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dqchu

金虫 (小有名气)

[求助] 构建一棵微生物进化树

因本人对这方面不熟悉,请懂的帮忙,谢谢。[ Last edited by dqchu on 2011-6-8 at 11:08 ]
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Birdog
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myco_lei

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

你好,你“序列”里面怎么就一条啊?  你得先在NCBI 里面下载一些其它的序列,一条是没法建的。 你下载好了,我可以帮你建。
享受,把握现在!
2楼2011-06-08 11:21:24
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dqchu

金虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by myco_lei at 2011-06-08 11:21:24:
你好,你“序列”里面怎么就一条啊?  你得先在NCBI 里面下载一些其它的序列,一条是没法建的。 你下载好了,我可以帮你建。

你好,序列 就是原始的序列,同源序列在NCBI 里不知道下那些合适,所以就求助了。而且也不知道那种格式,麻烦你,帮我了构建一下吧。
Birdog
3楼2011-06-08 11:27:48
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myco_lei

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
1949stone(金币+2): 关注 2011-06-08 16:11:32
你构建这个树的目的是什么?是想看它属于哪个种还是属于哪个属?对树的质量要求高不? 用途是什么? 发文章还是其它,请找一个别人的树,我好参考.
享受,把握现在!
4楼2011-06-08 11:31:52
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dqchu

金虫 (小有名气)

1949stone: 什么软件 ? 2011-06-08 16:12:05
引用回帖:
Originally posted by myco_lei at 2011-06-08 11:31:52:
你构建这个树的目的是什么?是想看它属于哪个种还是属于哪个属?对树的质量要求高不? 用途是什么? 发文章还是其它,请找一个别人的树,我好参考.

树质量能高最好了,估计软件的出图就可以吧。用于中文的文章。



Birdog
5楼2011-06-08 12:15:31
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dqchu

金虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by dqchu at 2011-06-08 12:15:31:
树质量能高最好了,估计软件的出图就可以吧。用于中文的文章。



就是做进化树的软件呀 MEGA 之类的。
Birdog
6楼2011-06-08 18:56:29
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shuifen1108

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

根据你的用途  在NCBI中下载你想要比对的序列  用Cluster软件比对  就会有你发的那个进化树出来  不难的  
7楼2011-06-08 21:15:43
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dqchu

金虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by shuifen1108 at 2011-06-08 21:15:43:
根据你的用途  在NCBI中下载你想要比对的序列  用Cluster软件比对  就会有你发的那个进化树出来  不难的  

8楼2011-06-09 09:19:28
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myco_lei

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

dqchu(金币+25): 谢谢你,但是好像还是不能直接用。 2011-06-10 10:51:55
我是任经验从NCBI上下了一些序列,用PUAUP建的。因为对你的菌和你的要求不清楚,我只能努力到此了。
  下面有几个文件:sequence.fasta是我下载的序列和你的序列信息文件;
                           DQ2_CLASTAL.TRE是paup输出的树文件用treeview可以找开看;DQ2.wmf和dq.wmf 是由treeview输出的两种不同输出方法的成图。你自己看着选吧!
享受,把握现在!
9楼2011-06-10 10:00:21
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guye1

金虫 (小有名气)

引用回帖:
954472楼: Originally posted by myco_lei at 2011-06-10 10:00:21
我是任经验从NCBI上下了一些序列,用PUAUP建的。因为对你的菌和你的要求不清楚,我只能努力到此了。
  下面有几个文件:sequence.fasta是我下载的序列和你的序列信息文件;
                           DQ2_CLAST ...

你好,请教PAUP的使用方法?另外问一下发表外文文章的话,是不是多认可用PAUP的树形图,而对MAGA的认可度较低?
水木年华
10楼2012-09-19 10:15:54
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