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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 综合其他 » 【求助/交流】如何构建系统更发育树
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hunter3401

新虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】如何构建系统更发育树 已有12人参与

本人做了一株菌的16S，现在想构建它系统发育树，请虫友们帮忙看下，这样做是否合理，首先Clustx进行多序列比对，将比对的结果MEGA分析——N-Jtree.如果合理的话该如何选择用来进行比对的菌的序列？假如说我的菌与枯草芽孢杆菌有99%的相似性，那么我是在这些结果里来找序列进行Clustx比对吗?
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1楼 2010-08-08 09:52:57
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05243003

木虫 (正式写手)

蓝色的天
NCBI里好多都是无效种，做16S的话建议到韩国EzTaxon Server Version 2.1 里去找相似性的菌株，里边都是已发表的典型菌株。
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10楼2010-08-25 08:59:56
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