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西门吹雪170

荣誉版主 (职业作家)

[求助] 请教启动子序列预测方法已有4人参与

现已扩增一基因的基因组前端序列,求助各位大神如何预测此序列的启动子,以及转录起始位点和转录因子结合位点?不甚感激!!!
回复此楼
植根于内心的修养;无需提醒的自觉;以约束为前提的自由;为别人着想的善良
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曼舞流苏

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
西门吹雪170: 金币+5, 有帮助, 感谢热心帮忙 2014-05-05 11:03:09
引用回帖:
10楼: Originally posted by 西门吹雪170 at 2014-05-01 22:37:47
好的,非常感谢...

师兄师姐也不很清楚到底怎么弄,他们只是在NCBI里面查找一些引物特异性什么的。但是我在浏览网页的时候看到了这个,你看看对你是不是有用。。

【你这个是经典的启动子mapping实验
很简单,你可以搞一个报告基因系统,Luciferase、CAT、甚至来个GFP也行。
然后找一个没有启动子的表达载体,Luciferase系统的就是pGL3-Basic应该
再把你怀疑有启动子活性的片段装进去
检测下游报告基因是否表达
用这个系统,你可以通过不断的做deletion,找到你这段长序列里面的核心启动子
看看《分子克隆》第三版,有这些内容很详细的说明】

希望对你有用吧。。。
12楼2014-05-05 09:57:28
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biology-boy

禁虫 (正式写手)


感谢参与,应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香,分子生物期待你更多精彩。 2014-04-29 21:11:15
本帖内容被屏蔽

2楼2014-04-29 19:51:53
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meng_xu

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
什么物种呢?
如果是大肠杆菌的话,你可以看看ecocyc和regulonDB
3楼2014-04-30 05:41:07
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西门吹雪170

荣誉版主 (职业作家)

引用回帖:
3楼: Originally posted by meng_xu at 2014-04-30 05:41:07
什么物种呢?
如果是大肠杆菌的话,你可以看看ecocyc和regulonDB

真核的
植根于内心的修养;无需提醒的自觉;以约束为前提的自由;为别人着想的善良
4楼2014-04-30 09:23:00
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