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霉菌18SrDNA鉴定，构建发育树的问题
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小弟在分子生物学上是小白一个，将一株菌（斜面）送出去做18SrDNA测序后，在ncbi上blast出一些相似性较高的序列，发现序列相似度在99%以上的为Lichtheimia ramosa横梗霉属和Absidia corymbifera犁头霉属， 而序列翻译成蛋白后存在很多断点，没有完整的开放式阅读框；用NJ法建树后看不出它的同源性，呈独立的分支， 也有的说这是Lichtheimia ramosa和Absidia corymbifera同一类菌，但小弟的发育树作不来，用EzTaxon server 2.1比对发表过的最高的是菌株Mycosphaerella mycopappi ATCC 64711，才80.605%，但菌株形态学上很像犁头霉，我打电话问鉴定机构后，说我的菌种就那样，出现这种情况是我菌株自身的问题，不是他们测得不准，请问大家觉得是他们测得不准，还是我发育树做的不好，但小弟做其他菌的发育树一般都没问题。分离的菌株 和数据库比较相似度较高的菌株 相似度（%） MA-1 Absidia corymbifera(AF113408) 99.71 Lichtheimia ramosa(JQ004932) 99.65 Lichtheimia ramosa(JQ004933) 99.53 Absidia corymbifera(AF113407) 98.43 Lichtheimia corymbifera(JQ004931) 98.43 Absidia blakesleeana(AF157117) 97.92 Dichotomocladium elegans(AF157131) 90.42 Absidia idahoensis(EU826361) 99.64 Lichtheimia ramosa(JQ775424) 100.00 Lichtheimia ramosa(JQ775419) 99.91 Lichtheimia ramosa(JQ775458) 100.00 Lichtheimia ramosa(JQ775456) 100.00 Absidia hyalospora(EU826360) 97.77 |
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6楼2013-01-06 08:48:59
oldflying
木虫 (正式写手)
- 应助: 26 (小学生)
- 金币: 2139.7
- 散金: 120
- 帖子: 561
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- 虫号: 1271145
- 注册: 2011-04-20
- 性别: GG
- 专业: 微生物生理与生物化学
tdl666
2楼2013-01-05 19:46:23
3楼2013-01-05 19:50:56
4楼2013-01-05 19:53:15
