| 查看: 3169 | 回复: 16 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
hunter3401新虫 (小有名气)
|
[交流]
【求助/交流】如何构建系统更发育树 已有12人参与
|
||
| 本人做了一株菌的16S，现在想构建它系统发育树，请虫友们帮忙看下，这样做是否合理，首先Clustx进行多序列比对，将比对的结果MEGA分析——N-Jtree.如果合理的话该如何选择用来进行比对的菌的序列？假如说我的菌与枯草芽孢杆菌有99%的相似性，那么我是在这些结果里来找序列进行Clustx比对吗? |
回复此楼» 猜你喜欢
347求调剂
已经有4人回复
-
一志愿西交288化工专硕求调剂
已经有3人回复
-
一志愿中国科学院大学265求调剂
已经有4人回复
-
291求调剂
已经有13人回复
-
070300化学求调剂
已经有3人回复
-
322求调剂
已经有7人回复
-
0703化学
已经有15人回复
-
材料学硕333求调剂
已经有15人回复
-
313求调剂
已经有3人回复
-
083000学硕274求调剂
已经有11人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 构建系统发育树时，最后发表使用哪棵树？如何使用结果
已经有5人回复
- 这样还有必要建系统发育树吗？
已经有10人回复
- 关于构建系统发育树的问题，小白求教？为什么变形菌门老是不在一个分支
已经有10人回复
- 菜鸟求助——我系统发育树构建不出来——构建出来的怎么是这样的
已经有15人回复
- 系统发育树如何分析，得出结论？
已经有13人回复
- 基于氨基酸的系统发育树的构建
已经有6人回复
- MEGA 5.0构建系统发育树的问题
已经有10人回复
- 关于怎样建立基因文库，并通过文库建系统发育树
已经有9人回复
- 真菌种属鉴定 系统发育树构建
已经有5人回复
- 【求助/交流】16S rDNA测序 系统发育树构建 急！！！
已经有6人回复
- 【求助/交流】序列人工校正与构建系统发育树
已经有8人回复
- 请教：系统发育树怎么做？
已经有14人回复
4楼2010-08-11 11:17:29
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
看天(金币+3):鼓励交流 2010-08-08 13:23:44
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
看天(金币+3):鼓励交流 2010-08-08 13:23:44
|
好像大家都不大精通这方面，我曾经发帖子希望大家讨论一下可惜回复的也太少。 我没做过细菌的，但是通过做真菌的its也多少了解些，把我的想法说说。做树，首先要在genbank上搜索相似序列，但是上面提交的序列也很多很乱，你要把握的原则是，一要ident那个值要高，二要具体看那条序列的详细信息（序列是否完整，是否可信，这一点主要看信息里的文章是否已经发表）。选几条值高的那个属，然后再选个外类群，做树就可以了，具体的还需要具体摸索。一般百分之99以上可能就是那个种了，不过我这些都是自己摸索，希望辩证的来看。 |
2楼2010-08-08 10:29:38
xp198766
铁杆木虫 (著名写手)
小木虫职业打酱油滴~~！
- MicEPI: 2
- 应助: 5 (幼儿园)
- 金币: 6525.1
- 散金: 262
- 红花: 25
- 帖子: 2193
- 在线: 554小时
- 虫号: 1046859
- 注册: 2010-06-24
- 性别: GG
- 专业: 环境微生物学
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
看天(金币+2):很热心 2010-08-08 13:23:54
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
看天(金币+2):很热心 2010-08-08 13:23:54
|
我认为可以直接将你的16s序列放入blast比对，找到2楼所说的，相似的序列，就是比对的前面的一些结果，还有，你想通过比对来鉴定你的细菌是吧，这样的话，可以尽量选择一些不同的种，相同的种一般不超过2个…… http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Bl ... ;LINK_LOC=blasthome |
3楼2010-08-08 13:17:32
pxf983621
铁杆木虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 7739.7
- 帖子: 100
- 在线: 50.6小时
- 虫号: 1009743
- 注册: 2010-05-01
- 性别: GG
- 专业: 环境微生物学
6楼2010-08-11 20:29:12
