24小时热门版块排行榜    

查看: 2519  |  回复: 10

sxxuan

金虫 (著名写手)

[求助] PCR是阳性但酶切是阴性,怎么回事?

最近做一个菌液,是已经带有重组质粒的。这个经过PCR鉴定是阳性的,用PCR做杂交也没有问题,信号很强。
但是以这管菌放大摇菌后提取质粒,以质粒为模板的PCR产物来做杂交,信号就很弱甚至没有了。
于是重新划板摇菌提质粒,甚至重新做了克隆,以菌液或质粒为模板,PCR都能得到很亮的条带,但是酶切或杂交就是没有信号
请大家帮忙分析一下看看是怎么回事?杂交的实验我没涉及过啊,谢谢了谢谢了~
ps:可以肯定的是探针是没有问题的
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

你的日子如何,你的力量也必如何!
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

冼亮淀粉酶

专家顾问 (知名作家)

生物大分子降解酶

★ ★
西瓜(金币+2): 鼓励交流 2011-04-22 17:38:14
有没有可能是PCR出来假阳性?条件和引物之类的不知道是不是早就摸索好了的,不然不至于酶切都切不动。
流星来时我许了个愿,愿我有吃有喝还有舒服的猪圈。讨厌发帖前不搜索论坛重复发帖和仅把论坛当解决问题工具,久不看论坛一来就提问者,宁弃EPI和VIP也不回帖。
2楼2011-04-22 15:22:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

elvias

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
西瓜(金币+2): good 2011-04-22 16:01:10
sxxuan(金币+1): 2011-04-22 20:08:04
PCR比较容易出假阳性结果的,质粒的鉴定还是要以酶切和测序为准。
3楼2011-04-22 15:32:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bst5

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
西瓜(金币+3): 鼓励! 2011-04-22 17:39:15
sxxuan(金币+3): 2011-04-22 20:09:07
首先你的PCR引物有没有Blast过,如果没有很可能你的PCR产物是非特异的扩增。第二,你的PCR模板用的是什么,DNA还是cDNA,可能你的引物扩出来的是内含子,cDNA的话建议RNA去完DNA再反转,这样比较保险。第三,引物设计最好是夸内含子的。纯属个人只谈,因为我之前也遇到过类似的问题,连接完了后,PCR和酶切都没有问题,结果测序一塌糊涂。呵呵,祝好运!
4楼2011-04-22 16:54:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sxxuan

金虫 (著名写手)

引用回帖:
Originally posted by 冼亮淀粉酶 at 2011-04-22 15:22:50:
有没有可能是PCR出来假阳性?条件和引物之类的不知道是不是早就摸索好了的,不然不至于酶切都切不动。

嗯,PCR的条带也很亮,切不动的话可能是假阳性,为什么假阳性的带也可以怎么亮啊?
条件和引物都是按照以前的来做,引物这个克隆是比较早之前别人做的,当时成功
你的日子如何,你的力量也必如何!
5楼2011-04-22 20:07:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sxxuan

金虫 (著名写手)

引用回帖:
Originally posted by elvias at 2011-04-22 15:32:35:
PCR比较容易出假阳性结果的,质粒的鉴定还是要以酶切和测序为准。

为什么会有假阳性啊?可以采取什么方法防止一下?
你的日子如何,你的力量也必如何!
6楼2011-04-22 20:08:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sxxuan

金虫 (著名写手)

引用回帖:
Originally posted by bst5 at 2011-04-22 16:54:49:
首先你的PCR引物有没有Blast过,如果没有很可能你的PCR产物是非特异的扩增。第二,你的PCR模板用的是什么,DNA还是cDNA,可能你的引物扩出来的是内含子,cDNA的话建议RNA去完DNA再反转,这样比较保险。第三,引物 ...

谢谢!
引物什么的都不是我设计的,保存的菌种是阳性的,不管PCR还是酶切,杂交信号也很强。但是放大摇菌后提取质粒,PCR和酶切鉴定也是阳性,以质粒为模板做PCR,再做杂交,就没有信号了。
PCR模板是上述那个阳性菌,扩出来的应该是不对称的DNA
你的日子如何,你的力量也必如何!
7楼2011-04-22 20:12:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

冼亮淀粉酶

专家顾问 (知名作家)

生物大分子降解酶

可能以前做的人伪造数据,我就见过把照片PS之后放到硕士毕业论文上的。
流星来时我许了个愿,愿我有吃有喝还有舒服的猪圈。讨厌发帖前不搜索论坛重复发帖和仅把论坛当解决问题工具,久不看论坛一来就提问者,宁弃EPI和VIP也不回帖。
8楼2011-04-23 01:40:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dhd997

荣誉版主 (文坛精英)

自由人,我型我秀!

