应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】如何blast比对及建树？
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
51/1返回列表
查看: 3830  |  回复: 23
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

greatsaint

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】如何blast比对及建树？ 已有4人参与

如何将十几二十个DNA序列进行blast比对，比对后又如何构建进化树？
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2010-02-05 21:31:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yuanbo934

至尊木虫 (著名写手)
★
greatsaint(金币+1):谢谢参与
一般用Clustal比对完后,用MEGA作树,一般用N-J法扩展值为1000.
也可用Clustal比对完后,用phylip作树。
赞一下(1人) 回复此楼
6楼2010-02-06 10:42:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 24 个回答

won7

金虫 (小有名气)
★
greatsaint(金币+1):谢谢参与
greatsaint(金币+1):谢谢！ 2010-02-05 21:52
看来你是初学着，把BLAST和比对混为一谈。BLAST是相似性检索，到http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi去完成。比对较简单的方法是把序列在记事本上做成FASTA格式，如
> sequence name1
ACTGTGACCG(你的序列)
> sequence name2
ACTGTGACCG(你的序列)
.
.
.
保存成txt或fas格式，用MEGA打开，进行比对。比对好了后，保存MEG格式，就可以在MEGA是分析了：序列信息、构树等。
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2010-02-05 21:42:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

greatsaint

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by won7 at 2010-02-05 21:42:48:
看来你是初学着，把BLAST和比对混为一谈。BLAST是相似性检索，到http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi去完成。比对较简单的方法是把序列在记事本上做成FASTA格式，如
> sequence name1
ACTGT ...

请问Blast与MEGA、Clustal又是什么关系呢？谢谢！
赞一下 回复此楼
3楼2010-02-05 22:02:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

won7

金虫 (小有名气)
greatsaint(金币+1):谢谢 2010-02-06 14:20
引用回帖:
Originally posted by greatsaint at 2010-02-05 22:02:25:


请问Blast与MEGA、Clustal又是什么关系呢？谢谢！

没有什么太多关系。BLAST是在GenBank上的做相似性检索的工具，MEGA是一个进行序列分析的软件。Clustal用于序列比对。尽管这三个工具均能显示相似的结果，如均能显示系统树的结构，但使用的模型不同，很少有SCI文献使用BLAST和Clustal的树。MEGA上的比对引用Clustal的核心程序，比对的效果是一样的，但比对结果可以保存的格式不同，MEGA只能保存MEG和FAS两种，而Clustal可保存多种格式。

[ Last edited by won7 on 2010-2-6 at 09:55 ]
赞一下 回复此楼
4楼2010-02-06 09:54:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 24 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 材料求调剂 一志愿哈工大总分298分，前三科223分 +4 dongfang59 2026-03-27 4/200 2026-03-28 03:44 by fmesaito
[有机交流] 高温高压反应求助 10+4 chibby 2026-03-25 4/200 2026-03-27 21:08 by BT20230424
[考研] 考研调剂 +4 Sanmu-124 2026-03-26 4/200 2026-03-27 17:49 by kiokin
[考研] 266分求材料化工冶金矿业等专业的调剂 +4 哇呼哼呼哼 2026-03-26 4/200 2026-03-27 17:02 by zhyzzh
[考研] 316求调剂 +5 Pigcasso 2026-03-24 5/250 2026-03-27 12:10 by zhshch
[考研] 调剂 +3 李嘉图·S·路 2026-03-27 3/150 2026-03-27 11:19 by wangjy2002
[论文投稿] Journal of Mechanical Science and Technology +3 Russ_ss 2026-03-25 5/250 2026-03-27 10:49 by 陆小果画大饼
[考研] 276求调剂。有半年电池和半年高分子实习经历 +10 材料学257求调剂 2026-03-23 11/550 2026-03-27 10:13 by YCIT- LHL
[考研] 324求调剂 +8 hanamiko 2026-03-26 10/500 2026-03-27 08:06 by hypershenger
[考研] 071000生物学求调剂，初试成绩343 +6 小小甜面团 2026-03-25 6/300 2026-03-26 23:01 by 不吃魚的貓
[考研] 081200-11408-276学硕求调剂 +3 崔wj 2026-03-26 3/150 2026-03-26 19:57 by nihaoar
[考研] 281求调剂 +3 亚克西good 2026-03-26 5/250 2026-03-26 19:48 by 不吃魚的貓
[考研] 085600 材料与化工 329分求调剂 +9 Mr. Z 2026-03-25 9/450 2026-03-26 10:36 by baoball
[考研] 0854AI CV方向招收调剂 +4 章小鱼567 2026-03-23 4/200 2026-03-25 17:04 by CoderLoser
[考研] 材料调剂 +3 iwinso 2026-03-23 3/150 2026-03-25 11:29 by greychen00
[考研] 0703化学调剂，求导师收 +7 天天好运来上岸� 2026-03-24 7/350 2026-03-24 20:26 by peike
[考研] 277分求调剂，跨调材料 +3 考研调剂lxh 2026-03-24 3/150 2026-03-24 13:52 by JourneyLucky
[考研] 335求调剂 +4 yuyu宇 2026-03-23 5/250 2026-03-23 23:49 by Txy@872106
[考研] 一志愿国科过程所081700，274求调剂 +3 三水研0水立方 2026-03-23 3/150 2026-03-23 23:11 by MajorWen
[考研] 293求调剂 +3 涛涛Wjt 2026-03-22 5/250 2026-03-22 22:21 by jiangpengfei
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