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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 综合其他 » 一个菌株和最高同源性的菌，构建系统发育树两个菌不在一起
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太行山1986

银虫 (小有名气)

[求助] 一个菌株和最高同源性的菌，构建系统发育树两个菌不在一起 已有1人参与

一个菌株和最高同源性的菌，构建系统发育树两个菌不在一起，而是和其他同源性低点的菌株在一起，我的问题是这是什么原因？若要鉴定该菌株要和哪个一起实验才合理？
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1楼 2013-07-03 17:26:26
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见神一笑

木虫 (著名写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 太行山1986 at 2013-07-05 16:09:50
采用MAGA5.05软件的Kimura2-parameter方法对菌株系列计算进化距离，neighbor-joining方法构建系统发育分析，1000次随机抽样，以自引导值（Bootstrap），评估系统发育的置信度（Kumar et al.,2004），头尾也去掉了， ...

用NCBI算出来的同源性呢？还有算进行距离一般用p-distance吧
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好好努力
8楼2013-07-06 09:51:03
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snqguang

新虫 (小有名气)
是不是系统发育树本身做得有问题？
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2楼2013-07-04 08:06:44
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见神一笑

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
太行山1986: 金币+4, ★有帮助 2013-07-05 16:10:14
laozuzunzhe: 金币+3, 鼓励应助交流！ 2013-07-06 15:20:05
你这个同源性的高低是用作系统发育树的软件算出来的吗？如果是用别的软件或方法算的，那到了作系统发育树的软件那里可能又不一样了，因为算法不一样。
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好好努力
3楼2013-07-04 16:16:58
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happycctv111

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 见神一笑 at 2013-07-04 16:16:58
你这个同源性的高低是用作系统发育树的软件算出来的吗？如果是用别的软件或方法算的，那到了作系统发育树的软件那里可能又不一样了，因为算法不一样。

同源性不都是从NCBI上检索到的吗？然后拿这个检索结果去构建发育树  请问构建发育树的软件也可以检索同源性菌？
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4楼2013-07-04 21:09:23
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