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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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第五平原

木虫 (正式写手)

[求助] 关于系统进化树构建方法的求助

我想针对不同物种的某一个基因的蛋白序列用MAGE4做一个系统进化树分析,构建时是邻接法呢还是用极大似然法呢?哪个更准确一点?小白求助。
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勤勉
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lisi离思

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

我有一T-DNA插入的拟南芥长的很奇怪,于是通过tail pcr想鉴定一下插入位点在哪,测序结果回来了,该怎么比对,请求各位高手指教
7楼2012-12-17 20:57:24
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rommel1941

铁杆木虫 (正式写手)

情定山河

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
NJ和ML树本身算法有差异,具体很复杂,如果你要是构建树的话,最好将几种方法都做一下,针对你的研究方向,看看他们之间的差异。NJ法要求要有一个较好的外群,这个需要你自己摸索。分析中的参数基本可以从Modeltest和Mrmodeltest中获得。祝好
将相本无种★男儿当自强
2楼2012-03-22 22:46:25
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第五平原

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by rommel1941 at 2012-03-22 22:46:25:
NJ和ML树本身算法有差异,具体很复杂,如果你要是构建树的话,最好将几种方法都做一下,针对你的研究方向,看看他们之间的差异。NJ法要求要有一个较好的外群,这个需要你自己摸索。分析中的参数基本可以从Modelte ...

非常感谢,顺便再问一句,如果我用几种方法都试了,最符合植物学分类的那一个图是不是就算最准确的那一个啊?
勤勉
3楼2012-03-23 10:55:10
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xiesenyuli

金虫 (小有名气)

我用mega5.0构建,但是一导入进菌种基因序列很慢,然后点击W后计算特别慢,最后也没成功。是不是软件问题还是怎么回事?我导入了20个菌株序列
4楼2012-03-23 14:35:59
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