| 查看: 4090 | 回复: 6 | |||
| 本帖产生 1 个 MolEPI ，点击这里进行查看 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
[求助]
基于氨基酸的系统发育树的构建
|
|||
| 大家好。我最近构建系统发育树，我通过PCR扩增到功能基因片段，功能基因片段通过NCBI上面的blastx检索到最相似的氨基酸序列，然后构建氨基酸序列系统发育树。我的问题是：首先，这样做对吗？其次，同一个DNA序列，我通过BLASTn和BLASTx检索，发现BLASTn检索最相似的DNA序列和Blastx检索出最相似的氨基酸序列不是同一个片段，这就意味着基于氨基酸的系统发育树不能反映基于DNA的系统发育树？而什么时候选基于氨基酸的系统发育树，什么时候选基于DNA的系统发育树呢？我觉得，应该是看自己论文的需要，如果论文想反应DNA序列的遗传适应性，应该选基于DNA的系统发育树，如果倾向于功能分析，选择基于氨基酸的系统发育树。但是，这两个都可以反应同源关系吧,因为系统发育树基于相似性构建的，相似性大意味着可能是同源的。最后，我还有一个问题，如果要证明两个序列是同源的，如何证明呢？ |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 【分子生物】EPI帖 |
» 猜你喜欢
为什么蛋白质氨基酸测定大家都测17种?
已经有5人回复
-
《灰分记：我与坩埚的“灰烬”之恋》
已经有3人回复
-
化学工程及工业化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有118人回复
-
求助 食品检验工（基础知识），中国劳动社会出版社 电子版
已经有5人回复
-
胶体几丁质的结晶度？
已经有0人回复
-
诚挚招收全日制博士！！！中国农业科学院麻类研究所谭志坚研究员课题组招收博士
已经有2人回复
-
三甲基羟乙基丙二胺的合成路线
已经有5人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
菜鸟求助——我系统发育树构建不出来——构建出来的怎么是这样的
已经有15人回复- 系统发育树如何分析，得出结论？
已经有13人回复
- 建系统发育树时怎么样才能调高bootstrap值啊？送金币
已经有34人回复
- MEGA 5.0构建系统发育树的问题
已经有10人回复
- 关于怎样建立基因文库，并通过文库建系统发育树
已经有9人回复
- 系统发育树的节点与亲缘关系问题求助
已经有7人回复
- 真菌种属鉴定 系统发育树构建
已经有5人回复
- 【求助/交流】序列人工校正与构建系统发育树
已经有8人回复
- 【求助/交流】关于系统发育树，如何鉴定菌种
已经有12人回复
- 【分享】《分子进化与系统发育》【已搜索无重复】
已经有9人回复
- 请教：系统发育树怎么做？
已经有14人回复
416114799
至尊木虫 (知名作家)
- MolEPI: 4
- 应助: 707 (博后)
- 金币: 14788.2
- 散金: 1799
- 红花: 150
- 帖子: 9929
- 在线: 1606.6小时
- 虫号: 996663
- 注册: 2010-04-14
- 专业: 环境微生物学
【答案】应助回帖
|
① DNA与氨基酸不同一个片段，这才是正常的或者一般是正常的，毕竟编译过程（密码子→氨基酸）不是一一对应的，一种氨基酸可以有几种密码子来编码； ② 所以二者并不矛盾，可能数据库里面的信息本身还不够多，也许DNA的信息已经很丰富，你对比一下就可以找到与你序列非常接近的种，但是可能氨基酸的很少人把序列提交数据库，你比对就未必能够很精确地确定它的种，所以二者不一定会相符； ③ 判断你的菌属于什么种属，最好用16S rDNA，不要选用氨基酸，前面①说过为什么了，也就是说氨基酸是相对不“保守”的。如果你要分析蛋白质的功能等，那就一定要用氨基酸了，这时就去数据库比对相关的氨基酸序列。但是氨基酸序列只能用于判断蛋白质一二三级结构等模糊信息，不能像DNA那么精确。 ④ 二者基本都可以反映同源关系，一般定到属是肯定没有问题的，而且不管是DNA还是氨基酸，你做出来的进化树跟某个序列很相似，你不能就说是它，只是说很接近，是不是它还需要做很多的分子鉴定工作。这时你只能给你的菌株单独命名，这个是特殊的，不管与其他序列多相似，都是独一无二的。同源性只是相对的，所以二者都可以反应问题； ⑤ 你最后一个问题没说明白，两个序列是，是什么东西？氨基酸与你的DNA还是？ |
7楼2012-06-14 10:36:04