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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 基于氨基酸的系统发育树的构建
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红多多

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版筑饭牛的日子

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
dhd997(金币+5, MolEPI+1): 欢迎以后多交流，鼓励之 2011-10-08 07:51:59
其实你的问题我也同，但是我说说我的看法把。
我觉得通过序列做进化树仅仅是一种很低级的手段，不能说低级，怎么说呢，有一定科学性，但是不绝对。通过序列差异来判断两个基因是否同源是基于肯定两个基因有着共同起源这种理论采用的方法。这种方法如任何一种方法一样有着它的局限性，比如来自不同功能的基因，或者说在进化史上曾经有着功能分化的基因在不断衍化的过程中又产生了功能的交叉。那么这种情况你就说不清楚了他们的同源关系了。另外现在很多关于序列差异小但是功能差别大的报道。所以嘛，方法只是方法，我一般写文章都会在讨论的时候弱化这个问题，没办法，大家都明白的，这个不绝对。
关于你说的BLASTn和BLASTx检索出来的结果不一样是因为两个是在不同数据库里面检索的缘故。一般来说BLASTn的覆盖范围更广泛。关于用是用DNA序列还是氨基酸序列做进化树我的看法和你大致一样，就是有功能的看氨基酸，非编码序列则用DNA，但是线粒体叶绿体编码相关的蛋白貌似很多人用DNA序列做进化树。原因你明白的，密码子不一样带来了很多麻烦……
至于你最后一个问题，怎么证明两个序列同源，这个地方我认为说证明不太合适，说推测吧。道理你懂的，这个不绝对，所以……
赞一下(3人) 回复此楼
可以用QQ找我……
2楼2011-10-08 00:32:22
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