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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » ML法构建真菌系统发育树
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zhanghh1127

金虫 (正式写手)

[交流] ML法构建真菌系统发育树

请问下大家在用paup建ML树的时候用不用modeltest自带的MLsearch.txt 这个文件？

[ Last edited by zhanghh1127 on 2013-3-31 at 23:40 ]
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1楼 2013-03-31 23:37:06
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回帖置顶 ( 共有3个 )

zhanghh1127

金虫 (正式写手)
zhanghh1127: 回帖置顶 2013-04-03 20:25:50
引用回帖:
29楼: Originally posted by rommel1941 at 2013-04-03 14:30:41
modeltest选择的模型用在后期软件分析中。ML建树需要一个确定的模型才可以，如果两个标准给出的模型一致，那用一个就好。不一致的话建议都跑一下。
    如果给出的是GTR model说明你的序列可能有点问题。
    祝好 ...

我的序列测出的模型标准不一致,也不是GTR模型,看文献里面说一般都是AIC标准下选择的模型较好一些 不知这样的说法是否准确?
另请教下*.nex文件里的参数设定模块是怎么得到的?    我用clustlx软件得到的*nxs文件重命名后得不到这些信息  找不到那些参数值
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30楼2013-04-03 20:22:07
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rommel1941

铁杆木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
1949stone: MolEPI+1, 很好 鼓励交流 2013-04-06 17:38:49
手边没有合适的例子，Bayes的说明说里有明确的例子，会告诉你如果将有用的信息复制至*.nex文件中。（好久没在ME或是MPE这样的Paper中看到MP树）。
祝好
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36楼2013-04-06 15:52:51
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zhanghh1127

金虫 (正式写手)
zhanghh1127: 回帖置顶 2013-04-07 09:14:26
引用回帖:
36楼: Originally posted by rommel1941 at 2013-04-06 15:52:51
手边没有合适的例子，Bayes的说明说里有明确的例子，会告诉你如果将有用的信息复制至*.nex文件中。（好久没在ME或是MPE这样的Paper中看到MP树）。
祝好

非常谢谢你指明方向 我研究研究bayes例子后面的东西
不过还是想问下 师兄你有没有ML的批处理命令 及Model的使用这方面的资料 可否给讲解下?
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37楼2013-04-07 09:13:36
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rommel1941

铁杆木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
一般的ML树构建，在特定的软件中就OK，不需要编写什么命令。按照软件的要求输入model、数据类型等东西，就一切OK。祝好！
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40楼2013-04-08 14:12:49
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userhung

禁虫 (文学泰斗)
★
zhanghh1127(金币+1): 谢谢参与
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=3101141
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2292473
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7楼2013-04-01 05:39:18
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rommel1941

铁杆木虫 (正式写手)
★ ★ ★
zhanghh1127(金币+1): 谢谢参与
myprayer: 金币+2, 赠人玫瑰手有余香。生物版块欢迎你的无私奉献。 2013-04-02 09:07:40
如果你的序列够长，信息量很多，建议使用PhyML，Paup相当浪费时间。
祝好。
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zhanghh1127
8楼2013-04-01 14:43:56
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zhanghh1127

金虫 (正式写手)
送鲜花一朵
zhanghh1127: 回帖置顶 2013-04-01 18:54:09
zhanghh1127: 取消置顶 2013-04-04 13:47:15
引用回帖:
8楼: Originally posted by rommel1941 at 2013-04-01 14:43:56
如果你的序列够长，信息量很多，建议使用PhyML，Paup相当浪费时间。
祝好。

序列也不长  用的ITS这一段 我用modeltest检测出模型之后是不是直接套用它自带的ML建树的命令在PAUP里面直接运行？
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9楼2013-04-01 18:52:31
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茅塞顿开

至尊木虫 (文坛精英)
★
zhanghh1127(金币+1): 谢谢参与
飘过
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10楼2013-04-01 19:22:33
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huxiuling

金虫 (著名写手)
★
zhanghh1127(金币+1): 谢谢参与
不用
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16楼2013-04-01 20:42:56
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huxiuling

金虫 (著名写手)
★
zhanghh1127(金币+1): 谢谢参与
不用的
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17楼2013-04-01 20:43:05
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zhanghh1127

金虫 (正式写手)
zhanghh1127: 回帖置顶 2013-04-02 00:33:01
zhanghh1127: 取消置顶 2013-04-04 13:47:10
引用回帖:
16楼: Originally posted by huxiuling at 2013-04-01 20:42:56
不用

那modeltest测出来的模型用来做什么的呀?
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25楼2013-04-02 00:32:45
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myprayer

专家顾问 (著名写手)
★
zhanghh1127(金币+1): 谢谢参与
引用回帖:
3楼: Originally posted by syhorchid at 2013-04-01 00:02:44

请勿单纯回复表情
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26楼2013-04-02 08:52:59
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gcworm

木虫 (职业作家)
★
zhanghh1127(金币+1): 谢谢参与
路过，帮顶
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27楼2013-04-02 22:38:33
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gcworm

木虫 (职业作家)
★
zhanghh1127(金币+1): 谢谢参与
路过，帮顶
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28楼2013-04-02 22:38:39
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rommel1941

