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piaoyuaaa

金虫 (小有名气)

[求助] MEGA 5.0构建系统发育树的问题

已知样品序列(未知菌),在NCBI上比对,下载100%的相似序列,用MEGA5.0建树,为什么不在一棵树上呢?差别好远,几个相似的序列聚在一起,而我的样品序列则在另一大分支上面,是怎么回事?
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hujinlong

铜虫 (初入文坛)


引用回帖:
2457016楼: Originally posted by apple870502 at 2011-10-12 20:20:39
请问楼主,mega 5是识别什么后缀的文件?我找到的使用说明说txt,结果截图里面文件栏里显示的是seq,但不管我用哪种格式,在建树时都添加不了,不知道为什么,现在用mega 5没法建树了呀!

把txt里的序列拷贝到mega里不就可以了嘛
8楼2012-08-07 22:17:06
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查看全部 11 个回答

cexoihtydx

金虫 (正式写手)

★ ★
adslye(金币+2): 感谢交流~祝顺利! 2011-08-26 15:06:10
你能确定你的已知样品序列是你所需要的基因吗?可以用其他的构建进化树软件试一下,看是否出现同样的情况
不放弃,日子总有阳光,追求总有希望!
2楼2011-08-26 11:59:48
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xiadongliang

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


adslye(金币+1): 感谢交流~祝顺利! 2011-08-26 15:06:38
piaoyuaaa(金币+2): 2011-09-03 07:34:34
序列方向不一致把。好好检查一下。
3楼2011-08-26 12:11:50
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yangsh_nj

木虫 (著名写手)


adslye(金币+1): 感谢交流,祝顺利! 2011-09-06 10:09:22
Mega系统进化树构建之前需要对序列进行排序。排序的时候一定要注意序列的方向。
4楼2011-09-06 07:25:42
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