanhscn: 没关系,重在交流~ 2011-10-10 11:52:45
怎么不能给评分了??不能连续评分3个回复以上吗?

[ Last edited by zaasyangyong on 2011-10-10 at 11:32 ]
30楼2011-10-10 11:30:35
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wanhscn

木虫 (职业作家)


★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
西瓜(金币+6): 代楼主奖励 2011-10-10 18:29:43
引用回帖:
25楼: Originally posted by zaasyangyong at 2011-10-10 10:35:43:
我的意思是,我的类病变突变体目的基因在幼苗期不表现表型,结果我选的无表型群体里混进了突变体表型的单株。

那些被认为是混进了的突变体表性的单株,会不会是杂合带型?就目前没有更近的标记的情况下,我的个人推测!

[ Last edited by wanhscn on 2011-10-10 at 12:25 ]
31楼2011-10-10 12:02:15
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wanhscn

木虫 (职业作家)



小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
26楼: Originally posted by zaasyangyong at 2011-10-10 10:41:45:
这是个好问题,可能是问题的关键。感觉可能有些复杂,杂合型与野生型表型还真不太一样,有些半显性,即,表型程度:纯合突变型>杂合>纯合野生型。

如果这样的话,您看是不是要把中间表型的也区分开?
32楼2011-10-10 12:04:32
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zaasyangyong

金虫 (正式写手)


★ ★ ★ ★ ★ ★
西瓜(金币-6): 每个帖子里最多只能给同一个人10金币。那我代扣吧。 2011-10-10 18:19:26
斑斑,怎么不能评分了?把增加的6分给wanhscn 吧,就讨论到这吧,我继续做看看什么情况。
33楼2011-10-10 14:21:23
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qiusuo

铁杆木虫 (著名写手)



小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
个人感觉取样有问题,可能成熟期取样较好,另外增加标记,加大群体。
34楼2012-01-10 20:04:33
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kidluag

金虫 (正式写手)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
所谓的池是随机的池,所筛的池内同时含有突变的和不突变的,不知道我理解的是否对,您是用TILLING建池的么?
35楼2012-06-07 02:21:49
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qiusuo

铁杆木虫 (著名写手)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
附近的标记再上几个,群体再扩大一点。
36楼2012-11-20 20:13:17
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