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jinkui960

至尊木虫 (知名作家)

【答案】应助回帖

1949stone(MolEPI+1): 果然很辛苦啊 2011-08-03 17:42:28
jacber(金币+5): 谢谢 2011-08-03 18:31:34
jacber(金币+5): 1 2011-08-06 02:17:02
引用回帖:
1楼: Originally posted by jacber at 2011-08-03 14:27:25:
我最近才接触这方面的内容,很多原理性的东西都不是很了解,特别是在微生物鉴定后怎么分析其同源性,生物进化发育树等,有没有人提供下相关的统计分析之类的资料啊 ,万分感激,有合适提供者再追加大奖

一般来说,在克隆得到微生物的保守序列,真菌如ITS序列,细菌如16S rRNA序列以后,先在NCBI上进行Blast检索,确定哪些序列和哪些微生物的相似性比较高,然后下载相似性比较高的序列,最好是下载标准菌株的序列,这样结果更可信。

序列下载了以后,就可以用Clustal软件进行序列比对,并根据自己的目的利用不同的软件构件系统发育树,一般新手常用的构树软件是Mega(4.0)。由于一种软件或者方法构出来的树可能存在一些偏差(Bias),所以一般采用不同的软件和不同的方法构树,如果不同软件、不同方法构出的树的拓扑结构一致的话,结果会更可信。

不同的进化发育树选择不同的方法,构建NJ树,可以用PHYLIP或MEGA;构建MP树,最好的工具是PAUP;构建ML树可以使用PHYML;贝叶斯树用MrBayes软件。ML树和贝叶斯树要花很长的时间,尤其是贝叶斯树还需要专用电脑。一般的杂志用MEGA也被认可!

网上有很多这方面的文献,可以参考:
1)进化树构建需要哪些工具
http://zhidao.baidu.com/question/145295640
2)分子进化树构建及数据分析的简介
http://wenku.baidu.com/view/0f4c852c2af90242a895e541.html

希望对你有帮助!
2楼2011-08-03 16:56:04
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