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太行山1986

银虫 (小有名气)

[求助] 一个菌株和最高同源性的菌,构建系统发育树两个菌不在一起 已有1人参与

一个菌株和最高同源性的菌,构建系统发育树两个菌不在一起,而是和其他同源性低点的菌株在一起,我的问题是这是什么原因?若要鉴定该菌株要和哪个一起实验才合理?
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太行山1986

银虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by 见神一笑 at 2013-07-05 07:35:54
算法不一样,当然结果也会有所差别。你用哪个软件构建的发育树,就有哪个来算同源性。Mega就既可以算同源性,也可以建树。还有楼下说的非常对,构建发育树时要把头尾的无效序列去掉,不仅这样,算同源性的时候也要 ...

采用MAGA5.05软件的Kimura2-parameter方法对菌株系列计算进化距离,neighbor-joining方法构建系统发育分析,1000次随机抽样,以自引导值(Bootstrap),评估系统发育的置信度(Kumar et al.,2004),头尾也去掉了,很奇怪的现象,我做其他的菌没有问题,就是有两个菌有这种现象,同源性和最高的95%多。
7楼2013-07-05 16:09:50
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查看全部 11 个回答

snqguang

新虫 (小有名气)

是不是系统发育树本身做得有问题?
2楼2013-07-04 08:06:44
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见神一笑

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
太行山1986: 金币+4, 有帮助 2013-07-05 16:10:14
laozuzunzhe: 金币+3, 鼓励应助交流! 2013-07-06 15:20:05
你这个同源性的高低是用作系统发育树的软件算出来的吗?如果是用别的软件或方法算的,那到了作系统发育树的软件那里可能又不一样了,因为算法不一样。
好好努力
3楼2013-07-04 16:16:58
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happycctv111

新虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 见神一笑 at 2013-07-04 16:16:58
你这个同源性的高低是用作系统发育树的软件算出来的吗?如果是用别的软件或方法算的,那到了作系统发育树的软件那里可能又不一样了,因为算法不一样。

同源性不都是从NCBI上检索到的吗?然后拿这个检索结果去构建发育树  请问构建发育树的软件也可以检索同源性菌?
4楼2013-07-04 21:09:23
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