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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 一个关于水稻基因图位克隆的问题诚挚恳求大牛解答
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zaasyangyong

金虫 (正式写手)

[交流] 一个关于水稻基因图位克隆的问题诚挚恳求大牛解答

一个关于水稻基因图位克隆的问题诚挚恳求大牛解答

我在做一个类病变突变体的基因图位克隆。

首先，突变体和它的野生型杂交确定显隐性，F2分离群体内 突变型：野生型=1：3，卡方检测差异不显著，说明单基因隐性；

接着，用突变体和籼稻9311杂交，选F2有限群体进行粗定位，结果问题来了。选了突变型50个单株，无突变表型28个单株。全基因组筛到一个标记，在50个突变群体内，突变体的带型：9311的带型：杂合带型=40：1：9。感觉应该和这个标记有连锁。然而，在28个无突变表型群体内，突变体的带型：9311的带型：杂合带型=11：6：11。开始怀疑是不是单株取错了，又取了一批叶片，结果还是突变体的带型很多，和突变群体内的比例完全不是一个类型的趋势。

真是百思不得其解，恳求大牛解答，到底是肿么回事啊？
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1楼2011-10-04 21:16:19
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zaasyangyong

金虫 (正式写手)
1949stone: 过节去了 2011-10-04 22:33:24
怎么没人说话啊？
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2楼2011-10-04 22:05:29
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zaasyangyong

金虫 (正式写手)
怎么没人来说说啊？
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3楼2011-10-05 21:49:33
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wanhscn

木虫 (职业作家)
什么突变自然突变还是EMS等诱导的单位点突变?
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4楼2011-10-05 21:56:20
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wanhscn

木虫 (职业作家)
★ ★
西瓜(金币+2): 鼓励应助 2011-10-05 22:37:14
zaasyangyong(金币+3): 谢谢回复赐教 2011-10-06 15:58:37
40+11=51个突变带型, 其中没有突变表性的11铢,交换11/51=20%, 遗传距离20CM,没有连锁!
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5楼2011-10-05 22:19:07
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wanhscn

木虫 (职业作家)
★
西瓜(金币+1): good 2011-10-05 22:42:59
应该用抗感池法进行筛标记
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6楼2011-10-05 22:20:02
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zaasyangyong

金虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by wanhscn at 2011-10-05 21:56:20:
什么突变自然突变还是EMS等诱导的单位点突变?

钴辐射突变
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7楼2011-10-06 15:31:43
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zaasyangyong

金虫 (正式写手)
★ ★ ★
wanhscn(金币+3): 鼓励交流！ 2011-10-10 09:57:37
引用回帖:
5楼: Originally posted by wanhscn at 2011-10-05 22:19:07:
40+11=51个突变带型, 其中没有突变表性的11铢,交换11/51=20%, 遗传距离20CM,没有连锁!

但是如果只看突变表型的群体，50个有40个是突变体的带型，应该有连锁啊，只是可能标记与目的基因远些，有些交换株；纳闷的就是野生型表型的群体，开始怀疑是取错了叶片了，比如说有些类病变幼苗时期没表型，成株期才有；但是又取了一批，还是如此，就是说两个池遗传动向不一样，但是突变体和它的野生型杂交就很好的1：3分离，而籼粳杂交就不对了。
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8楼2011-10-06 15:41:37
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zaasyangyong

金虫 (正式写手)
★ ★
wanhscn(金币+2): 鼓励把你筛的认为与基因有连锁的Marker的PAGE图片发上来看看，抗感池以及亲本的！ 2011-10-10 10:00:07
引用回帖:
6楼: Originally posted by wanhscn at 2011-10-05 22:20:02:
应该用抗感池法进行筛标记

一开始也是用两个混池去筛选的，就筛到了这个标记，突变表型的池带型同突变体，无突变表型的池的带型是杂合的。然后进一步才把两个池都展开的，就发现不对了。
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9楼2011-10-06 15:46:42
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zaasyangyong

金虫 (正式写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by zaasyangyong at 2011-10-06 15:46:42:
一开始也是用两个混池去筛选的，就筛到了这个标记，突变表型的池带型同突变体，无突变表型的池的带型是杂合的。然后进一步才把两个池都展开的，就发现不对了。

两个混池说的含糊，是指突变表型的群体混成一个池，无突变表型的群体混成一个池。
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10楼2011-10-06 15:57:18
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zaasyangyong

金虫 (正式写手)
大家多多说说肿么回事啊？这么看来，如果筛选的点是对的，在F2群体里有些携带突变基因的单株不表现表型，还是其它怎么地？还是这个点就是错的？到底要继续这个点精细，还是要再重新粗筛？

可是已经全基因组筛选了，平均每条染色体20个多态标记。
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11楼2011-10-06 16:05:28
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zaasyangyong

金虫 (正式写手)
怎么不让追加悬赏了啊？怎么才能继续追加？

有谁赐教，再付6个金币，怎么付法？

[ Last edited by zaasyangyong on 2011-10-6 at 21:08 ]
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12楼2011-10-06 16:10:24
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zaasyangyong

