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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 测序结果已出，后续如何分析，以达到菌种鉴定的目的
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xyxaiy

新虫 (初入文坛)

[求助] 测序结果已出，后续如何分析，以达到菌种鉴定的目的

测序结果已出，后续如何分析，以达到菌种鉴定的目的，要具体的步骤，十分感谢！
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1楼2013-05-19 22:57:59
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志子

至尊木虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
看序列同源性（A、T所占比例），同源性越高，菌种源越接近
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2楼2013-05-19 23:56:42
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ququtdr

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
对于临床菌株，美国CLSI组织的文件MM-18A《DNA靶基因序列鉴定细菌和真菌的解释标准；批准指南》详细介绍了广谱基因测序技术（broad-range gene sequencing）在细菌与真菌鉴定中的应用，其中综合了细菌的生化反应、rRNA靶基因与其他靶基因序列分析的方法，
表1、16S rRNA基因序列鉴定细菌的通用解释标准
相似度        序列的类型                        相似度差是否大于0.8%         结果报告                评述
≥99.0%        模式菌株                                 是                  属名和种名       
≥99.0%        模式菌株            否（与他多个种的相似度差小于0.8%）        属名和多个种名 低鉴定度的鉴定
97.0-98.9% 模式菌株或
        有效命名的菌株            能与其他属区分                   属    需注明“亲缘关系最近的菌种”
95.0-96.9   模式菌株或
          有效命名的菌株  可能的新属新种，并注明“亲缘关系最近的菌属”
< 95%        模式菌株或
         有效命名的菌株      可能的新属新种
注：分枝杆菌与放线菌除外
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3楼2013-05-20 01:34:17
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20093651

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
在GenBank中比对，寻找相似性最高的序列信息，用MEGA做系统发育分析。
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但行好事，莫问前程
4楼2013-05-20 16:13:09
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carrieskl

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Bl ... EC=MicrobialGenomes


把序列整合好 输进去 blast一下
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争做医生中最好的厨子
5楼2013-05-20 17:35:55
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Dear97

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 20093651 at 2013-05-20 16:13:09
在GenBank中比对，寻找相似性最高的序列信息，用MEGA做系统发育分析。

前辈，你好！我是新虫，想请教下，做进化树一般最少要选3个FAST 序列，这个选择标准是什么？在NCBI上blast的结果相似度大部分都是99%，进一步确定我所测序列的是什么菌，该怎么做？谢谢前辈
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6楼2015-09-25 14:58:39
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