应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】如何blast比对及建树？
241/3返回列表123下一页
查看: 3799  |  回复: 23
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

greatsaint

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】如何blast比对及建树？ 已有4人参与

如何将十几二十个DNA序列进行blast比对，比对后又如何构建进化树？
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2010-02-05 21:31:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

won7

金虫 (小有名气)
★
greatsaint(金币+1):谢谢参与
greatsaint(金币+1):谢谢！ 2010-02-05 21:52
看来你是初学着，把BLAST和比对混为一谈。BLAST是相似性检索，到http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi去完成。比对较简单的方法是把序列在记事本上做成FASTA格式，如
> sequence name1
ACTGTGACCG(你的序列)
> sequence name2
ACTGTGACCG(你的序列)
.
.
.
保存成txt或fas格式，用MEGA打开，进行比对。比对好了后，保存MEG格式，就可以在MEGA是分析了：序列信息、构树等。
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2010-02-05 21:42:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

greatsaint

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by won7 at 2010-02-05 21:42:48:
看来你是初学着，把BLAST和比对混为一谈。BLAST是相似性检索，到http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi去完成。比对较简单的方法是把序列在记事本上做成FASTA格式，如
> sequence name1
ACTGT ...

请问Blast与MEGA、Clustal又是什么关系呢？谢谢！
赞一下 回复此楼
3楼2010-02-05 22:02:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

won7

金虫 (小有名气)
greatsaint(金币+1):谢谢 2010-02-06 14:20
引用回帖:
Originally posted by greatsaint at 2010-02-05 22:02:25:


请问Blast与MEGA、Clustal又是什么关系呢？谢谢！

没有什么太多关系。BLAST是在GenBank上的做相似性检索的工具，MEGA是一个进行序列分析的软件。Clustal用于序列比对。尽管这三个工具均能显示相似的结果，如均能显示系统树的结构，但使用的模型不同，很少有SCI文献使用BLAST和Clustal的树。MEGA上的比对引用Clustal的核心程序，比对的效果是一样的，但比对结果可以保存的格式不同，MEGA只能保存MEG和FAS两种，而Clustal可保存多种格式。

[ Last edited by won7 on 2010-2-6 at 09:55 ]
赞一下 回复此楼
4楼2010-02-06 09:54:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yinzhiminghao

铁杆木虫 (职业作家)
★
greatsaint(金币+1):谢谢参与
不懂，
学习
回复此楼
人生得意须尽欢，莫使金樽空对月。
5楼2010-02-06 10:05:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yuanbo934

至尊木虫 (著名写手)
★
greatsaint(金币+1):谢谢参与
一般用Clustal比对完后,用MEGA作树,一般用N-J法扩展值为1000.
也可用Clustal比对完后,用phylip作树。
赞一下(1人) 回复此楼
6楼2010-02-06 10:42:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tannjqq

木虫 (正式写手)
★
greatsaint(金币+1):谢谢参与
学习一下。。。
回复此楼
greing~
7楼2010-02-06 11:42:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

beyo

木虫 (小有名气)
★
greatsaint(金币+1):谢谢参与
把你的序列在NCBI上blast后，找到相似性大的基因序列，copy之
放到记事本上在MEGA中分析构树
赞一下(1人) 回复此楼
8楼2010-02-06 22:12:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gorrylee

铜虫 (初入文坛)
★
greatsaint(金币+1):谢谢参与
????
回复此楼
9楼2010-02-06 23:04:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

rfxu

金虫 (著名写手)
★
greatsaint(金币+1):谢谢参与
学习了，关注......
赞一下(1人) 回复此楼
10楼2010-02-07 01:31:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 greatsaint 的主题更新
241/3返回列表123下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 289求调剂 +15 硕星赴 2026-03-23 15/750 2026-03-26 02:16 by BruceLiu320
[考研] 085600 材料与化工 329分求调剂 +8 Mr. Z 2026-03-25 8/400 2026-03-25 23:00 by peike
[考研] 303求调剂 +6 蓝山月 2026-03-25 6/300 2026-03-25 22:47 by 418490947
[考研] 334分 一志愿武理-080500 材料求调剂 +4 李李不服输 2026-03-25 4/200 2026-03-25 21:26 by 星空星月
[考研] 293求调剂 +7 加一一九 2026-03-24 7/350 2026-03-25 12:02 by userper
[考研] 上海电力大学材料防护与新材料重点实验室招收调剂研究生（材料、化学、电化学，环境） +4 我爱学电池 2026-03-23 4/200 2026-03-25 00:59 by 1027_324
[考研] 食品专硕 一志愿双一流 328 +3 xiaom99 2026-03-21 4/200 2026-03-24 21:20 by lailaisimei
[考研] 调剂 +4 13853210211 2026-03-24 4/200 2026-03-24 19:44 by ms629
[考研] 321求调剂 +4 Ymlll 2026-03-24 4/200 2026-03-24 14:44 by sprinining
[考研] 269求调剂 +4 我想读研11 2026-03-23 4/200 2026-03-23 21:25 by pswait
[考研] 333求调剂 +3 ALULU4408 2026-03-23 3/150 2026-03-23 19:04 by macy2011
[考研] 336化工调剂 +4 王大坦1 2026-03-23 5/250 2026-03-23 18:32 by allen-yin
[考研] 一志愿070300浙大化学358分，求调剂！ +4 酥酥鱼.. 2026-03-21 4/200 2026-03-23 08:12 by Iveryant
[考研] 315分，诚求调剂，材料与化工085600 +3 13756423260 2026-03-22 3/150 2026-03-22 20:11 by edmund7
[考研] 308求调剂 +3 墨墨漠 2026-03-21 3/150 2026-03-22 16:54 by i_cooler
[考研] 319求调剂 +4 小力气珂珂 2026-03-20 4/200 2026-03-22 15:53 by ColorlessPI
[考研] 一志愿苏州大学材料求调剂，总分315（英一） +5 sbdksD 2026-03-19 5/250 2026-03-20 22:10 by luoyongfeng
[考研] A区线材料学调剂 +5 周周无极 2026-03-20 5/250 2026-03-20 21:33 by laoshidan
[考研] 一志愿 南京航空航天大学大学 ，080500材料科学与工程学硕 +5 @taotao 2026-03-20 5/250 2026-03-20 20:16 by JourneyLucky
[考研] 0856调剂，是学校就去 +8 sllhht 2026-03-19 9/450 2026-03-20 14:25 by 无懈可击111
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