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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 【交流】Blast比对结果解惑
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vs570588

木虫 (正式写手)

[交流] 【交流】Blast比对结果解惑

我自己混合富集的硫自养高氯酸盐还原菌，经过PCR-DGGE,克隆测序后，现在在NCBI上比对，建发育树，但是克隆的几乎40个样品，比对结果都是和非培养的其它菌种能对上，这是啥原因？难道因为是NCBI上上传的这种类型的纯菌太少，或者研究比较少，目前大家都在做混合的？
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1楼 2011-04-17 12:57:14
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vs570588

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by 惟我独尊 at 2011-04-19 16:46:47:
是因为ＤＧＧＥ的片段太短了，也就２００bp 吧？ 这么短的序列包含的信息太少了，加之测序开头一段序列是测不准的，所以会出现和其他菌一样！

你说的有道理，我的片段也就是200bp。由于用的引物为f341, r534，你说如果要增加片段长度，是不就要换引物
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6楼2011-04-20 08:58:30
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vs570588

木虫 (正式写手)
为啥没有人回复呢
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2楼2011-04-17 21:11:08
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haitian0625

金虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
非目的菌？和其他菌的亲缘就是很近？再就是呈递的此菌序列少：我以为。
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3楼2011-04-18 08:55:53
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vs570588

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by haitian0625 at 2011-04-18 08:55:53:
非目的菌？和其他菌的亲缘就是很近？再就是呈递的此菌序列少：我以为。

由于我做的混合菌，出来后测序结果和已知纯菌的序列根本就对不上，但是我的目的基因也归不到常见的两个属中。到时和那些非培养的未命名的一些已知序列可以对上号。但这就牵涉到怎样选择外部菌种。
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4楼2011-04-19 13:09:11
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