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xyxaiy

新虫 (初入文坛)

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专业: 食品科学基础

[求助] 测序结果已出，后续如何分析，以达到菌种鉴定的目的

测序结果已出，后续如何分析，以达到菌种鉴定的目的，要具体的步骤，十分感谢！

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1楼2013-05-19 22:57:59

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ququtdr

新虫 (小有名气)

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专业: 临床微生物学检验

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1

对于临床菌株，美国CLSI组织的文件MM-18A《DNA靶基因序列鉴定细菌和真菌的解释标准；批准指南》详细介绍了广谱基因测序技术（broad-range gene sequencing）在细菌与真菌鉴定中的应用，其中综合了细菌的生化反应、rRNA靶基因与其他靶基因序列分析的方法，
表1、16S rRNA基因序列鉴定细菌的通用解释标准
相似度序列的类型                   相似度差是否大于0.8%    结果报告          评述
≥99.0% 模式菌株                            是             属名和种名
≥99.0% 模式菌株       否（与他多个种的相似度差小于0.8%）属名和多个种名低鉴定度的鉴定
97.0-98.9% 模式菌株或
      有效命名的菌株       能与其他属区分             属需注明“亲缘关系最近的菌种”
95.0-96.9 模式菌株或
      有效命名的菌株  可能的新属新种，并注明“亲缘关系最近的菌属”
< 95% 模式菌株或
      有效命名的菌株    可能的新属新种
注：分枝杆菌与放线菌除外