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太行山1986

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[求助] 一个菌株和最高同源性的菌，构建系统发育树两个菌不在一起已有1人参与

一个菌株和最高同源性的菌，构建系统发育树两个菌不在一起，而是和其他同源性低点的菌株在一起，我的问题是这是什么原因？若要鉴定该菌株要和哪个一起实验才合理？

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1楼 2013-07-03 17:26:26

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太行山1986

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引用回帖:

6楼: Originally posted by 见神一笑 at 2013-07-05 07:35:54
算法不一样，当然结果也会有所差别。你用哪个软件构建的发育树，就有哪个来算同源性。Mega就既可以算同源性，也可以建树。还有楼下说的非常对，构建发育树时要把头尾的无效序列去掉，不仅这样，算同源性的时候也要 ...

采用MAGA5.05软件的Kimura2-parameter方法对菌株系列计算进化距离，neighbor-joining方法构建系统发育分析，1000次随机抽样，以自引导值（Bootstrap），评估系统发育的置信度（Kumar et al.,2004），头尾也去掉了，很奇怪的现象，我做其他的菌没有问题，就是有两个菌有这种现象，同源性和最高的95%多。