金虫 (正式写手)
引用回帖:
12楼: Originally posted by zaasyangyong at 2011-10-06 16:10:24:
怎么不让追加悬赏了啊？怎么才能继续追加？

有谁赐教，再付6个金币，怎么付法？
[ Last edited by zaasyangyong on 2011-10-6 at 21:08 ]

版主已经改为交流贴，可以加金币了，再付10个金币。
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13楼2011-10-06 21:08:48
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zaasyangyong

金虫 (正式写手)
怎么没人说话了啊？
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14楼2011-10-09 14:50:24
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西瓜

荣誉版主 (知名作家)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
zaasyangyong(金币+5): 谢谢 2011-10-10 20:14:56
这块不懂哦……要不要给你移到综合版或者动植物版？
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15楼2011-10-09 22:23:31
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zaasyangyong

金虫 (正式写手)
引用回帖:
15楼: Originally posted by 西瓜 at 2011-10-09 22:23:31:
这块不懂哦……要不要给你移到综合版或者动植物版？

谢谢，不用了，那里我也发了，还不这里应者多。
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16楼2011-10-10 09:30:12
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wanhscn

木虫 (职业作家)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
抗感池几个单株混的？5个？

[ Last edited by wanhscn on 2011-10-10 at 10:04 ]
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17楼2011-10-10 09:43:05
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wanhscn

木虫 (职业作家)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
zaasyangyong(金币+2): 谢谢 2011-10-10 11:21:21
zaasyangyong(金币+5): 谢谢赐教 2011-10-10 11:21:52
mengfei8336(MolEPI+1): Thank you. 2011-10-10 14:55:09
9331以及杂合带型为27株，其中有突变表型的是10株，10/27=40%的交换率，感觉还是有点大，有没有再近一点的标记？
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18楼2011-10-10 09:47:42
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wanhscn

木虫 (职业作家)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
西瓜(金币+1): 热心斑斑啊 2011-10-10 18:17:58
引用回帖:
8楼: Originally posted by zaasyangyong at 2011-10-06 15:41:37:
但是如果只看突变表型的群体，50个有40个是突变体的带型，应该有连锁啊，只是可能标记与目的基因远些，有些交换株；纳闷的就是野生型表型的群体，开始怀疑是取错了叶片了，比如说有些类病变幼苗时期没表型，成株 ...

类病变多为防卫或者抗病基因出了问题，即使在没有病接种的情况下，也表现为感病症状。至于成熟期幼苗时期这个是怎么回事？会不会是成熟期是真感病了？（我不太清楚，做小麦的）
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19楼2011-10-10 09:51:53
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wanhscn

木虫 (职业作家)
引用回帖:
1楼: Originally posted by zaasyangyong at 2011-10-04 21:16:19:
一个关于水稻基因图位克隆的问题诚挚恳求大牛解答

我在做一个类病变突变体的基因图位克隆。

首先，突变体和它的野生型杂交确定显隐性，F2分离群体内 突变型：野生型=1：3，卡方检测差异不显著，说明单基因 ...

杂合型的植株的表型与野生纯合型的表型是完全一致吗？存在不存在剂量效应？
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20楼2011-10-10 09:55:23
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wanhscn

木虫 (职业作家)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
11楼: Originally posted by zaasyangyong at 2011-10-06 16:05:28:
大家多多说说肿么回事啊？这么看来，如果筛选的点是对的，在F2群体里有些携带突变基因的单株不表现表型，还是其它怎么地？还是这个点就是错的？到底要继续这个点精细，还是要再重新粗筛？

可是已经全基因组筛选 ...

你筛的这个标记（认为与基因有连锁的）与你晒过的与它最近的标记能连在同一连锁群吗？两个亲本的不同带型在同一遗传位置吗？PAGE图上来看看！
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21楼2011-10-10 10:03:42
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zaasyangyong

金虫 (正式写手)
引用回帖:
17楼: Originally posted by wanhscn at 2011-10-10 09:43:05:
抗感池几个单株混的？5个？
[ Last edited by wanhscn on 2011-10-10 at 10:04 ]

抗池50，感池28.
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22楼2011-10-10 10:21:25
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wanhscn

木虫 (职业作家)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
22楼: Originally posted by zaasyangyong at 2011-10-10 10:21:25:
抗池50，感池28.

哦！我们做小麦，全基因组粗筛一般最多10个单株混池！
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23楼2011-10-10 10:24:57
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zaasyangyong

金虫 (正式写手)
引用回帖:
18楼: Originally posted by wanhscn at 2011-10-10 09:47:42:
9331以及杂合带型为27株，其中有突变表型的是10株，10/27=40%的交换率，感觉还是有点大，有没有再近一点的标记？

如果考虑无突变表型群体，算起来就都是有疑问。最初是整条染色体平均选标记粗筛。你说的新标记我也这么想，我正在附近加密标记，找其它标记看看什么情况。
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24楼2011-10-10 10:31:31
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zaasyangyong

