24小时热门版块排行榜    

查看: 3974  |  回复: 10
本帖产生 1 个 MicEPI ,点击这里进行查看
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

太行山1986

银虫 (小有名气)

[求助] 一个菌株和最高同源性的菌,构建系统发育树两个菌不在一起 已有1人参与

一个菌株和最高同源性的菌,构建系统发育树两个菌不在一起,而是和其他同源性低点的菌株在一起,我的问题是这是什么原因?若要鉴定该菌株要和哪个一起实验才合理?
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

太行山1986

银虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by 见神一笑 at 2013-07-05 07:35:54
算法不一样,当然结果也会有所差别。你用哪个软件构建的发育树,就有哪个来算同源性。Mega就既可以算同源性,也可以建树。还有楼下说的非常对,构建发育树时要把头尾的无效序列去掉,不仅这样,算同源性的时候也要 ...

采用MAGA5.05软件的Kimura2-parameter方法对菌株系列计算进化距离,neighbor-joining方法构建系统发育分析,1000次随机抽样,以自引导值(Bootstrap),评估系统发育的置信度(Kumar et al.,2004),头尾也去掉了,很奇怪的现象,我做其他的菌没有问题,就是有两个菌有这种现象,同源性和最高的95%多。
7楼2013-07-05 16:09:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 11 个回答

snqguang

新虫 (小有名气)

是不是系统发育树本身做得有问题?
2楼2013-07-04 08:06:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

见神一笑

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
太行山1986: 金币+4, 有帮助 2013-07-05 16:10:14
laozuzunzhe: 金币+3, 鼓励应助交流! 2013-07-06 15:20:05
你这个同源性的高低是用作系统发育树的软件算出来的吗?如果是用别的软件或方法算的,那到了作系统发育树的软件那里可能又不一样了,因为算法不一样。
好好努力
3楼2013-07-04 16:16:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

happycctv111

新虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 见神一笑 at 2013-07-04 16:16:58
你这个同源性的高低是用作系统发育树的软件算出来的吗?如果是用别的软件或方法算的,那到了作系统发育树的软件那里可能又不一样了,因为算法不一样。

同源性不都是从NCBI上检索到的吗?然后拿这个检索结果去构建发育树  请问构建发育树的软件也可以检索同源性菌?
4楼2013-07-04 21:09:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 今天务委会开完了,明天出结果吗 +18 angus9576 2026-08-25 22/1100 2026-08-26 00:41 by merchancy
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 7K1CJE38xLG4 2026-08-25 3/150 2026-08-26 00:40 by cNXvBfCpiZOM
[基金申请] 2026年8月25日国自然放榜前突然收到列入评审专家邮件,有关系吗? +16 木水思豆 2026-08-25 19/950 2026-08-25 23:56 by dragonxp
[基金申请] 在坚冰还盖着北海的时候,我看到了怒放的梅花。 (金币+10) +6 ziyangfang 2026-08-25 9/450 2026-08-25 20:26 by huagongfeihu
[基金申请] 放榜前的不淡定 20+4 snowwithsea 2026-08-19 19/950 2026-08-25 17:57 by chick875
[基金申请] 2026国自然函评费到账 +20 羊腰板 2026-08-21 23/1150 2026-08-25 16:34 by zsna
[基金申请] 如果此刻你正在为国基感到焦虑,不妨来听听这首《基金之外》 +8 scalable 2026-08-24 8/400 2026-08-25 12:52 by jnhyjjm
[基金申请] 没有任何消息-是不是就凉了 +9 图啦图啦 2026-08-24 10/500 2026-08-25 11:59 by 南海小哥
[基金申请] 人气不行了 +11 fansofjerry 2026-08-21 11/550 2026-08-25 11:04 by 孤独的英雄6
[教师之家] 导师吐槽:我怎么摊上了这么个极品研究生! +3 苏东坡二世 2026-08-23 3/150 2026-08-25 10:35 by shisan1313
[基金申请] 2026年的国家社科基金项目通讯评审的新规则与新动向、新挑战 +5 process2012 2026-08-23 7/350 2026-08-25 09:42 by huixian257
[基金申请] 今天基金会出结果吗?20260819 +17 kkkl_v 2026-08-19 18/900 2026-08-25 09:41 by windflowerwy
[基金申请] 我面上完蛋了 +13 且听虎啸 2026-08-20 14/700 2026-08-25 09:10 by mrkang
[基金申请] 范进中举一文的中心思想 +7 炎黄贵胄 2026-08-22 8/400 2026-08-25 08:48 by ZJTJZ
[基金申请] 建议基金发布提前给出明确的时间点 +13 kulium 2026-08-21 16/800 2026-08-24 16:27 by superceng
[基金申请] 今天放榜吗? +15 布布和一二 2026-08-19 16/800 2026-08-23 09:55 by 张春生
[基金申请] 时间戳又变了 +13 wuchongjun 2026-08-20 19/950 2026-08-21 17:21 by 紫杉醇
[基金申请] 应该是下周三26日公布了吧? +4 哈哈蛤? 2026-08-21 4/200 2026-08-21 10:58 by Vivilian
[基金申请] 今天放榜没戏了吧 +9 yuleib84 2026-08-19 11/550 2026-08-21 10:06 by gltch
[基金申请] 基金啊基金 +4 longfie172 2026-08-20 4/200 2026-08-21 08:58 by mark mao
信息提示
请填处理意见