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greatsaint银虫 (小有名气)
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【求助/交流】如何blast比对及建树？ 已有4人参与
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| 如何将十几二十个DNA序列进行blast比对，比对后又如何构建进化树？ |
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yuqing_happy
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22楼2011-03-19 15:30:22
won7
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greatsaint(金币+1):谢谢参与
greatsaint(金币+1):谢谢！ 2010-02-05 21:52
greatsaint(金币+1):谢谢参与
greatsaint(金币+1):谢谢！ 2010-02-05 21:52
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看来你是初学着，把BLAST和比对混为一谈。BLAST是相似性检索，到http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi去完成。比对较简单的方法是把序列在记事本上做成FASTA格式，如 > sequence name1 ACTGTGACCG(你的序列) > sequence name2 ACTGTGACCG(你的序列) . . . 保存成txt或fas格式，用MEGA打开，进行比对。比对好了后，保存MEG格式，就可以在MEGA是分析了：序列信息、构树等。 |
2楼2010-02-05 21:42:48
greatsaint
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3楼2010-02-05 22:02:25
won7
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greatsaint(金币+1):谢谢 2010-02-06 14:20
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没有什么太多关系。BLAST是在GenBank上的做相似性检索的工具，MEGA是一个进行序列分析的软件。Clustal用于序列比对。尽管这三个工具均能显示相似的结果，如均能显示系统树的结构，但使用的模型不同，很少有SCI文献使用BLAST和Clustal的树。MEGA上的比对引用Clustal的核心程序，比对的效果是一样的，但比对结果可以保存的格式不同，MEGA只能保存MEG和FAS两种，而Clustal可保存多种格式。 [ Last edited by won7 on 2010-2-6 at 09:55 ] |
4楼2010-02-06 09:54:33