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vs570588

木虫 (正式写手)


[交流] 【交流】Blast比对结果解惑

我自己混合富集的硫自养高氯酸盐还原菌,经过PCR-DGGE,克隆测序后,现在在NCBI上比对,建发育树,但是克隆的几乎40个样品,比对结果都是和非培养的其它菌种能对上,这是啥原因?难道因为是NCBI上上传的这种类型的纯菌太少,或者研究比较少,目前大家都在做混合的?
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惟我独尊

金虫 (小有名气)



小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
Originally posted by vs570588 at 2011-04-20 20:44:22:
那你说建系统发育树时,以现在200bp找外源微生物怎样考虑?

这个真的不好找,如果找出来的都是uncultured,其实建树的意义就不大。不好说。
9楼2011-04-20 21:05:27
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vs570588

木虫 (正式写手)


为啥没有人回复呢
2楼2011-04-17 21:11:08
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haitian0625

金虫 (小有名气)



小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
非目的菌?和其他菌的亲缘就是很近?再就是呈递的此菌序列少:我以为。
3楼2011-04-18 08:55:53
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vs570588

木虫 (正式写手)


引用回帖:
Originally posted by haitian0625 at 2011-04-18 08:55:53:
非目的菌?和其他菌的亲缘就是很近?再就是呈递的此菌序列少:我以为。

由于我做的混合菌,出来后测序结果和已知纯菌的序列根本就对不上,但是我的目的基因也归不到常见的两个属中。到时和那些非培养的未命名的一些已知序列可以对上号。但这就牵涉到怎样选择外部菌种。
4楼2011-04-19 13:09:11
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