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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 一个关于水稻基因图位克隆的问题诚挚恳求大牛解答
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zaasyangyong

金虫 (正式写手)

[交流] 一个关于水稻基因图位克隆的问题诚挚恳求大牛解答

一个关于水稻基因图位克隆的问题诚挚恳求大牛解答

我在做一个类病变突变体的基因图位克隆。

首先，突变体和它的野生型杂交确定显隐性，F2分离群体内 突变型：野生型=1：3，卡方检测差异不显著，说明单基因隐性；

接着，用突变体和籼稻9311杂交，选F2有限群体进行粗定位，结果问题来了。选了突变型50个单株，无突变表型28个单株。全基因组筛到一个标记，在50个突变群体内，突变体的带型：9311的带型：杂合带型=40：1：9。感觉应该和这个标记有连锁。然而，在28个无突变表型群体内，突变体的带型：9311的带型：杂合带型=11：6：11。开始怀疑是不是单株取错了，又取了一批叶片，结果还是突变体的带型很多，和突变群体内的比例完全不是一个类型的趋势。

真是百思不得其解，恳求大牛解答，到底是肿么回事啊？
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1楼2011-10-04 21:16:19
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wanhscn

木虫 (职业作家)
什么突变自然突变还是EMS等诱导的单位点突变?
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4楼2011-10-05 21:56:20
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wanhscn

木虫 (职业作家)
★ ★
西瓜(金币+2): 鼓励应助 2011-10-05 22:37:14
zaasyangyong(金币+3): 谢谢回复赐教 2011-10-06 15:58:37
40+11=51个突变带型, 其中没有突变表性的11铢,交换11/51=20%, 遗传距离20CM,没有连锁!
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5楼2011-10-05 22:19:07
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wanhscn

木虫 (职业作家)
★
西瓜(金币+1): good 2011-10-05 22:42:59
应该用抗感池法进行筛标记
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6楼2011-10-05 22:20:02
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wanhscn

木虫 (职业作家)
★
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抗感池几个单株混的？5个？

[ Last edited by wanhscn on 2011-10-10 at 10:04 ]
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17楼2011-10-10 09:43:05
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wanhscn

木虫 (职业作家)
★
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zaasyangyong(金币+2): 谢谢 2011-10-10 11:21:21
zaasyangyong(金币+5): 谢谢赐教 2011-10-10 11:21:52
mengfei8336(MolEPI+1): Thank you. 2011-10-10 14:55:09
9331以及杂合带型为27株，其中有突变表型的是10株，10/27=40%的交换率，感觉还是有点大，有没有再近一点的标记？
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18楼2011-10-10 09:47:42
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wanhscn

木虫 (职业作家)
★ ★
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西瓜(金币+1): 热心斑斑啊 2011-10-10 18:17:58
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8楼: Originally posted by zaasyangyong at 2011-10-06 15:41:37:
但是如果只看突变表型的群体，50个有40个是突变体的带型，应该有连锁啊，只是可能标记与目的基因远些，有些交换株；纳闷的就是野生型表型的群体，开始怀疑是取错了叶片了，比如说有些类病变幼苗时期没表型，成株 ...

类病变多为防卫或者抗病基因出了问题，即使在没有病接种的情况下，也表现为感病症状。至于成熟期幼苗时期这个是怎么回事？会不会是成熟期是真感病了？（我不太清楚，做小麦的）
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19楼2011-10-10 09:51:53
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wanhscn

木虫 (职业作家)
引用回帖:
1楼: Originally posted by zaasyangyong at 2011-10-04 21:16:19:
一个关于水稻基因图位克隆的问题诚挚恳求大牛解答

我在做一个类病变突变体的基因图位克隆。

首先，突变体和它的野生型杂交确定显隐性，F2分离群体内 突变型：野生型=1：3，卡方检测差异不显著，说明单基因 ...

杂合型的植株的表型与野生纯合型的表型是完全一致吗？存在不存在剂量效应？
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20楼2011-10-10 09:55:23
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wanhscn

木虫 (职业作家)
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引用回帖:
11楼: Originally posted by zaasyangyong at 2011-10-06 16:05:28:
大家多多说说肿么回事啊？这么看来，如果筛选的点是对的，在F2群体里有些携带突变基因的单株不表现表型，还是其它怎么地？还是这个点就是错的？到底要继续这个点精细，还是要再重新粗筛？

可是已经全基因组筛选 ...

你筛的这个标记（认为与基因有连锁的）与你晒过的与它最近的标记能连在同一连锁群吗？两个亲本的不同带型在同一遗传位置吗？PAGE图上来看看！
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21楼2011-10-10 10:03:42
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wanhscn

木虫 (职业作家)
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22楼: Originally posted by zaasyangyong at 2011-10-10 10:21:25:
抗池50，感池28.

哦！我们做小麦，全基因组粗筛一般最多10个单株混池！
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23楼2011-10-10 10:24:57
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wanhscn

木虫 (职业作家)
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西瓜(金币+6): 代楼主奖励 2011-10-10 18:29:43
引用回帖:
25楼: Originally posted by zaasyangyong at 2011-10-10 10:35:43:
我的意思是，我的类病变突变体目的基因在幼苗期不表现表型，结果我选的无表型群体里混进了突变体表型的单株。

那些被认为是混进了的突变体表性的单株,会不会是杂合带型?就目前没有更近的标记的情况下,我的个人推测!

[ Last edited by wanhscn on 2011-10-10 at 12:25 ]
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31楼2011-10-10 12:02:15
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wanhscn

木虫 (职业作家)
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26楼: Originally posted by zaasyangyong at 2011-10-10 10:41:45:
这是个好问题，可能是问题的关键。感觉可能有些复杂，杂合型与野生型表型还真不太一样，有些半显性，即，表型程度：纯合突变型>杂合>纯合野生型。

如果这样的话,您看是不是要把中间表型的也区分开?
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32楼2011-10-10 12:04:32
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