应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 分类/鉴定 » 细菌进化树构建
151/2返回列表12下一页
查看: 3217  |  回复: 14
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

mashuyan13

新虫 (小有名气)

[求助] 细菌进化树构建 已有3人参与

向大神们求助，做16S菌种鉴定，得到了自己的16S序列，构建进化树的时候，需要下载相似性的序列，应该下载相似性大于多少的序列的核酸序列呢？
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2014-11-02 16:44:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

戴晓凤

铜虫 (初入文坛)
相似度低于95视为不同属，低于97视为新种，一个树需要二三十个序列，选前几个属，每个属三五个菌
赞一下(1人) 回复此楼
每天进步一点
6楼2014-11-07 14:31:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

dllchina

木虫 (著名写手)

有机的微生物大神

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
laozuzunzhe: 金币+3, good！ 2014-11-03 15:47:45
一般来说看比对出来的结果而定，如果前十个都是一个属，那说明是种一级的差别，调取这个属的全部序列就好。
如果多个属，则调取多个属的序列，相似度的话，一般我们看16S克隆全长来比对，97%初步可以判断为新种，但不绝对，不同的类群相似度差别不一样。
赞一下 回复此楼
2楼2014-11-02 23:13:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

korchagin

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
laozuzunzhe: 金币+1, 鼓励应助！ 2014-11-03 15:47:58
一般要求97%以上吧，参比要选好，要不光参比聚到一起了
赞一下 回复此楼
3楼2014-11-03 08:45:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mashuyan13

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by dllchina at 2014-11-02 23:13:05
一般来说看比对出来的结果而定，如果前十个都是一个属，那说明是种一级的差别，调取这个属的全部序列就好。
如果多个属，则调取多个属的序列，相似度的话，一般我们看16S克隆全长来比对，97%初步可以判断为新种，但 ...

两个属的话，是不是都选97%以上的就够了
赞一下 回复此楼
4楼2014-11-07 13:02:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mashuyan13

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by korchagin at 2014-11-03 08:45:43
一般要求97%以上吧，参比要选好，要不光参比聚到一起了

嘿嘿参比是相似性最高的那个菌株吗？用NCBI比对的最高菌株行不？还是用Ezbiocloud比对呢
赞一下 回复此楼
5楼2014-11-07 13:03:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dllchina

木虫 (著名写手)

有机的微生物大神

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by mashuyan13 at 2014-11-07 13:02:13
两个属的话，是不是都选97%以上的就够了...

全选，根据树型来定，肯定是相关序列越多，越可信啊
赞一下 回复此楼
7楼2014-11-07 23:24:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dllchina

木虫 (著名写手)

有机的微生物大神

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by mashuyan13 at 2014-11-07 13:03:54
嘿嘿参比是相似性最高的那个菌株吗？用NCBI比对的最高菌株行不？还是用Ezbiocloud比对呢...

参比是根据进化树来决定的，有些编辑要求的严，可能还会让你带上这个属的典型种
赞一下 回复此楼
8楼2014-11-07 23:26:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mashuyan13

新虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 戴晓凤 at 2014-11-07 14:31:03
相似度低于95视为不同属，低于97视为新种，一个树需要二三十个序列，选前几个属，每个属三五个菌

好的谢谢
回复此楼
9楼2014-11-11 21:06:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mashuyan13

新虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by dllchina at 2014-11-07 23:24:50
全选，根据树型来定，肯定是相关序列越多，越可信啊...

好的谢谢
回复此楼
10楼2014-11-11 21:06:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 mashuyan13 的主题更新
151/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[论文投稿] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 jRl3mE6ddZGq 2026-08-03 4/200 2026-08-04 04:54 by k7OM8YghWbkC
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 jRl3mE6ddZGq 2026-08-03 7/350 2026-08-04 04:50 by k7OM8YghWbkC
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 jRl3mE6ddZGq 2026-08-03 6/300 2026-08-04 04:47 by k7OM8YghWbkC
[找工作] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 cu9Nq1xK233Z 2026-08-03 8/400 2026-08-04 04:47 by k7OM8YghWbkC
[公派出国] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 cu9Nq1xK233Z 2026-08-03 7/350 2026-08-04 04:46 by k7OM8YghWbkC
[博后之家] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 cu9Nq1xK233Z 2026-08-03 8/400 2026-08-04 04:46 by k7OM8YghWbkC
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 cu9Nq1xK233Z 2026-08-03 5/250 2026-08-04 04:44 by k7OM8YghWbkC
[教师之家] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +4 cu9Nq1xK233Z 2026-08-03 8/400 2026-08-04 04:41 by k7OM8YghWbkC
[有机交流] 一个有机合成实验室都需要哪些设备？ 50+3 kf2781974 2026-07-31 9/450 2026-08-04 03:56 by kf2781974
[教师之家] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 jRl3mE6ddZGq 2026-08-03 7/350 2026-08-04 03:35 by k7OM8YghWbkC
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 cu9Nq1xK233Z 2026-08-03 12/600 2026-08-04 03:17 by k7OM8YghWbkC
[基金申请] 什么时候能放榜呀？ +3 Jacob678 2026-08-03 3/150 2026-08-03 16:14 by gltch
[高分子] UV压敏胶开发 +3 ichall 2026-07-30 5/250 2026-08-03 14:40 by Sunrisepay
[基金申请] 面上提前没消息，有中的吗 +14 archvillain 2026-08-02 16/800 2026-08-03 12:23 by fuweiguochen
[基金申请] 面上再次挂了，太难了，躺也躺不了，倦也卷不过，小学校之殇！ +19 低垂的野花 2026-07-31 25/1250 2026-08-03 09:25 by gy116024
[教师之家] 基础研究怎么拉横向，学校到款任务越来越多，难以完成 拉横向，都有哪些途径啊 +8 锦衣卫寒战 2026-07-28 12/600 2026-08-03 08:22 by syl200707
[基金申请] 微信指数没变化，科研之友没阅读 +15 wangze12014 2026-07-28 19/950 2026-08-02 20:05 by 蔡棒棒菂
[考博] 2027年申博 50+3 射雕英雄胜 2026-07-30 3/150 2026-08-02 09:36 by lfy8008
[高分子] HXDI做水性聚氨酯乳液，是不是特别容易出渣 15+3 yuyusuv 2026-07-29 3/150 2026-07-31 09:21 by huizingga
[基金申请] 系统今天又提示维护了，估计离放榜不远了 +11 winnerche 2026-07-29 15/750 2026-07-30 23:08 by jnhyjjm
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