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hunter3401

新虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】如何构建系统更发育树 已有12人参与

本人做了一株菌的16S,现在想构建它系统发育树,请虫友们帮忙看下,这样做是否合理,首先Clustx进行多序列比对,将比对的结果MEGA分析——N-Jtree.如果合理的话该如何选择用来进行比对的菌的序列?假如说我的菌与枯草芽孢杆菌有99%的相似性,那么我是在这些结果里来找序列进行Clustx比对吗?
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jndxmmc

新虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
先去NCBI下载相似性高的序列 其实你做之前就基本确定菌的种属了,下载模式株也行,然后Clustx进行多序列比对,将比对的结果MEGA分析,构建系统发育数就ok了
4楼2010-08-11 11:17:29
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jndxmmc

新虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
模式株很多 有些文献都有注明 菌保中心这方面的资料很全
9楼2010-08-25 08:35:13
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jndxmmc

新虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by hunter3401 at 2010-08-25 17:36:27:
[quote]Originally posted by jndxmmc at 2010-08-25 08:35:13:
模式株很多 有些文献都有注明 菌保中心这方面的资料很全 [/
能给个链接吗?谢谢!

10楼正解啊
16楼2010-08-27 09:25:06
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