铁杆木虫 (正式写手)
★
zhanghh1127(金币+1): 谢谢参与
modeltest选择的模型用在后期软件分析中。ML建树需要一个确定的模型才可以，如果两个标准给出的模型一致，那用一个就好。不一致的话建议都跑一下。
    如果给出的是GTR model说明你的序列可能有点问题。
    祝好！
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29楼2013-04-03 14:30:41
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匿名

用户注销 (正式写手)
★
zhanghh1127(金币+1): 谢谢参与
本帖仅楼主可见
32楼2013-04-03 21:05:18
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匿名

用户注销 (正式写手)
★
zhanghh1127(金币+1): 谢谢参与
本帖仅楼主可见
33楼2013-04-03 21:05:26
已阅   申请MolEPI   回复此楼   编辑   查看我的主页

rommel1941

铁杆木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
modeltest所得结果可以直接在后期计算软件中使用。如果要修改原始文件，建议使用DnaSP。
祝好
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34楼2013-04-06 14:30:46
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zhanghh1127

金虫 (正式写手)
引用回帖:
34楼: Originally posted by rommel1941 at 2013-04-06 14:30:46
modeltest所得结果可以直接在后期计算软件中使用。如果要修改原始文件，建议使用DnaSP。
祝好

谢谢您的指导 现在情况好了很多  MP树建的已有了雏型  正在后期改良的阶段 现在用Mrmodeltest或者Modeltest3.7我都可以得到一个AIC标准下的最佳模型  但是这个模型下的命令到底在哪用 我不太理解 不知能否给个例子讲下？（zhanghh1127@163.com）
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35楼2013-04-06 14:58:29
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rommel1941

铁杆木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
不是很明白你的意思。 ML的计算基于modeltest的结果，不同于Bayes的MCMC方法，有几个软件都可以算这个东东（MEGA我用的少，不太清楚）。model的使用其实问题不大AIC标准下产生的模型基本可以解决问题，不过建议你还是将两套标准给出的model都计算一遍（会有惊喜的）。如果你的数据够好，拓扑结构基本一致。如果遇到多参数model切记要小心。祝好
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38楼2013-04-07 14:41:24
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zhanghh1127

金虫 (正式写手)
引用回帖:
38楼: Originally posted by rommel1941 at 2013-04-07 14:41:24
不是很明白你的意思。 ML的计算基于modeltest的结果，不同于Bayes的MCMC方法，有几个软件都可以算这个东东（MEGA我用的少，不太清楚）。model的使用其实问题不大AIC标准下产生的模型基本可以解决问题，不过建议你还 ...

谢谢您的提醒  我定会试试两个标准下的model
不过我想知道在建ML树的时候beginpaup；到end；之间的命令怎么编写  可否给予指导？
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39楼2013-04-07 21:41:50
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小玉儿5360

新虫 (初入文坛)
送红花一朵
好用！
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41楼2013-10-30 09:33:03
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洛可可薇薇

铁虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
请问楼主我的Modelst版本是0.1.1，算出的结果如何输入到PAUP呢？
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42楼2016-03-07 10:55:41
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简单回复
ll99992楼
2013-03-31 23:54   回复  
zhanghh1127(金币+1): 谢谢参与
syhorchid3楼
2013-04-01 00:02   回复  
zhanghh1127(金币+1): 谢谢参与
xiaomaruc4楼
2013-04-01 00:05   回复  
zhanghh1127(金币+1): 谢谢参与
祝福
失落的豇豆5楼
2013-04-01 00:15   回复  
zhanghh1127(金币+1): 谢谢参与
Nef486楼
2013-04-01 03:48   回复  
zhanghh1127(金币+1): 谢谢参与
D
readytogo11楼
2013-04-01 19:34   回复  
zhanghh1127(金币+1): 谢谢参与
readytogo12楼
2013-04-01 19:34   回复  
zhanghh1127(金币+1): 谢谢参与
liuyue36913楼
2013-04-01 20:12   回复  
zhanghh1127(金币+1): 谢谢参与
liuyue36914楼
2013-04-01 20:12   回复  
zhanghh1127(金币+1): 谢谢参与
奋力拼搏15楼
2013-04-01 20:40   回复  
zhanghh1127(金币+1): 谢谢参与
黄山松5018楼
2013-04-01 20:47   回复  
zhanghh1127(金币+1): 谢谢参与
黄山松5019楼
2013-04-01 20:48   回复  
zhanghh1127(金币+1): 谢谢参与
樱木花道620楼
2013-04-01 20:50   回复  
zhanghh1127(金币+1): 谢谢参与
樱木花道621楼
2013-04-01 20:50   回复  
zhanghh1127(金币+1): 谢谢参与
xiaoyu92722楼
2013-04-01 21:05   回复  
zhanghh1127(金币+1): 谢谢参与
祝福
xiaoyu92723楼
2013-04-01 21:05   回复  
zhanghh1127(金币+1): 谢谢参与
yingying158824楼
2013-04-01 21:41   回复  
zhanghh1127(金币+1): 谢谢参与
liang888731楼
2013-04-03 21:02   回复  
zhanghh1127(金币+1): 谢谢参与
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