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彤毋戚

铜虫 (初入文坛)

[求助] 18S和 ITS两项测序结果能鉴定到种吗?如何构建系统发育树已有2人参与

现已对筛选到的1株真菌进行18S和ITS测序,二者结果不完全一样,请问如能结合两项测序结果构建系统发育树鉴定到种吗?金币少得可怜,以后有金币了再多送,谢谢~!
18S序列
CATACGTCGAGCTCTCTGGTGATCATGATAACTAGTCGAATCGACAGGCCTTGTGCCGGCGATGGCTCATTCAAATTTCT
TCCCTATCAACTTTCGATGTTTGGGTCTTGTCCAAACATGGTGGCAACGGGTAACGGAGGGTTAGGGCTCGACCCCGGAG
AAGGAGCCTGAGAAACGGCTACTACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCCGACACGGGGAGGTAGT
GACAATAAATACTGATACAGGGCTCTTTTGGGTCTTGTAATCGGAATGAGTACAATTTAAATCCCTTAACGAGGAACAAT
TGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGTGGTTAAAAAGCT
CGTAGTTGAACCTTGGGCCTGGCTGGCCGGTCCGCCTCACCGCGTGCACTGGTCCGGCCGGGCCTTTCCCTCTGCGGAAC
CCCATGCCCTTCACTGGGTGTGGCGGGGAACCAGAAACCTTTTAC
ITS序列
GGGTTCGGGGGCTCCTCCCAACCCATGTGACGTTACCAAACTGTTGCCTCGGCGGGGTCACGCCCCGGGTGCGTCGCAGC
CCCGGAACCAGGCGCCCGCCGGAGGAACCAACCAAACTCTTTCTGTAGTCCCCTCGCGGACGTATTTCTTACAGCTCTGA
GCAAAAATTCAAAATGAATCAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGA
TAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCGCCAGTATTCTGGCGGGCAT
GCCTGTCCGAGCGTCATTTCAACCCTCGAACCCCTCCGGGGGATCGGCGTTGGGGATCGGGACCCCTCACACGGGTGCCG
GCCCCGAAATACAGTGGCGGTCTCGCCGCAGCCTCTCCTGCGCAGTAGTTTGCACAACTCGCACCGGGAGCGCGGCGCGT
CCACGTCCGTAAAACACCCAACTTTCTGAAATGTTGACCTCGGATCAGGTAGGAATACCCGCTGAACTTAAGCATATCAA
TAAGCGGAGGAA
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肥猫p

木虫 (正式写手)

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感谢参与,应助指数 +1
就算相似度达到100%,我也只认可到属。
2楼2014-11-13 20:39:15
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肥猫p

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

Select seq gb|JF719288.1|        Trichoderma sp. FCP3 18S ribosomal RNA gene, partial sequence         926         926        97%        0.0        99%        JF719288.1

Trichoderma asperellum strain TR11 18S ribosomal RNA gene, partial sequence; internal transcribed spacer 1, 5.8S ribosomal RNA gene, and internal transcribed spacer 2, complete sequence; and 28S ribosomal RNA gene, partial sequence         1026         1026        97%        0.0        100%        KC859432.1
3楼2014-11-13 20:43:17
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肥猫p

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


彤毋戚: 金币+1, 我也blast过的,只是不知道这能不能确定就是这种菌 2014-11-14 21:39:03
棘孢木霉(Trichoderma asperellum)
4楼2014-11-13 20:44:09
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彤毋戚

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 肥猫p at 2014-11-13 20:44:09
棘孢木霉(Trichoderma asperellum)

其实我比对过的,没回答我的问题
5楼2014-11-14 22:17:24
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冼亮淀粉酶

专家顾问 (知名作家)

生物大分子降解酶

【答案】应助回帖

★ ★
彤毋戚: 金币+2, ★★★很有帮助 2014-12-10 21:18:45
不行的,还要看钙调蛋白质和belta微管蛋白质的序列,菌落形态,产孢子结构形态。
流星来时我许了个愿,愿我有吃有喝还有舒服的猪圈。讨厌发帖前不搜索论坛重复发帖和仅把论坛当解决问题工具,久不看论坛一来就提问者,宁弃EPI和VIP也不回帖。
6楼2014-11-17 04:24:44
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