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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 关于系统进化树构建方法的求助
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第五平原

木虫 (正式写手)

[求助] 关于系统进化树构建方法的求助

我想针对不同物种的某一个基因的蛋白序列用MAGE4做一个系统进化树分析，构建时是邻接法呢还是用极大似然法呢？哪个更准确一点？小白求助。
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勤勉
1楼2012-03-22 15:52:16
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rommel1941

铁杆木虫 (正式写手)

情定山河

【答案】应助回帖

★ ★
telomerase: 金币+2, 谢谢你的热心应助 2012-03-24 20:35:25
引用回帖:
3楼: Originally posted by 第五平原 at 2012-03-23 10:55:10:
非常感谢，顺便再问一句，如果我用几种方法都试了，最符合植物学分类的那一个图是不是就算最准确的那一个啊？

这确实不一定，软件反应的只是所用数据的结果，并没有考虑你的植物学分类内容，如果软件结果一致，也只能说明在你所选用的位点上，与植物分类结果一直。不知道我的解释是否明白，祝好
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将相本无种★男儿当自强
5楼2012-03-24 09:01:42
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rommel1941

铁杆木虫 (正式写手)

情定山河

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
NJ和ML树本身算法有差异，具体很复杂，如果你要是构建树的话，最好将几种方法都做一下，针对你的研究方向，看看他们之间的差异。NJ法要求要有一个较好的外群，这个需要你自己摸索。分析中的参数基本可以从Modeltest和Mrmodeltest中获得。祝好
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将相本无种★男儿当自强
2楼2012-03-22 22:46:25
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第五平原

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by rommel1941 at 2012-03-22 22:46:25:
NJ和ML树本身算法有差异，具体很复杂，如果你要是构建树的话，最好将几种方法都做一下，针对你的研究方向，看看他们之间的差异。NJ法要求要有一个较好的外群，这个需要你自己摸索。分析中的参数基本可以从Modelte ...

非常感谢，顺便再问一句，如果我用几种方法都试了，最符合植物学分类的那一个图是不是就算最准确的那一个啊？
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勤勉
3楼2012-03-23 10:55:10
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xiesenyuli

金虫 (小有名气)
我用mega5.0构建，但是一导入进菌种基因序列很慢，然后点击W后计算特别慢，最后也没成功。是不是软件问题还是怎么回事？我导入了20个菌株序列
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4楼2012-03-23 14:35:59
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