24小时热门版块排行榜    

查看: 3324  |  回复: 5

xyxaiy

新虫 (初入文坛)

[求助] 测序结果已出,后续如何分析,以达到菌种鉴定的目的

测序结果已出,后续如何分析,以达到菌种鉴定的目的,要具体的步骤,十分感谢!
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

志子

至尊木虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
看序列同源性(A、T所占比例),同源性越高,菌种源越接近
2楼2013-05-19 23:56:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ququtdr

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
对于临床菌株,美国CLSI组织的文件MM-18A《DNA靶基因序列鉴定细菌和真菌的解释标准;批准指南》详细介绍了广谱基因测序技术(broad-range gene sequencing)在细菌与真菌鉴定中的应用,其中综合了细菌的生化反应、rRNA靶基因与其他靶基因序列分析的方法,
表1、16S rRNA基因序列鉴定细菌的通用解释标准
相似度        序列的类型                        相似度差是否大于0.8%         结果报告                评述
≥99.0%        模式菌株                                 是                  属名和种名       
≥99.0%        模式菌株            否(与他多个种的相似度差小于0.8%)        属名和多个种名 低鉴定度的鉴定
97.0-98.9% 模式菌株或
        有效命名的菌株            能与其他属区分                   属    需注明“亲缘关系最近的菌种”
95.0-96.9   模式菌株或
          有效命名的菌株  可能的新属新种,并注明“亲缘关系最近的菌属”
< 95%        模式菌株或
         有效命名的菌株      可能的新属新种
注:分枝杆菌与放线菌除外
3楼2013-05-20 01:34:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

20093651

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
在GenBank中比对,寻找相似性最高的序列信息,用MEGA做系统发育分析。
但行好事,莫问前程
4楼2013-05-20 16:13:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

carrieskl

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Bl ... EC=MicrobialGenomes


把序列整合好 输进去 blast一下
争做医生中最好的厨子
5楼2013-05-20 17:35:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Dear97

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 20093651 at 2013-05-20 16:13:09
在GenBank中比对,寻找相似性最高的序列信息,用MEGA做系统发育分析。

前辈,你好!我是新虫,想请教下,做进化树一般最少要选3个FAST 序列,这个选择标准是什么?在NCBI上blast的结果相似度大部分都是99%,进一步确定我所测序列的是什么菌,该怎么做?谢谢前辈
6楼2015-09-25 14:58:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 xyxaiy 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 估计是周四 +3 archvillain 2026-08-18 3/150 2026-08-21 01:48 by jnhyjjm
[基金申请] 基金啊基金 +3 longfie172 2026-08-20 3/150 2026-08-21 00:04 by wuchongjun
[基金申请] 科研孤儿太难了 +14 我4大白菜 2026-08-20 15/750 2026-08-20 22:33 by 袁向阳007
[基金申请] 让我中一个面上吧! +8 大萍1987 2026-08-20 10/500 2026-08-20 21:48 by 大萍1987
[基金申请] 言之凿凿,明天官网会通知放榜? +15 医学老男孩 2026-08-20 17/850 2026-08-20 20:35 by CaoLG
[基金申请] 时间戳又变了 +12 wuchongjun 2026-08-20 17/850 2026-08-20 20:05 by spzhao
[基金申请] 今天系统多次维护,明天很可能放榜! +10 zju2000 2026-08-16 11/550 2026-08-20 20:02 by cl479861084
[基金申请] 重要消息,中午系统在维护 +11 yuleib84 2026-08-18 12/600 2026-08-20 11:09 by xskun
[教师之家] 为什么余额宝的年化利率越来越低?主要原因有哪些? +5 瞬息宇宙 2026-08-15 5/250 2026-08-19 20:23 by super2002521
[基金申请] 今天放榜吗? +14 布布和一二 2026-08-19 15/750 2026-08-19 18:07 by gltch
[基金申请] filecode=后面第一个是大写字母 +10 wangze12014 2026-08-14 12/600 2026-08-19 16:56 by 苦难博士
[基金申请] 2027广东省杰青 +4 奶牛小黑 2026-08-15 10/500 2026-08-19 11:02 by wanfengnew
[基金申请] 朋友圈看到的 +6 wangzilk 2026-08-18 8/400 2026-08-19 10:55 by Haru815
[基金申请] 快农历七夕节了,轻松一下,男人悄悄话,女施主请不要进来。 +6 Tide man 2026-08-14 7/350 2026-08-19 09:56 by ZJTJZ
[基金申请] 明天放榜? +5 Shxjjxjkx 2026-08-18 5/250 2026-08-18 18:14 by -大大大大大-
[论文投稿] 投稿咨询 +4 wwm09 2026-08-17 6/300 2026-08-18 15:36 by wwm09
[基金申请] 时间戳又变了8-15 +14 archvillain 2026-08-15 26/1300 2026-08-18 13:37 by phantomgost
[基金申请] 今天维护系统维护 祝所有人 高中 +8 gjjjzhong 2026-08-18 9/450 2026-08-18 13:01 by 家与远方
[基金申请] 感觉是下周放榜了 +6 angus9576 2026-08-17 11/550 2026-08-17 23:57 by angus9576
[精细化工] 招聘 金属平磨液,抛光液研发工程师 +3 小天0311 2026-08-14 3/150 2026-08-16 07:31 by H9PLUS
信息提示
请填处理意见