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基于氨基酸的系统发育树的构建
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| 大家好。我最近构建系统发育树，我通过PCR扩增到功能基因片段，功能基因片段通过NCBI上面的blastx检索到最相似的氨基酸序列，然后构建氨基酸序列系统发育树。我的问题是：首先，这样做对吗？其次，同一个DNA序列，我通过BLASTn和BLASTx检索，发现BLASTn检索最相似的DNA序列和Blastx检索出最相似的氨基酸序列不是同一个片段，这就意味着基于氨基酸的系统发育树不能反映基于DNA的系统发育树？而什么时候选基于氨基酸的系统发育树，什么时候选基于DNA的系统发育树呢？我觉得，应该是看自己论文的需要，如果论文想反应DNA序列的遗传适应性，应该选基于DNA的系统发育树，如果倾向于功能分析，选择基于氨基酸的系统发育树。但是，这两个都可以反应同源关系吧,因为系统发育树基于相似性构建的，相似性大意味着可能是同源的。最后，我还有一个问题，如果要证明两个序列是同源的，如何证明呢？ |
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 【分子生物】EPI帖 |
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henrylee223
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6楼2011-10-09 22:04:02