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xyxaiy

新虫 (初入文坛)

[求助] 测序结果已出,后续如何分析,以达到菌种鉴定的目的

测序结果已出,后续如何分析,以达到菌种鉴定的目的,要具体的步骤,十分感谢!
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ququtdr

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
对于临床菌株,美国CLSI组织的文件MM-18A《DNA靶基因序列鉴定细菌和真菌的解释标准;批准指南》详细介绍了广谱基因测序技术(broad-range gene sequencing)在细菌与真菌鉴定中的应用,其中综合了细菌的生化反应、rRNA靶基因与其他靶基因序列分析的方法,
表1、16S rRNA基因序列鉴定细菌的通用解释标准
相似度        序列的类型                        相似度差是否大于0.8%         结果报告                评述
≥99.0%        模式菌株                                 是                  属名和种名       
≥99.0%        模式菌株            否(与他多个种的相似度差小于0.8%)        属名和多个种名 低鉴定度的鉴定
97.0-98.9% 模式菌株或
        有效命名的菌株            能与其他属区分                   属    需注明“亲缘关系最近的菌种”
95.0-96.9   模式菌株或
          有效命名的菌株  可能的新属新种,并注明“亲缘关系最近的菌属”
< 95%        模式菌株或
         有效命名的菌株      可能的新属新种
注:分枝杆菌与放线菌除外
3楼2013-05-20 01:34:17
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志子

至尊木虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
看序列同源性(A、T所占比例),同源性越高,菌种源越接近
2楼2013-05-19 23:56:42
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20093651

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
在GenBank中比对,寻找相似性最高的序列信息,用MEGA做系统发育分析。
但行好事,莫问前程
4楼2013-05-20 16:13:09
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carrieskl

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Bl ... EC=MicrobialGenomes


把序列整合好 输进去 blast一下
争做医生中最好的厨子
5楼2013-05-20 17:35:55
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