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lwk5716铁杆木虫 (正式写手)
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如何确定一段序列中那一部分是启动子 已有3人参与
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各位前辈大家好：我先一个问题感到不解，我通过抑制差减杂交获得了一段基因的序列，并且在网上和其同源序列比对，发现开放阅读框是拿到了，3'末端到了polyA，5'末端到了ATG之前的几个碱基。我用那这段序列和数据库比对找到了对应了DNA序列，并且有了ATG前面的6Kb多的序列，但我不知道启动子具体是哪部分，转录起始点是哪里？请问各位前辈有没有什么软件或者网站可以预测啊？或者有没有什么分子生物学手段进行研究，我想知道它受哪类转录因子调控。谢谢各位前辈了。 |
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 表观遗传 |
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yxwjimmy
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7楼2014-04-02 17:32:50
biostar2009
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你这个是经典的启动子mapping实验 很简单，你可以搞一个报告基因系统，Luciferase、CAT、甚至来个GFP也行。 然后找一个没有启动子的表达载体，Luciferase系统的就是pGL3-Basic应该 再把你怀疑有启动子活性的片段装进去 检测下游报告基因是否表达 用这个系统，你可以通过不断的做deletion，找到你这段长序列里面的核心启动子 看看《分子克隆》第三版，有这些内容很详细的说明 |
2楼2014-04-01 20:30:22
★
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3楼2014-04-01 23:55:30
lvbobo823
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4楼2014-04-02 07:28:02
5