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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 霉菌18SrDNA鉴定，构建发育树的问题
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tdl666

铜虫 (初入文坛)

[求助] 霉菌18SrDNA鉴定，构建发育树的问题

小弟在分子生物学上是小白一个，将一株菌（斜面）送出去做18SrDNA测序后，在ncbi上blast出一些相似性较高的序列，发现序列相似度在99%以上的为Lichtheimia ramosa横梗霉属和Absidia corymbifera犁头霉属， 而序列翻译成蛋白后存在很多断点，没有完整的开放式阅读框；用NJ法建树后看不出它的同源性，呈独立的分支，
  也有的说这是Lichtheimia ramosa和Absidia corymbifera同一类菌，但小弟的发育树作不来，用EzTaxon server 2.1比对发表过的最高的是菌株Mycosphaerella mycopappi ATCC 64711，才80.605%，但菌株形态学上很像犁头霉，我打电话问鉴定机构后，说我的菌种就那样，出现这种情况是我菌株自身的问题，不是他们测得不准，请问大家觉得是他们测得不准，还是我发育树做的不好，但小弟做其他菌的发育树一般都没问题。分离的菌株       
和数据库比较相似度较高的菌株        相似度（%）
MA-1        Absidia corymbifera(AF113408)        99.71
        Lichtheimia ramosa(JQ004932)        99.65
        Lichtheimia ramosa(JQ004933)        99.53
        Absidia corymbifera(AF113407)        98.43
        Lichtheimia corymbifera(JQ004931)        98.43
        Absidia blakesleeana(AF157117)        97.92
        Dichotomocladium elegans(AF157131)        90.42
        Absidia idahoensis(EU826361)        99.64
        Lichtheimia ramosa(JQ775424)        100.00
        Lichtheimia ramosa(JQ775419)        99.91
        Lichtheimia ramosa(JQ775458)        100.00
        Lichtheimia ramosa(JQ775456)        100.00
        Absidia hyalospora(EU826360)        97.77
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1楼 2013-01-05 19:25:27
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oldflying

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
会不会是软件的问题呢？我以前用的是Mega建的系统发育树，但具体怎么样我也不是很懂。
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» 本帖已获得的红花（最新10朵）

tdl666
一个人的努力和坚持！
2楼2013-01-05 19:46:23
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tdl666

铜虫 (初入文坛)
还有菌种鉴定机构建议我再做ITS序列，但也不保证结果，这个有道理吗？
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3楼2013-01-05 19:50:56
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tdl666

铜虫 (初入文坛)
送鲜花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by oldflying at 2013-01-05 19:46:23
会不会是软件的问题呢？我以前用的是Mega建的系统发育树，但具体怎么样我也不是很懂。

我也找了很多人做了，用的也是Mega，虽然树建的不大一样，但都做的在一个分支上，序列很奇怪。
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4楼2013-01-05 19:53:15
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oldflying

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by oldflying at 2013-01-05 19:46:23
会不会是软件的问题呢？我以前用的是Mega建的系统发育树，但具体怎么样我也不是很懂。

可以用其它标签再做一下，应该也多花不了多少时间。
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一个人的努力和坚持！
5楼2013-01-05 20:06:50
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拂袖江湖

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
zhang8826857: 金币+1, 鼓励应助 2013-01-06 22:46:58
真菌的18s变异率太低，及时是真菌通用的ITS在对某些毛霉也不太合适，现在普遍地做法是用多基因建树，你可以尝试多p几个基因片段 组合在一起建树
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6楼2013-01-06 08:48:59
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tdl666

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 拂袖江湖 at 2013-01-06 08:48:59
真菌的18s变异率太低，及时是真菌通用的ITS在对某些毛霉也不太合适，现在普遍地做法是用多基因建树，你可以尝试多p几个基因片段 组合在一起建树

这个不是很懂，不过我会查查相关资料，谢谢了啊
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7楼2013-01-06 09:37:09
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