应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 霉菌18SrDNA鉴定，构建发育树的问题
51/1返回列表
查看: 1920  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

tdl666

铜虫 (初入文坛)

[求助] 霉菌18SrDNA鉴定，构建发育树的问题

小弟在分子生物学上是小白一个，将一株菌（斜面）送出去做18SrDNA测序后，在ncbi上blast出一些相似性较高的序列，发现序列相似度在99%以上的为Lichtheimia ramosa横梗霉属和Absidia corymbifera犁头霉属， 而序列翻译成蛋白后存在很多断点，没有完整的开放式阅读框；用NJ法建树后看不出它的同源性，呈独立的分支，
  也有的说这是Lichtheimia ramosa和Absidia corymbifera同一类菌，但小弟的发育树作不来，用EzTaxon server 2.1比对发表过的最高的是菌株Mycosphaerella mycopappi ATCC 64711，才80.605%，但菌株形态学上很像犁头霉，我打电话问鉴定机构后，说我的菌种就那样，出现这种情况是我菌株自身的问题，不是他们测得不准，请问大家觉得是他们测得不准，还是我发育树做的不好，但小弟做其他菌的发育树一般都没问题。分离的菌株       
和数据库比较相似度较高的菌株        相似度（%）
MA-1        Absidia corymbifera(AF113408)        99.71
        Lichtheimia ramosa(JQ004932)        99.65
        Lichtheimia ramosa(JQ004933)        99.53
        Absidia corymbifera(AF113407)        98.43
        Lichtheimia corymbifera(JQ004931)        98.43
        Absidia blakesleeana(AF157117)        97.92
        Dichotomocladium elegans(AF157131)        90.42
        Absidia idahoensis(EU826361)        99.64
        Lichtheimia ramosa(JQ775424)        100.00
        Lichtheimia ramosa(JQ775419)        99.91
        Lichtheimia ramosa(JQ775458)        100.00
        Lichtheimia ramosa(JQ775456)        100.00
        Absidia hyalospora(EU826360)        97.77
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2013-01-05 19:25:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

拂袖江湖

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
zhang8826857: 金币+1, 鼓励应助 2013-01-06 22:46:58
真菌的18s变异率太低，及时是真菌通用的ITS在对某些毛霉也不太合适，现在普遍地做法是用多基因建树，你可以尝试多p几个基因片段 组合在一起建树
赞一下(1人) 回复此楼
6楼2013-01-06 08:48:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答

oldflying

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
会不会是软件的问题呢？我以前用的是Mega建的系统发育树，但具体怎么样我也不是很懂。
赞一下(1人) 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

tdl666
一个人的努力和坚持！
2楼2013-01-05 19:46:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tdl666

铜虫 (初入文坛)
还有菌种鉴定机构建议我再做ITS序列，但也不保证结果，这个有道理吗？
赞一下 回复此楼
3楼2013-01-05 19:50:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tdl666

铜虫 (初入文坛)
送鲜花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by oldflying at 2013-01-05 19:46:23
会不会是软件的问题呢？我以前用的是Mega建的系统发育树，但具体怎么样我也不是很懂。

我也找了很多人做了，用的也是Mega，虽然树建的不大一样，但都做的在一个分支上，序列很奇怪。
赞一下 回复此楼
4楼2013-01-05 19:53:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 欢迎发来filecode的Mz6后的代码验证其规律 +32 医学老男孩 2026-08-13 74/3700 2026-08-16 21:05 by 医学老男孩
[基金申请] 时间戳又变了8-15 +13 archvillain 2026-08-15 25/1250 2026-08-16 20:13 by zhaosm1982
[基金申请] 哪位老哥知道今年的国自然具体哪一天放榜？ +9 Ldrop2023 2026-08-13 9/450 2026-08-16 13:24 by wukun_007
[基金申请] 咱们一起用铁证分析2026国家社科基金中标与否 +7 启萌科技 2026-08-12 26/1300 2026-08-16 12:35 by 启萌科技
[基金申请] 我的国基提前知道中了，可是同事的操作让我实在接受不了，怎么会有这样的人 +11 家与远方 2026-08-10 16/800 2026-08-16 10:28 by ray43
[基金申请] filecode=后面第一个是大写字母 +6 wangze12014 2026-08-14 7/350 2026-08-15 20:12 by gltch
[基金申请] filecode +8 cratir 2026-08-14 12/600 2026-08-15 18:08 by zyfgau
[基金申请] 小木虫上这么多卖论文的，真有人买论文么？感觉没必要啊 +12 Tide man 2026-08-10 13/650 2026-08-15 16:34 by 氺木
[基金申请] 关于Filecode分析方法 +10 majunge000 2026-08-10 13/650 2026-08-15 12:26 by hanpeng972
[基金申请] 是这周出结果还是下周出结果？ +4 yuleib84 2026-08-11 4/200 2026-08-14 23:05 by lfy8008
[基金申请] FileCode能看出啥？ +10 要乐观耀哥 2026-08-10 32/1600 2026-08-14 09:37 by 要乐观耀哥
[基金申请] 静等基金结果 +8 gjjjzhong 2026-08-10 21/1050 2026-08-13 17:56 by 且听虎啸
[基金申请] 不应该看fileCode +7 且听虎啸 2026-08-12 9/450 2026-08-13 14:27 by flydreamws
[基金申请] Filecode 又变了，巨变 +3 WH3796 2026-08-12 4/200 2026-08-13 14:13 by 小木虫6752397
[基金申请] 分享一下我之前已中青C的计划书的filecode +4 布布和一二 2026-08-11 5/250 2026-08-13 12:56 by cratir
[基金申请] 2019年青年基金涵评意见，大家看看几个A，几个B? +11 Tide man 2026-08-11 11/550 2026-08-13 07:35 by 撸猫猫
[基金申请] 为什么网上很多人说本周 12号出结果 +6 瞬息宇宙 2026-08-10 7/350 2026-08-11 19:25 by Tide man
[基金申请] 什么时候出结果，有咨询渠道？？？ +3 Tide man 2026-08-11 3/150 2026-08-11 17:54 by kudofaye
[基金申请] 确定了，国自然21号放榜 +6 布布和一二 2026-08-10 7/350 2026-08-10 19:15 by 2000zf36392
[基金申请] 据悉今年马上要出结果了 +7 瞬息宇宙 2026-08-10 8/400 2026-08-10 12:42 by Vivilian
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