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greatsaint

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】如何blast比对及建树？ 已有4人参与

如何将十几二十个DNA序列进行blast比对，比对后又如何构建进化树？
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1楼 2010-02-05 21:31:07
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yuanbo934

至尊木虫 (著名写手)
★
greatsaint(金币+1):谢谢参与
一般用Clustal比对完后,用MEGA作树,一般用N-J法扩展值为1000.
也可用Clustal比对完后,用phylip作树。
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6楼2010-02-06 10:42:50
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won7

金虫 (小有名气)
★
greatsaint(金币+1):谢谢参与
greatsaint(金币+1):谢谢！ 2010-02-05 21:52
看来你是初学着，把BLAST和比对混为一谈。BLAST是相似性检索，到http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi去完成。比对较简单的方法是把序列在记事本上做成FASTA格式，如
> sequence name1
ACTGTGACCG(你的序列)
> sequence name2
ACTGTGACCG(你的序列)
.
.
.
保存成txt或fas格式，用MEGA打开，进行比对。比对好了后，保存MEG格式，就可以在MEGA是分析了：序列信息、构树等。
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2楼2010-02-05 21:42:48
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greatsaint

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by won7 at 2010-02-05 21:42:48:
看来你是初学着，把BLAST和比对混为一谈。BLAST是相似性检索，到http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi去完成。比对较简单的方法是把序列在记事本上做成FASTA格式，如
> sequence name1
ACTGT ...

请问Blast与MEGA、Clustal又是什么关系呢？谢谢！
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3楼2010-02-05 22:02:25
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won7

金虫 (小有名气)
greatsaint(金币+1):谢谢 2010-02-06 14:20
引用回帖:
Originally posted by greatsaint at 2010-02-05 22:02:25:


请问Blast与MEGA、Clustal又是什么关系呢？谢谢！

没有什么太多关系。BLAST是在GenBank上的做相似性检索的工具，MEGA是一个进行序列分析的软件。Clustal用于序列比对。尽管这三个工具均能显示相似的结果，如均能显示系统树的结构，但使用的模型不同，很少有SCI文献使用BLAST和Clustal的树。MEGA上的比对引用Clustal的核心程序，比对的效果是一样的，但比对结果可以保存的格式不同，MEGA只能保存MEG和FAS两种，而Clustal可保存多种格式。

[ Last edited by won7 on 2010-2-6 at 09:55 ]
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4楼2010-02-06 09:54:33
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