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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 关于生物进化发育树之类的分析
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jacber

木虫 (正式写手)

[求助] 关于生物进化发育树之类的分析

我最近才接触这方面的内容，很多原理性的东西都不是很了解，特别是在微生物鉴定后怎么分析其同源性，生物进化发育树等，有没有人提供下相关的统计分析之类的资料啊 ，万分感激，有合适提供者再追加大奖
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1楼 2011-08-03 14:27:25
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寻找丢失的ID

木虫 (正式写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 彤毋戚 at 2015-03-22 15:19:56
请问你知道什么是标准菌株了吗？我也不知道呢，能告诉我吗？...

现在NCBI数据库中有这个选项参数的， 找到“Sequences from type material”，前面的框框里打勾
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10楼2015-03-22 15:49:10
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jinkui960

至尊木虫 (知名作家)

【答案】应助回帖

1949stone(MolEPI+1): 果然很辛苦啊 2011-08-03 17:42:28
jacber(金币+5): 谢谢 2011-08-03 18:31:34
jacber(金币+5): 1 2011-08-06 02:17:02
引用回帖:
1楼: Originally posted by jacber at 2011-08-03 14:27:25:
我最近才接触这方面的内容，很多原理性的东西都不是很了解，特别是在微生物鉴定后怎么分析其同源性，生物进化发育树等，有没有人提供下相关的统计分析之类的资料啊 ，万分感激，有合适提供者再追加大奖

一般来说，在克隆得到微生物的保守序列，真菌如ITS序列，细菌如16S rRNA序列以后，先在NCBI上进行Blast检索，确定哪些序列和哪些微生物的相似性比较高，然后下载相似性比较高的序列，最好是下载标准菌株的序列，这样结果更可信。

序列下载了以后，就可以用Clustal软件进行序列比对，并根据自己的目的利用不同的软件构件系统发育树，一般新手常用的构树软件是Mega（4.0）。由于一种软件或者方法构出来的树可能存在一些偏差（Bias）,所以一般采用不同的软件和不同的方法构树，如果不同软件、不同方法构出的树的拓扑结构一致的话，结果会更可信。

不同的进化发育树选择不同的方法，构建NJ树，可以用PHYLIP或MEGA；构建MP树，最好的工具是PAUP；构建ML树可以使用PHYML；贝叶斯树用MrBayes软件。ML树和贝叶斯树要花很长的时间，尤其是贝叶斯树还需要专用电脑。一般的杂志用MEGA也被认可！

网上有很多这方面的文献，可以参考：
1）进化树构建需要哪些工具
http://zhidao.baidu.com/question/145295640
2）分子进化树构建及数据分析的简介
http://wenku.baidu.com/view/0f4c852c2af90242a895e541.html

希望对你有帮助！
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2楼2011-08-03 16:56:04
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JessieDai

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jinkui960 at 2011-08-03 16:56:04:
一般来说，在克隆得到微生物的保守序列，真菌如ITS序列，细菌如16S rRNA序列以后，先在NCBI上进行Blast检索，确定哪些序列和哪些微生物的相似性比较高，然后下载相似性比较高的序列，最好是下载标准菌株的序列， ...

你好，我想问一下，你选择相似度比较高的序列的话是不是选择max ident的序列，在点击进去的时候，里面有ORIGIN，这下面是很长的序列，大概1400，但是我的实际长度比这个短的多的多，我应该选择什么做发育树呢，谢谢
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4楼2011-08-25 14:57:32
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jinkui960

至尊木虫 (知名作家)
★ ★
西瓜(金币+2): 鼓励 2011-08-25 18:41:11
是的，序列长不影响，比对以后，保留保守的序列构树。
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5楼2011-08-25 17:44:51
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