优秀版主

【答案】应助回帖

sxxuan(金币+1): 2011-04-25 13:39:47
参考参考,参考,要理解参考的含义哦
人生不过几十年,成败荣辱都在天,是非恩怨莫在意,健康快乐最值钱,自古人间苦无边,看得高远境如仙,愿你不为凡事恼,轻松快乐每一天。
9楼2011-04-23 13:20:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

阿修罗Axuro

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
西瓜(金币+2): 鼓励交流 2011-04-23 14:59:05
sxxuan(金币+3): 2011-04-23 22:13:28
首先,要认识到以下两点:
1,PCR鉴定 这个东西很容易有假阳性,并且很难避免 不要想着去避免假阳性。那是没办法的。
2,杂交这个东西也很容易有假阳性,我400bp的探针去做杂交,只要你的质粒量大(比如2微克什么的),都出会带,不管含不含目的片段,而且是十分的亮的带,原因是那个地方质粒量太大,非特异结合的。杂交只适合基因组DNA(个人理解,望斧正)。
3,酶切只能是在连接后初步检测是否有东西连进去了,但是不能说明连正确了,有很多非特异性的东西是不可以解释的,我曾经酶切对的,但是测序就不知道连得事啥。

针对以上问题,个人建议:小提后送去测序。确定完全无误了,才能大提。
10楼2011-04-23 14:56:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 sxxuan 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 人气不行了 +11 fansofjerry 2026-08-21 11/550 2026-08-25 11:04 by 孤独的英雄6
[基金申请] 2026国自然函评费到账 +19 羊腰板 2026-08-21 22/1100 2026-08-25 10:38 by popular289
[教师之家] 导师吐槽:我怎么摊上了这么个极品研究生! +3 苏东坡二世 2026-08-23 3/150 2026-08-25 10:35 by shisan1313
[基金申请] 2026年的国家社科基金项目通讯评审的新规则与新动向、新挑战 +5 process2012 2026-08-23 7/350 2026-08-25 09:42 by huixian257
[基金申请] 我面上完蛋了 +13 且听虎啸 2026-08-20 14/700 2026-08-25 09:10 by mrkang
[基金申请] 只有每年这种时候来逛逛小木虫 +25 yaoyewhu2008 2026-08-20 27/1350 2026-08-25 08:01 by Equinoxhua
[基金申请] 明天应该可查了!? +5 chengyan1220 2026-08-23 5/250 2026-08-24 23:28 by 我4大白菜
[基金申请] 能否退出参与的面上项目解除限项 +21 koalala 2026-08-24 24/1200 2026-08-24 19:25 by 家与远方
[基金申请] filecode,4个jtjc了 +14 ziyangfang 2026-08-19 17/850 2026-08-24 18:37 by 哈哈蛤?
[基金申请] 建议基金发布提前给出明确的时间点 +13 kulium 2026-08-21 16/800 2026-08-24 16:27 by superceng
[基金申请] 今日不放榜?网传国自然预计 8 月 27 日可查结果 +17 医学老男孩 2026-08-20 21/1050 2026-08-24 14:21 by refreshing11
[基金申请] 朋友圈看到的 +7 wangzilk 2026-08-18 9/450 2026-08-24 10:50 by cmrandy
[基金申请] 让我中一个面上吧! +13 大萍1987 2026-08-20 16/800 2026-08-24 10:23 by 太傻了
[基金申请] 什么时候开奖? +10 CrisMessi 2026-08-18 11/550 2026-08-24 06:50 by 开心的小狮子
[教师之家] 跳槽后在研项目怎么办? +5 简单化xn 2026-08-22 10/500 2026-08-23 12:38 by 简单化xn
[基金申请] 看来今天不会放榜了? +8 chengyan1220 2026-08-21 11/550 2026-08-21 17:52 by dcqxinyang
[基金申请] 时间戳又变了 +13 wuchongjun 2026-08-20 19/950 2026-08-21 17:21 by 紫杉醇
[基金申请] 今天放榜没戏了吧 +9 yuleib84 2026-08-19 11/550 2026-08-21 10:06 by gltch
[基金申请] 重要消息,中午系统在维护 +11 yuleib84 2026-08-18 12/600 2026-08-20 11:09 by xskun
[基金申请] 明天放榜? +5 Shxjjxjkx 2026-08-18 5/250 2026-08-18 18:14 by -大大大大大-
信息提示
请填处理意见