金虫 (正式写手)
引用回帖:
19楼: Originally posted by wanhscn at 2011-10-10 09:51:53:
类病变多为防卫或者抗病基因出了问题，即使在没有病接种的情况下，也表现为感病症状。至于成熟期幼苗时期这个是怎么回事？会不会是成熟期是真感病了？（我不太清楚，做小麦的）

我的意思是，我的类病变突变体目的基因在幼苗期不表现表型，结果我选的无表型群体里混进了突变体表型的单株。
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25楼2011-10-10 10:35:43
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zaasyangyong

金虫 (正式写手)
引用回帖:
20楼: Originally posted by wanhscn at 2011-10-10 09:55:23:
杂合型的植株的表型与野生纯合型的表型是完全一致吗？存在不存在剂量效应？

这是个好问题，可能是问题的关键。感觉可能有些复杂，杂合型与野生型表型还真不太一样，有些半显性，即，表型程度：纯合突变型>杂合>纯合野生型。
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26楼2011-10-10 10:41:45
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zaasyangyong

金虫 (正式写手)
★ ★
wanhscn(金币+2): 恩,是的!HZ那边搞水稻很厉害的,有CNRRI以及ZAAS 2011-10-10 12:11:13
引用回帖:
21楼: Originally posted by wanhscn at 2011-10-10 10:03:42:
你筛的这个标记（认为与基因有连锁的）与你晒过的与它最近的标记能连在同一连锁群吗？两个亲本的不同带型在同一遗传位置吗？PAGE图上来看看！

应该在同一连锁群及同一位置，不过群体不大，没有算过。但是对于水稻来说，这些标记都已经很清楚了，水稻的基因组序列也已测过，这些标记的物理距离也已明确，都是在第2号染色体上中间的。而且我们同一个亲本来的其它突变体，多态标记都是统一筛过明晰的，都定了好多基因了。
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27楼2011-10-10 10:48:52
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zaasyangyong

金虫 (正式写手)
★ ★ ★
wanhscn(金币+2): 这个标记很不错,应该没有问题! 2011-10-10 11:54:41
西瓜(金币+1): 鼓励上图 2011-10-10 18:18:24
引用回帖:
21楼: Originally posted by wanhscn at 2011-10-10 10:03:42:
你筛的这个标记（认为与基因有连锁的）与你晒过的与它最近的标记能连在同一连锁群吗？两个亲本的不同带型在同一遗传位置吗？PAGE图上来看看！

PAGE图

PAGE图
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28楼2011-10-10 11:08:26
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zaasyangyong

金虫 (正式写手)
引用回帖:
23楼: Originally posted by wanhscn at 2011-10-10 10:24:57:
哦！我们做小麦，全基因组粗筛一般最多10个单株混池！

我们早期其它突变体，混池的单株也选得较少。但是发现这样远一点的标记，混池里重组的单株会多一些，这样远一点的标记很难发现，这样粗筛时的标记就要求比较密。其实各有优缺点。
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29楼2011-10-10 11:19:59
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zaasyangyong

金虫 (正式写手)
wanhscn: 没关系,重在交流~ 2011-10-10 11:52:45
怎么不能给评分了？？不能连续评分3个回复以上吗？

[ Last edited by zaasyangyong on 2011-10-10 at 11:32 ]
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30楼2011-10-10 11:30:35
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wanhscn

木虫 (职业作家)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
西瓜(金币+6): 代楼主奖励 2011-10-10 18:29:43
引用回帖:
25楼: Originally posted by zaasyangyong at 2011-10-10 10:35:43:
我的意思是，我的类病变突变体目的基因在幼苗期不表现表型，结果我选的无表型群体里混进了突变体表型的单株。

那些被认为是混进了的突变体表性的单株,会不会是杂合带型?就目前没有更近的标记的情况下,我的个人推测!

[ Last edited by wanhscn on 2011-10-10 at 12:25 ]
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31楼2011-10-10 12:02:15
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wanhscn

木虫 (职业作家)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
26楼: Originally posted by zaasyangyong at 2011-10-10 10:41:45:
这是个好问题，可能是问题的关键。感觉可能有些复杂，杂合型与野生型表型还真不太一样，有些半显性，即，表型程度：纯合突变型>杂合>纯合野生型。

如果这样的话,您看是不是要把中间表型的也区分开?
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32楼2011-10-10 12:04:32
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zaasyangyong

金虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
西瓜(金币-6): 每个帖子里最多只能给同一个人10金币。那我代扣吧。 2011-10-10 18:19:26
斑斑，怎么不能评分了？把增加的6分给wanhscn 吧，就讨论到这吧，我继续做看看什么情况。
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33楼2011-10-10 14:21:23
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qiusuo

铁杆木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
个人感觉取样有问题，可能成熟期取样较好，另外增加标记，加大群体。
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34楼2012-01-10 20:04:33
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kidluag

金虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
所谓的池是随机的池，所筛的池内同时含有突变的和不突变的，不知道我理解的是否对，您是用TILLING建池的么？
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35楼2012-06-07 02:21:49
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qiusuo

铁杆木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
附近的标记再上几个，群体再扩大一点。
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36楼2012-11-20 20:13:17
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